Locus 4159

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 13,678,215 – 13,678,350
Length 135
Max. P 0.775591
window6688 window6689 window6690 window6691

overview

Window 8

Location 13,678,215 – 13,678,335
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -48.87
Consensus MFE -33.29
Energy contribution -34.02
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.534546
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13678215 120 + 20766785
UUACGGUGCCGCCAGCGGGCGCUCGCGGAGCACCGCCCCCCAUACCAACCAAGCCGAUCGUGCCACCCAAGCGGGAGCCAUCGCUCUCCCGGCUGGGCUCGAUAACGGGCAGCAGUGCCA
....((..(.((..((((..((((...)))).))))................(((.((((.(((.....((((((((........))))).))).))).))))....))).)).)..)). ( -47.50)
>DroPse_CAF1 2310 120 + 1
UGACGGUGCCACCAGCGGGCGCUCGCGGGGCACCGCCACCCAUACCGACCAAGCCAAUUGUACCGCCCAAGCGGGAGCCCUCUCUCUCCCGCCUGGGCUCCAUAACAAGCGGCAGUGCCA
((.(((((((.((.((((....))))))))))))).))..............(((..((((...(((((.(((((((........))))))).)))))......))))..)))....... ( -53.50)
>DroGri_CAF1 2483 120 + 1
UGACAGUGCCACCGGCUGGAGCACGGGGCGCCCCACCGCCUAUACCGACUAAGCCAAUUGUACCGCCCAAGCGGGAGCCAUCGCUGUCCCGUUUGGGCUCCAUAACAAGUGGCAGUACUG
...((((((..(((((....)).)))((((......))))............((((.((((...((((((((((((((....))..))))))))))))......)))).)))).)))))) ( -51.00)
>DroMoj_CAF1 2719 120 + 1
UGACUGUGCCACCAGCCGGUGCACGCGGCGCACCGCCACCCAUACCGACGAAGCCAAUCGUACCACCCAAGCGAGAGCCAUCGCUGUCCCGCUUGGGCUCCAUAACGAGCGGCAGUGCUG
.(.(((((.((((....))))..))))))((((.(((..........((((......)))).....((((((((.(((....))).))..))))))((((......))))))).)))).. ( -44.30)
>DroAna_CAF1 2409 120 + 1
UUACAGUACCGCCGGCCGGAGCUCGCGGCGCUCCGCCUCCAAUACCGACCAAGCCAAUUGUUCCGCCAAAACGAGAGCCAUCGCUUUCACGGCUUGGCUCCAUCACGGGCAGCAGUGCCA
.....((((.((.(.((((((...((((....))))))))......(((((((((..(((......)))...((((((....))))))..))))))).))......)).).)).)))).. ( -43.40)
>DroPer_CAF1 2311 120 + 1
UGACGGUGCCACCAGCGGGCGCUCGCGGGGCACCGCCACCCAUACCGACCAAGCCAAUUGUACCGCCCAAGCGGGAGCCCUCUCUCUCCCGCCUGGGCUCCAUAACAAGCGGCAGUGCCA
((.(((((((.((.((((....))))))))))))).))..............(((..((((...(((((.(((((((........))))))).)))))......))))..)))....... ( -53.50)
>consensus
UGACGGUGCCACCAGCGGGCGCUCGCGGCGCACCGCCACCCAUACCGACCAAGCCAAUUGUACCGCCCAAGCGGGAGCCAUCGCUCUCCCGCCUGGGCUCCAUAACAAGCGGCAGUGCCA
.................(((((..((((....))))................(((..((((...(((((.(((((((........))))))).)))))......))))..))).))))). (-33.29 = -34.02 +   0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 13,678,215 – 13,678,335
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -62.67
Consensus MFE -43.39
Energy contribution -41.95
Covariance contribution -1.44
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.775591
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13678215 120 - 20766785
UGGCACUGCUGCCCGUUAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGUGGCACGAUCGGCUUGGUUGGUAUGGGGGGCGGUGCUCCGCGAGCGCCCGCUGGCGGCACCGUAA
.(((((((((.(((((...(.((((.(((((((.((((....))))))(((.....))).....))))).)))).).))))).)))))))))((((.(((....))).))))........ ( -64.90)
>DroPse_CAF1 2310 120 - 1
