Locus 4152

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 13,659,531 – 13,659,633
Length 102
Max. P 0.521295
window6679

overview

Window 9

Location 13,659,531 – 13,659,633
Length 102
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.27
Mean single sequence MFE -49.68
Consensus MFE -32.77
Energy contribution -31.86
Covariance contribution -0.91
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.18
Structure conservation index 0.66
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.521295
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13659531 102 - 20766785
GGGGAUCUGCAUGUUGGGUGCUGC---AGUUUGCUGGCCAGUAAUAGCGCGUGCUCCAGUGUUGCGCAUGUUGUUAGCCGCA---------GCAGCGGCGGCAUGUGUGCCCUG
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>DroVir_CAF1 17595 114 - 1
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>DroGri_CAF1 17922 114 - 1
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>DroWil_CAF1 18401 111 - 1
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>DroMoj_CAF1 17684 114 - 1
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>DroAna_CAF1 15682 108 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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