Locus 4378

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,387,861 – 14,387,968
Length	107
Max. P	0.987842

overview

Window 3

Location	14,387,861 – 14,387,968
Length	107
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.74
Mean single sequence MFE	-38.28
Consensus MFE	-23.18
Energy contribution	-23.52
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.88
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	2.10
SVM RNA-class probability	0.987842
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14387861 107 + 20766785
CCCCUUCGCCUUGGCCUU------CGCUGCUAACGUGGCAUUAAAGCCCAUUUAGCUGUCGUGUGGCAAUUAUUGAUCAACAAGGUGCCACAAUCGGCCAUGGCCAA------GUACUU
...(((.(((.(((((..------(((.(((((...(((......)))...))))).).))(((((((....(((.....)))..)))))))...))))).))).))------)..... ( -39.50)
>DroPse_CAF1 18927 104 + 1
CCU----GCC-UGGGCU--------GCUGCCAACAUGGCAUUAAAGCCCAUUUAGCUGUCGUGUGGCAAUUAUUGAUCAACAAGGUGCCACAAUCGGCCAUGGUCGGCGGA--GGCCCU
...----...-.(((((--------.(((((..((((((.....(((.......)))....(((((((....(((.....)))..)))))))....))))))...))))).--))))). ( -43.40)
>DroGri_CAF1 28946 95 + 1
-C--------GCA----U------CAUGGCUAACAUGGCAUUAAAGCCCAUUUAGCUGUCGUGUGGCAAUUAUUGAUCAACUAGGUGCCACAAUCGGCCG--GCCAAUGAGCC---CCA
-.--------((.----(------(((((((.....(((......)))......((((...(((((((.(((.(.....).))).)))))))..)))).)--))).)))))).---... ( -31.20)
>DroEre_CAF1 21787 98 + 1
C---------CUGGCCUU------CGCUGCUAACGUGGCAUUAAAGCCCAUUUAGCUGUCGUGUGGCAAUUAUUGAUCAACAAGGUGCCACAAUCGGCCAUGGCCAA------GUACUA
.---------.(((((..------.((..(....)..))...............((((...(((((((....(((.....)))..)))))))..))))...))))).------...... ( -34.90)
>DroAna_CAF1 24864 112 + 1
CUGCUGCGUCUUUGGCUCCCAACGCGCUGC-AACGUGGCAUUAAAGCCCAUUUAGCUGUCGUGUGGCAAUUAUUGAUCAACAAGGUGCCACAAUCGGCCAUGGCCAU------GGCCAU
.(((.((((..((((...)))).)))).))-)..(.(((......)))).....((((...(((((((....(((.....)))..)))))))..)))).(((((...------.))))) ( -40.20)
>DroPer_CAF1 18938 104 + 1
CCU----GCU-UGGGCU--------GCUGCCAACAUGGCAUUAAAGCCCAUUUAGCUGUCGUGUGGCAAUUAUUGAUCAACAAGGUGCCACAAUCGGCCAUGGUCGACGGA--GGCCCU
...----(((-((((((--------..((((.....))))....)))))......(((((.(((((((....(((.....)))..)))))))...(((....)))))))))--)))... ( -40.50)
>consensus
CC_____GCC_UGGGCUU______CGCUGCUAACAUGGCAUUAAAGCCCAUUUAGCUGUCGUGUGGCAAUUAUUGAUCAACAAGGUGCCACAAUCGGCCAUGGCCAA______GGCCCU
............................((((....(((......)))......((((...(((((((....(((.....)))..)))))))..))))..))))............... (-23.18 = -23.52 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	14,387,861 – 14,387,968
Length	107
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.74
Mean single sequence MFE	-38.88
Consensus MFE	-26.29
Energy contribution	-26.57
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.61
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	1.91
SVM RNA-class probability	0.982241
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14387861 107 - 20766785
AAGUAC------UUGGCCAUGGCCGAUUGUGGCACCUUGUUGAUCAAUAAUUGCCACACGACAGCUAAAUGGGCUUUAAUGCCACGUUAGCAGCG------AAGGCCAAGGCGAAGGGG
.....(------((.(((.(((((...(((((((..(((((....))))).)))))))((...(((((...(((......)))...)))))..))------..))))).))).)))... ( -45.60)
>DroPse_CAF1 18927 104 - 1
AGGGCC--UCCGCCGACCAUGGCCGAUUGUGGCACCUUGUUGAUCAAUAAUUGCCACACGACAGCUAAAUGGGCUUUAAUGCCAUGUUGGCAGC--------AGCCCA-GGC----AGG
.((((.--.(.((((((.(((((((..(((((((..(((((....))))).)))))))))..((((.....)))).....))))))))))).).--------.)))).-...----... ( -40.70)
>DroGri_CAF1 28946 95 - 1
UGG---GGCUCAUUGGC--CGGCCGAUUGUGGCACCUAGUUGAUCAAUAAUUGCCACACGACAGCUAAAUGGGCUUUAAUGCCAUGUUAGCCAUG------A----UGC--------G-
(((---(((((((((((--.(..((..(((((((....(((....)))...))))))))).).))).)))))))))))..((((((.....))))------.----.))--------.- ( -28.30)
>DroEre_CAF1 21787 98 - 1
UAGUAC------UUGGCCAUGGCCGAUUGUGGCACCUUGUUGAUCAAUAAUUGCCACACGACAGCUAAAUGGGCUUUAAUGCCACGUUAGCAGCG------AAGGCCAG---------G
.....(------((((((.(.((((..(((((((..(((((....))))).)))))))))...(((((...(((......)))...))))).)).------).))))))---------) ( -39.20)
>DroAna_CAF1 24864 112 - 1
AUGGCC------AUGGCCAUGGCCGAUUGUGGCACCUUGUUGAUCAAUAAUUGCCACACGACAGCUAAAUGGGCUUUAAUGCCACGUU-GCAGCGCGUUGGGAGCCAAAGACGCAGCAG
.(((((------((....)))))))..(((((((..(((((....))))).))))))).....(((.(((((((......))).))))-..)))(((((.(....)...)))))..... ( -41.50)
>DroPer_CAF1 18938 104 - 1
AGGGCC--UCCGUCGACCAUGGCCGAUUGUGGCACCUUGUUGAUCAAUAAUUGCCACACGACAGCUAAAUGGGCUUUAAUGCCAUGUUGGCAGC--------AGCCCA-AGC----AGG
.((((.--.(.((((((.(((((((..(((((((..(((((....))))).)))))))))..((((.....)))).....))))))))))).).--------.)))).-...----... ( -38.00)
>consensus
AGGGCC______UUGGCCAUGGCCGAUUGUGGCACCUUGUUGAUCAAUAAUUGCCACACGACAGCUAAAUGGGCUUUAAUGCCACGUUAGCAGCG______AAGCCCA_GGC_____GG
.............((((....))))..(((((((..(((((....))))).))))))).....(((((...(((......)))...)))))............................ (-26.29 = -26.57 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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