| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,508,508 – 2,508,628 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.940208 |
| Location | 2,508,508 – 2,508,628 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.50 |
| Mean single sequence MFE | -43.70 |
| Consensus MFE | -28.33 |
| Energy contribution | -28.94 |
| Covariance contribution | 0.62 |
| Combinations/Pair | 1.50 |
| Mean z-score | -2.74 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| SVM decision value | 1.28 |
| SVM RNA-class probability | 0.940208 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2508508 120 - 20766785 GAAAUCAGCAGGAUGAUGGUGCCCAGGAUGAUCAUCGUUACGGGCACCUGCUGGGUUCGCAGGGCUUCCGCGAAGUCAUCCAUGUUACGGACUUUGCUGAACAGCAGAGCUCCGAAUACG ......((((((((((((((((((..((((.....))))..))))))).......(((((.((....)))))))))))))).)))).(((((((((((....))))))).))))...... ( -53.10) >DroVir_CAF1 23832 120 - 1 GAGAUCAGCAAUAUCACCGUGCCGAGGACAAUCAUCGUAAUGGGCACCUGUUGGGUGCGCAGCGCCUCGGCGAAGUCAUCGAUGUUGUGGAUGUUGCUGAACAGCAGGGCGCCAAAUACA ..(.(((((((((((((..((((((((........(((..((.(((((.....))))).)))))))))))))..))(((.......)))))))))))))).).((.....))........ ( -43.20) >DroPse_CAF1 18671 120 - 1 GAGAUUAGCAGGAUAACAGUGCCAAGCACAAUCAUUGUGAUGGGCACCUGCUGGGUGCGCAGCGCCUCUGCGAAGUCAUCGAUGUUGUGGAUGUUGCUGAACAGAAGGCCUCCAAACACG ((((((.((((.....(((((((...((((.....))))...)))).)))..((((((...))))))))))..)))).))(.((((.((((.((..((....))...)).))))))))). ( -37.50) >DroGri_CAF1 21497 120 - 1 GAGAUCAGCAAUAUCACCGUGCCCAGCACAAUCAUUGUGAUGGGCACUUGUUGGGUGCGCAGCGCCUCCGCAAAGUCAUCGAUGUUGUGAAUAUUGCUGAAAAGCAGUGCACCGAACACA ..................(((((((.((((.....)))).))))))).((((.(((((((........(((((.(((...))).))))).....((((....))))))))))).)))).. ( -46.60) >DroWil_CAF1 27768 120 - 1 GAGAUCAGUAAUAUAACCGUGCCCAAUACAAUCAUCGUAAUGGGCACUUGCUGAGUGCGCACGGCCUCGGCAAAGUCAUCUAUAUUAUGGACAUUGCUGAAGAGCAAGGCUCCAAAAACU .......((((((((...(((((((.(((.......))).)))))))((((((((.((.....)))))))))).......))))))))(((..(((((....)))))...)))....... ( -42.10) >DroMoj_CAF1 19958 120 - 1 GAGAUCAACAAUAUAACGGUGCCCAGCACAAUCAUUGUUAUGGGCACCUGUUGGGUGCGUAGUGCAUCGGUAAAAUCAUCGACGUUAUGAAUGUUGCUGAAGAGCAACGCUCCAAAUACA .....(((((.......((((((((..(((.....)))..)))))))))))))((.((((.((.(.(((((((..((((.......))))...))))))).).)).)))).))....... ( -39.71) >consensus GAGAUCAGCAAUAUAACCGUGCCCAGCACAAUCAUCGUAAUGGGCACCUGCUGGGUGCGCAGCGCCUCGGCAAAGUCAUCGAUGUUAUGGAUGUUGCUGAACAGCAGGGCUCCAAAUACA (((.(((((((.......(((((((.((((.....)))).))))))))))))))((((...)))))))..............((((.(((((((((((....))))))).)))))))).. (-28.33 = -28.94 + 0.62)
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