Locus 4390

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,434,334 – 14,434,451
Length 117
Max. P 0.653172
window7021

overview

Window 1

Location 14,434,334 – 14,434,451
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.85
Mean single sequence MFE -27.10
Consensus MFE -18.60
Energy contribution -18.38
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.28
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.653172
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14434334 117 - 20766785
GGGGCACAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCGCAGACAGUGCAGUGAUAAAAAAUCCGACAGGCGUAUGAAAUGC
((((....(((....)))..))))...((((.(((((((((((((.......)))))))).)))))((((((((((.....))).(.(((.....))))....)))))))...)))) ( -27.50)
>DroPse_CAF1 64804 92 - 1
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...((...(((....)))(((((..((((((((((((((((((((.......)))))))).))))).)))))....))..).)--))).))...----------------------- ( -24.00)
>DroEre_CAF1 67932 116 - 1
GGGGCACAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCGCAGACAGUGCAGUGCGGAA-AAUGCGAUGGGCGUACGGAAAGC
...((((.(((....)))...(((...((((((((((((((((((.......)))))))).))))).)))))...)))..)))).(((((...-...........)))))....... ( -29.04)
>DroYak_CAF1 68396 117 - 1
GGGGCACAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCGCAGCCGGUGCAGUGAGGAAAAAUGCGACAGGCGUAUGGAAUGC
...(((...(((((((....)).....((((((((((((((((((.......)))))))).))))).))))).)).(((..((((...........))))...)))...)))..))) ( -29.40)
>DroAna_CAF1 77044 102 - 1
GAGGCAGAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUACA-GCCUCAAACAGUGCAGUGAGAGAAAAGUUGCCA--------------
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>DroPer_CAF1 67334 92 - 1
GAGGCAGAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCACAGUCGGUA--GUCAGCGAG-----------------------
...((...(((....)))(((((..((((((((((((((((((((.......)))))))).))))).)))))....))..).)--))).))...----------------------- ( -24.00)
>consensus
GAGGCACAGCCAGCAGGCGACUCUAAUGCAUGAUUUAUAGUAAAAUAUUUAUUUUUACUGUUAAGUAUAUGCCGCAGACAGUGCAGUGAGAAAAAAU_CGACA______________
(((.....(((....)))..)))....((((((((((((((((((.......)))))))).))))).)))))............................................. (-18.60 = -18.38 +  -0.22)

alignment

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