Locus 4193

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 13,799,019 – 13,799,216
Length 197
Max. P 0.982405
window6741 window6742 window6743 window6744

overview

Window 1

Location 13,799,019 – 13,799,136
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.09
Mean single sequence MFE -51.12
Consensus MFE -37.09
Energy contribution -37.78
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.17
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.91
SVM RNA-class probability 0.982405
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13799019 117 + 20766785
CGGAUUGAGCAGGCUCUGCGGCUGCGUGGCCAGGCCACCGCCGCUGGCCGAUAUGGGGAUGCCACUGGCGUUCACCAUGUUCAC---UCCACCGGCUCCACCAAUACCGCCAACAGACGC
.(((.(((((.((((..(((((.(.(((((...))))))))))).))))...(((((((((((...))))))).))))))))).---)))...(((............)))......... ( -51.60)
>DroVir_CAF1 122146 96 + 1
UGGGUUGAGCAGGCUCUGCGGCUGGGUGGCCAGGCCACCGCCGCUGGCCGAGAUGGGUAUGCCGCUGGCAUUCACCAUGCUCACCAUGCCCCCAGC------------------------
.(((((((((.((((..(((((..((((((...))))))))))).))))...((((..(((((...)))))...)))))))))....)))).....------------------------ ( -49.40)
>DroGri_CAF1 118362 96 + 1
CGGAUUGAGCAGGCUCUGCGGCUGGGUGGCCAGGCCACCGCCGCUGGCCGAAAUUGGUAUGCCGCUGGCAUUGACCAUGCUCACAAUUCCACCGGC------------------------
.(((.((((((((((..(((((..((((((...))))))))))).)))).....(((((((((...)))))..))))))))))....)))......------------------------ ( -47.00)
>DroWil_CAF1 123156 117 + 1
CGGAUUGAGCAGGCUCUGCGGCUGUGUGGCCAGGCCACCGCCGCUGGCCGAUAUGGGAAUUCCACUGGCAUUCACCAUAUUGAC---GCCCCCCACUCCGCCGGCACCGGCUCCGCCCGC
((((..(((..((....(((((.(.(((((...))))))))))).(((((((((((((((.((...)).)))).))))))))..---))).))..))).((((....))))))))..... ( -49.50)
>DroMoj_CAF1 136065 96 + 1
UGGAUUGAGCAGGCUCUGCGGCUGGGUGGCCAGGCCACCGCCGCUGGCCGAGAUGGGAAUGCCGCUGGCAUUCACCAUGCUCACCAUGCCUCCGGC------------------------
(((..(((((.((((..(((((..((((((...))))))))))).))))...(((((((((((...))))))).)))))))))))).(((...)))------------------------ ( -51.30)
>DroAna_CAF1 108612 117 + 1
CGGAUUGAGCAGGCUCUGCGGCUGGGUGGCCAGGCCACCGCCGCUGGCCGAGAUUGGUAUGCCGCUGGCGUUCACCAUGUUCAC---GCCGCCGGCACCAGCCACUCCGCCCGCUGCUCC
......((((((.....(((((..((((((...))))))))))).(((.(((..((((.(((((.((((((..((...))..))---)))).)))))...))))))).)))..)))))). ( -57.90)
>consensus
CGGAUUGAGCAGGCUCUGCGGCUGGGUGGCCAGGCCACCGCCGCUGGCCGAGAUGGGUAUGCCGCUGGCAUUCACCAUGCUCAC___GCCACCGGC________________________
.((..(((((.((((..(((((..((((((...))))))))))).))))...((((..(((((...)))))...))))))))).....)).............................. (-37.09 = -37.78 +   0.70)