UGGCACUGCCGCUUGUUAUGGAGCCCAGGCGGGAGAGAGAGGGCUCCCGCUUGGGCGGUACAAUUGGCUUGGUCGGUAUGGGUGGCGGUGCCCCGCGAGCGCCCGCUGGUGGCACCGUCA
.((((((((((((..(.((.(((((((((((((((........)))))))))))))....(((.....))).)).)))..))))))))))))((((.(((....))).))))........ ( -68.30)
>DroGri_CAF1 2483 120 - 1
CAGUACUGCCACUUGUUAUGGAGCCCAAACGGGACAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGCGGUACAAUUGGCUUAGUCGGUAUAGGCGGUGGGGCGCCCCGUGCUCCAGCCGGUGGCACUGUCA
((((...((((((.((..((((((((((.(((((..((....))))))).)))))).((((.....(((((.......)))))...(((....))))))))))))).))))))))))... ( -53.10)
>DroMoj_CAF1 2719 120 - 1
CAGCACUGCCGCUCGUUAUGGAGCCCAAGCGGGACAGCGAUGGCUCUCGCUUGGGUGGUACGAUUGGCUUCGUCGGUAUGGGUGGCGGUGCGCCGCGUGCACCGGCUGGUGGCACAGUCA
..((((((((((((((.((.((((((((((((((..((....))))))))))))))....(((......))))).))))))))))))))))(((((..((....))..)))))....... ( -63.10)
>DroAna_CAF1 2409 120 - 1
UGGCACUGCUGCCCGUGAUGGAGCCAAGCCGUGAAAGCGAUGGCUCUCGUUUUGGCGGAACAAUUGGCUUGGUCGGUAUUGGAGGCGGAGCGCCGCGAGCUCCGGCCGGCGGUACUGUAA
..(((.(((((((...(((.(((((((.((((.(((((((......))))))).)))).....))))))).)))(((...((((((((....))))...)))).)))))))))).))).. ( -58.30)
>DroPer_CAF1 2311 120 - 1
UGGCACUGCCGCUUGUUAUGGAGCCCAGGCGGGAGAGAGAGGGCUCCCGCUUGGGCGGUACAAUUGGCUUGGUCGGUAUGGGUGGCGGUGCCCCGCGAGCGCCCGCUGGUGGCACCGUCA
.((((((((((((..(.((.(((((((((((((((........)))))))))))))....(((.....))).)).)))..))))))))))))((((.(((....))).))))........ ( -68.30)
>consensus
UGGCACUGCCGCUCGUUAUGGAGCCCAGGCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGCGGUACAAUUGGCUUGGUCGGUAUGGGUGGCGGUGCGCCGCGAGCGCCCGCUGGUGGCACCGUCA
..((((((((.(((((......((((((.(((((..........))))).))))))......((((((...))))))))))).)))))))).((((..((....))..))))........ (-43.39 = -41.95 +  -1.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 13,678,255 – 13,678,350
Length 95
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.73
Mean single sequence MFE -37.80
Consensus MFE -21.14
Energy contribution -21.83
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.738840
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13678255 95 + 20766785
CAUACCAACCAAGCCGAUCGUGCCACCCAAGCGGGAGCCAUCGCUCUCCCGGCUGGGCUCGAUAACGGGCAGCAGUGCCAUAGCGGCUGCCACCG---------------
..............((((((.(((.....((((((((........))))).))).))).))))..))((((((.((......)).))))))....--------------- ( -34.70)
>DroPse_CAF1 2350 95 + 1
CAUACCGACCAAGCCAAUUGUACCGCCCAAGCGGGAGCCCUCUCUCUCCCGCCUGGGCUCCAUAACAAGCGGCAGUGCCAUAGCAUCGGUCACGG---------------
......((((..(((..((((...(((((.(((((((........))))))).)))))......))))..))).((((....)))).))))....--------------- ( -40.40)
>DroEre_CAF1 2426 95 + 1
CAUACCAACCAAGCCGAUCGUGCCUCCCAAGCGGGAGCCAUCGCUCUCCCGGCUGGGCUCGAUCACGGGCAGCAGUGCCAUAGCGGCUACCACCG---------------
...........(((((((((.((((....((((((((........))))).))))))).)))))...((((....)))).....)))).......--------------- ( -36.70)
>DroYak_CAF1 2422 95 + 1
CAUACCAACCAAGCCGAUCGUGCCCCCCAAGCGGGAGCCAUCGCUCUCCCGGCUGGGCUCGAUCACGGGCAGUAGUGCCAUAGCGGCUGCCACCG---------------
...............(((((.((((....((((((((........))))).))))))).)))))...((((((.((......)).))))))....--------------- ( -38.50)
>DroAna_CAF1 2449 110 + 1
