| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,363,188 – 14,363,308 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 14,363,188 – 14,363,308 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 82.94 |
| Mean single sequence MFE | -46.83 |
| Consensus MFE | -31.23 |
| Energy contribution | -30.32 |
| Covariance contribution | -0.91 |
| Combinations/Pair | 1.44 |
| Mean z-score | -1.63 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| SVM decision value | -0.07 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14363188 120 - 20766785 UCGUGGUAUUGGCGUAUUCGGCAACGAUGCCCAGGAAACUGGCAUUCCAGCUGAUGUUUGGCGAUUCUAUUUGGCAUCUGCGCGACCAGAAGGUCAGGAUUCUAGCUUCAGCUGGAAUGA ..........((((...(((....)))))))(((....))).((((((((((((.(((.((.((((((.....((....))..((((....))))))))))))))).)))))))))))). ( -49.00) >DroVir_CAF1 1227 120 - 1 UCGCGGCAUAGGCGUUUUUGGCAAUGAUGCCCAGGAGACGGGCAUACCCGCUGACGUUUGGCGUUUCUAUUUGGCAUCGGCACGUCCCGAGGGUCAGGAUUCCAGCUUCAGCUGGAACGA ...((((.((((((((..(((.....((((((.(....)))))))..)))..)))))))))).......((((((.((((......))))..)))))).(((((((....))))))))). ( -46.40) >DroGri_CAF1 1251 120 - 1 UCGCGGCAUCGGCGUCUUUGGCAACGAUGCCCAAGAGACGGGCAUUCCCGCUGAUGUUUGGCGCUUCUAUUUGGCGUCAGCACGGCCUGAAGGCCAGGACUCUAGCUUUAGCUGGAACGA ..(((((((((((((((((((((....))))..))))))(((....))))))))))))(((((((.......)))))))))..((((....)))).....((((((....)))))).... ( -54.80) >DroWil_CAF1 1226 120 - 1 UCGAGGCAUUGGUGUCUUUGGCAAUGAUGCCCAAGAGACUGGCAUACCAGCAGAUGUCUGGCGUUUUUAUCUCGCCUCGGCUCGUCCAGAGGGUCAGGAUUCGAGUUUCAGUUGGAACGA (((((((.(..((.((((.((((....)))).)))).))..)....(((((....).))))............))))))).(((((((((((.((.......)).))))...))).)))) ( -39.70) >DroMoj_CAF1 1468 120 - 1 UCGCGGCAUUGGCGUCUUUGGCAACGAUGCCCAGGAGACGGGCAUACCCGCCGACGUCUGGCGUUUCUAUCUGGCCUCCGCCCGUCCCGAGGGCCAGGACUCUAGCUUCAGCUGGACUGA ..(((.((..((((((...(((....((((((.(....)))))))....))))))))))).))).....(((((((..((.......))..)))))))..((((((....)))))).... ( -52.20) >DroAna_CAF1 1232 120 - 1 UCGAGGAAUUGGAGUUUUCGGCAACGACGCUCAAGAAACAGGCAUUCCGGCUGACGUCUGGCGUUUCUAUCUUGCCUCCGCCCGUCCGGAAGGUCAGGACUCUAGCUUCAGUUGGAACGA (((........((((..(((....))).))))............((((((((((.(.((((.(((.....((.(((((((......))).)))).))))).))))).))))))))))))) ( -38.90) >consensus UCGCGGCAUUGGCGUCUUUGGCAACGAUGCCCAAGAGACGGGCAUACCCGCUGACGUCUGGCGUUUCUAUCUGGCCUCCGCACGUCCAGAAGGUCAGGACUCUAGCUUCAGCUGGAACGA ..(.(((((((..((.....))..)))))))).(((((((((....)))((((.....)))))))))).((((((.((((......))))..))))))..((((((....)))))).... (-31.23 = -30.32 + -0.91)
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