alignment

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secondary structure

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Window 2

Location 13,799,019 – 13,799,136
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.09
Mean single sequence MFE -53.43
Consensus MFE -33.35
Energy contribution -33.77
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 1.78
SVM RNA-class probability 0.977054
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13799019 117 - 20766785
GCGUCUGUUGGCGGUAUUGGUGGAGCCGGUGGA---GUGAACAUGGUGAACGCCAGUGGCAUCCCCAUAUCGGCCAGCGGCGGUGGCCUGGCCACGCAGCCGCAGAGCCUGCUCAAUCCG
(((.(((((((((((((.((.(((((((.(((.---((..((...))..)).))).)))).))))))))))(((((.(...).)))))..)))).)))).))).(((....)))...... ( -53.00)
>DroVir_CAF1 122146 96 - 1
------------------------GCUGGGGGCAUGGUGAGCAUGGUGAAUGCCAGCGGCAUACCCAUCUCGGCCAGCGGCGGUGGCCUGGCCACCCAGCCGCAGAGCCUGCUCAACCCA
------------------------...(.((((.(((((((.((((.(.(((((...))))).)))))))).))))(((((((((((...))))))..)))))...)))).)........ ( -46.80)
>DroGri_CAF1 118362 96 - 1
------------------------GCCGGUGGAAUUGUGAGCAUGGUCAAUGCCAGCGGCAUACCAAUUUCGGCCAGCGGCGGUGGCCUGGCCACCCAGCCGCAGAGCCUGCUCAAUCCG
------------------------......(((....((((((((((..(((((...))))))))).....((((.(((((((((((...))))))..))))).).))))))))).))). ( -45.00)
>DroWil_CAF1 123156 117 - 1
GCGGGCGGAGCCGGUGCCGGCGGAGUGGGGGGC---GUCAAUAUGGUGAAUGCCAGUGGAAUUCCCAUAUCGGCCAGCGGCGGUGGCCUGGCCACACAGCCGCAGAGCCUGCUCAAUCCG
.((((..((((.(((..((((.(((((((((..---.(((...((((....)))).)))..))))))).)).))).(((((.(((((...)))))...))))).).))).))))..)))) ( -59.60)
>DroMoj_CAF1 136065 96 - 1
------------------------GCCGGAGGCAUGGUGAGCAUGGUGAAUGCCAGCGGCAUUCCCAUCUCGGCCAGCGGCGGUGGCCUGGCCACCCAGCCGCAGAGCCUGCUCAAUCCA
------------------------...(.((((.(((((((.((((.(((((((...)))))))))))))).))))(((((((((((...))))))..)))))...)))).)........ ( -51.50)
>DroAna_CAF1 108612 117 - 1
GGAGCAGCGGGCGGAGUGGCUGGUGCCGGCGGC---GUGAACAUGGUGAACGCCAGCGGCAUACCAAUCUCGGCCAGCGGCGGUGGCCUGGCCACCCAGCCGCAGAGCCUGCUCAAUCCG
(((..(((((((...(((((((((((((..(((---((..((...))..)))))..)))))..........(((((..(((....))))))))..))))))))...)))))))...))). ( -64.70)
>consensus
________________________GCCGGGGGC___GUGAACAUGGUGAAUGCCAGCGGCAUACCCAUCUCGGCCAGCGGCGGUGGCCUGGCCACCCAGCCGCAGAGCCUGCUCAAUCCG
........................(((((.......(((....((((....))))....))).......)))))..(((((((((((...))))))..))))).(((....)))...... (-33.35 = -33.77 +   0.42)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 13,799,059 – 13,799,176
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.62
Mean single sequence MFE -44.53
Consensus MFE -31.61
Energy contribution -32.00
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.652780
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13799059 117 + 20766785
CCGCUGGCCGAUAUGGGGAUGCCACUGGCGUUCACCAUGUUCAC---UCCACCGGCUCCACCAAUACCGCCAACAGACGCUCCAUCCGAGGCGUCGCCGUUAAGCGGUGAAGGCGCCUCA
(((.(((..((((((((((((((...))))))).)))))))...---.))).)))............((((....(((((..(....)..)))))((((.....))))...))))..... ( -45.20)
>DroVir_CAF1 122186 96 + 1
CCGCUGGCCGAGAUGGGUAUGCCGCUGGCAUUCACCAUGCUCACCAUGCCCCCAGC------------------------GCCAUCGGCGGCAUCGCCGUUCAGUGGCGAGGGCGCCUCA
.....(((.(((((((..(((((...)))))...)))).))).....((((....(------------------------((((((((((....)))))....)))))).)))))))... ( -44.10)
>DroSec_CAF1 99836 117 + 1
CCGCUGGCCGAUAUGGGUAUGCCACUGGCGUUCACCAUGUUCAC---UCCACCGGCCCCACUAAUACCGCCACCAGAUGCUCCAUCCGAGGCGUCGCCGUUAAGCGGUGAAGGGGCCUCA
..(.(((..(((((((..(((((...)))))...)))))))...---.))).)((((((........((((.(..((((...)))).).))))((((((.....)))))).))))))... ( -47.20)
>DroSim_CAF1 103709 117 + 1
CCGCUGGCCGAUAUGGGUAUGCCACUGGCGUUCACCAUGUUCAC---UCCACCGGCCCCACCAAUACCGCCACCAGAUGCUCCAUCCGAGGCGUCGCCGUUAAGCGGCGAAGGCGCCUCA
...((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))...---......(((............))).))))...........((((((((((((.....)))))...))))))). ( -43.20)
>DroYak_CAF1 104444 117 + 1
CCGCUGGCCGAUAUGGGGAUGCCACUGGCGUUCACCAUGUUCAC---UCCACCAGCCCCACCAAUACCGCCACCAGCUGCUCCAUCCGAGGCGUCGCCAUUAAGCGGUGAGGGCGCCUCG
.....(((.((((((((((((((...))))))).)))))))...---.......((((((((.....((((..................))))..((......)))))).)))))))... ( -42.37)
>DroAna_CAF1 108652 117 + 1
CCGCUGGCCGAGAUUGGUAUGCCGCUGGCGUUCACCAUGUUCAC---GCCGCCGGCACCAGCCACUCCGCCCGCUGCUCCUCCGUCAGAUGCAUCGCCGUUAAGUGGCGAUGGCGCCUCG
..((.(((.(((..((((.(((((.((((((..((...))..))---)))).)))))...))))))).))).))............((.((((((((((.....))))))).))).)).. ( -45.10)
>consensus
CCGCUGGCCGAUAUGGGUAUGCCACUGGCGUUCACCAUGUUCAC___UCCACCGGCCCCACCAAUACCGCCACCAGAUGCUCCAUCCGAGGCGUCGCCGUUAAGCGGCGAAGGCGCCUCA
..(((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))..........)))))...............................(((((.((((((.....))))))....))))). (-31.61 = -32.00 +   0.39)