AAUACCGACCAAGCCAAUUGUUCCGCCAAAACGAGAGCCAUCGCUUUCACGGCUUGGCUCCAUCACGGGCAGCAGUGCCAUAGUGGCAGCCACCACCACAGCGUCGACGG
.....((((((((((..(((......)))...((((((....))))))..)))))((((((((....((((....))))...)))).)))).........).)))).... ( -36.10)
>DroPer_CAF1 2351 95 + 1
CAUACCGACCAAGCCAAUUGUACCGCCCAAGCGGGAGCCCUCUCUCUCCCGCCUGGGCUCCAUAACAAGCGGCAGUGCCAUAGCAUCGGUCACGG---------------
......((((..(((..((((...(((((.(((((((........))))))).)))))......))))..))).((((....)))).))))....--------------- ( -40.40)
>consensus
CAUACCAACCAAGCCAAUCGUGCCGCCCAAGCGGGAGCCAUCGCUCUCCCGGCUGGGCUCCAUAACGGGCAGCAGUGCCAUAGCGGCUGCCACCG_______________
............((((...((((...(((..((((((........))))))..)))((((......))))....)))).....))))....................... (-21.14 = -21.83 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 13,678,255 – 13,678,350
Length 95
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.73
Mean single sequence MFE -45.07
Consensus MFE -28.81
Energy contribution -28.03
Covariance contribution -0.77
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.730147
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13678255 95 - 20766785
---------------CGGUGGCAGCCGCUAUGGCACUGCUGCCCGUUAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGUGGCACGAUCGGCUUGGUUGGUAUG
---------------.((..((((..((....)).))))..))...((((.((((.(((((((.((((....))))))(((.....))).....))))).)))))))).. ( -41.50)
>DroPse_CAF1 2350 95 - 1
---------------CCGUGACCGAUGCUAUGGCACUGCCGCUUGUUAUGGAGCCCAGGCGGGAGAGAGAGGGCUCCCGCUUGGGCGGUACAAUUGGCUUGGUCGGUAUG
---------------...((((((((((....)))..((((.((((......(((((((((((((........)))))))))))))...)))).)))))))))))..... ( -47.50)
>DroEre_CAF1 2426 95 - 1
---------------CGGUGGUAGCCGCUAUGGCACUGCUGCCCGUGAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGAGGCACGAUCGGCUUGGUUGGUAUG
---------------.((..((((..((....)).))))..))...........(((((((((.((.((.((.(((((....))))).)))).))..))))))))).... ( -41.50)
>DroYak_CAF1 2422 95 - 1
---------------CGGUGGCAGCCGCUAUGGCACUACUGCCCGUGAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGGGGCACGAUCGGCUUGGUUGGUAUG
---------------..(((.((((((((..((((....))))...(((((.((((..(((((.((((....))))...))))).)))).))))))))..))))).))). ( -43.70)
>DroAna_CAF1 2449 110 - 1
CCGUCGACGCUGUGGUGGUGGCUGCCACUAUGGCACUGCUGCCCGUGAUGGAGCCAAGCCGUGAAAGCGAUGGCUCUCGUUUUGGCGGAACAAUUGGCUUGGUCGGUAUU
........(((((((((((....))))))))))).....((((...(((.(((((((.((((.(((((((......))))))).)))).....))))))).))))))).. ( -48.70)
>DroPer_CAF1 2351 95 - 1
---------------CCGUGACCGAUGCUAUGGCACUGCCGCUUGUUAUGGAGCCCAGGCGGGAGAGAGAGGGCUCCCGCUUGGGCGGUACAAUUGGCUUGGUCGGUAUG
---------------...((((((((((....)))..((((.((((......(((((((((((((........)))))))))))))...)))).)))))))))))..... ( -47.50)
>consensus
_______________CGGUGGCAGCCGCUAUGGCACUGCUGCCCGUGAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGCGGCACAAUCGGCUUGGUCGGUAUG
.................(((.....)))..((((...((((..(((......((((((.((((((........)))))).))))))...)))..))))...))))..... (-28.81 = -28.03 +  -0.77)

alignment

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