alignment

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secondary structure

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Window 4

Location 13,799,099 – 13,799,216
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.76
Mean single sequence MFE -51.02
Consensus MFE -30.99
Energy contribution -32.13
Covariance contribution 1.15
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.769944
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13799099 117 - 20766785
CAUUUUUGCCGCCACGGCCAGAGAAGCGCAAGUCGAAGGAUGAGGCGCCUUCACCGCUUAACGGCGACGCCUCGGAUGGAGCGUCUGUUGGCGGUAUUGGUGGAGCCGGUGGA---GUGA
((((.(..(((.(.(.(((((.(((((((..(((....)))...))).))))((((((.((((..(((((..(....)..))))))))))))))).))))).).).)))..))---))). ( -50.90)
>DroGri_CAF1 118442 96 - 1
CAUUUUUGCCGCCACGGCCUGAGAAGCGCAAAUCAAAGGACGAGGCGCCGUCACCGCUCAACGGCGAUGGCGCCGAUGGU------------------------GCCGGUGGAAUUGUGA
((.(((..(((.((((.(((..((........))..))).)..(((((((((.(((.....))).)))))))))....))------------------------).)))..))).))... ( -41.90)
>DroSim_CAF1 103749 117 - 1
CAUUUUUACCGCCUCGGCCUGAGAAGCGCAAGUCGAAGGAUGAGGCGCCUUCGCCGCUUAACGGCGACGCCUCGGAUGGAGCAUCUGGUGGCGGUAUUGGUGGGGCCGGUGGA---GUGA
((((((.(((((((((.(((..(..((....)))..))).))))))((((((((((.....))))))(((((((((((...))))))).)))).........)))).))))))---))). ( -53.80)
>DroEre_CAF1 100312 117 - 1
CAUUUUUGCCUCCGCGGCCGGAGAAGCGCAAGUCAAAGGACGAGGCGCCUUCACCGCUUAACGGCGACGCCUCAGAUGGAGCAUCUGGUGGCGGUAUUGGCGGUGCUGGUGGA---GUGA
((((.(..((..(((.(((((.(((((((..(((....)))...))).)))).))(((....)))..(((((((((((...))))))).)))).....))).)))..))..))---))). ( -51.10)
>DroYak_CAF1 104484 117 - 1
CAUUUUUGCCACCUCGGCCGGAGAAGCGCAAGUCGAAGGACGAGGCGCCCUCACCGCUUAAUGGCGACGCCUCGGAUGGAGCAGCUGGUGGCGGUAUUGGUGGGGCUGGUGGA---GUGA
((((.(..(((.(((.(((((((..((((..(((....)))...)))).)))((((((...((((..(.((......)).)..))))..))))))..)))).))).)))..))---))). ( -52.30)
>DroAna_CAF1 108692 117 - 1
CCUUCCUGCCGCCGCGAGCGGAGAAGCGCAAGUCCAAGGACGAGGCGCCAUCGCCACUUAACGGCGAUGCAUCUGACGGAGGAGCAGCGGGCGGAGUGGCUGGUGCCGGCGGC---GUGA
...((.(((((((....(((......)))..(((....)))..(((((((..(((((((..(.((..(((.(((......)))))))).)...))))))))))))))))))))---).)) ( -56.10)
>consensus
CAUUUUUGCCGCCACGGCCGGAGAAGCGCAAGUCGAAGGACGAGGCGCCUUCACCGCUUAACGGCGACGCCUCGGAUGGAGCAUCUGGUGGCGGUAUUGGUGGGGCCGGUGGA___GUGA
(((.(((((((.(((.(((.((...((((..(((....)))...))))..))((((((...((....)).(((.....)))........))))))...))).))).)))))))...))). (-30.99 = -32.13 +   1.15)

alignment

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