Locus 4118

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 13,529,681 – 13,529,814
Length 133
Max. P 0.996631
window6630 window6631 window6632

overview

Window 0

Location 13,529,681 – 13,529,774
Length 93
Sequences 6
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.65
Mean single sequence MFE -31.87
Consensus MFE -28.33
Energy contribution -28.03
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.32
SVM RNA-class probability 0.941833
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13529681 93 - 20766785
AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCCAAGCCACGAAUCGGAAGCGA
......(((..--------.((.((.(((((...))))).))))...)))........((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). ( -33.00)
>DroSec_CAF1 78089 93 - 1
AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCCAAGCCACGAAUCGGAAGCGA
......(((..--------.((.((.(((((...))))).))))...)))........((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). ( -33.00)
>DroSim_CAF1 80904 93 - 1
AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCCAAGCCACGAAUCGGAAGCGA
......(((..--------.((.((.(((((...))))).))))...)))........((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). ( -33.00)
>DroEre_CAF1 78467 91 - 1
AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACCCCGGCACA--CACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCACAGCCACGAAUCGGAAGCGA
......(((..--------.((.((.(((((...))))).))--)).)))........((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). ( -31.60)
>DroYak_CAF1 81172 91 - 1
AACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACUCCAGCACA--CACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCGUAGCCACGAAUCGGAAGCGA
......(((..--------.((.((.(((((...))))).))--)).)))........((((((((((((.(((.((...)).)))..)))))))))))). ( -32.90)
>DroAna_CAF1 78953 99 - 1
AACAGUUGCAGCACUAACCGUGCCGUGCAGA--GCCCGUACGCACACGCAUCCACAUCCGCUUCCGUUUCCGGCAACAGUCAAGCCACAAAACGGAAGAGA
......(((.((((.....)))).((((...--........))))..)))........(.(((((((((..(((.........)))...))))))))).). ( -27.70)
>consensus
AACAGUUGCAU________UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCAGCAGCCAAGCCACGAAUCGGAAGCGA
....((.(((..........))).))((((.....))))...................((((((((((((.(((.........)))..)))))))))))). (-28.33 = -28.03 +  -0.30)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 1

Location 13,529,707 – 13,529,814
Length 107
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.77
Mean single sequence MFE -45.53
Consensus MFE -40.20
Energy contribution -40.28
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -3.54
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 2.72
SVM RNA-class probability 0.996631
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13529707 107 + 20766785
UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUGUGUGUGCUGGCGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUAAAAUGCAACUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC
..(((.(.(((....))).).))).(((((.((((((((((...))))))).(((.--------.((((...((((((.......))))))))))..))).))).)))))..... ( -46.90)
>DroSec_CAF1 78115 107 + 1
UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUGUGUGUGCUGGCGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAACUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC
..(((.(.(((....))).).))).(((((.((((((((((...))))))).(((.--------.((((...((((((.......))))))))))..))).))).)))))..... ( -46.90)
>DroSim_CAF1 80930 107 + 1
UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUGUGUGUGCUGGCGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAACUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC
..(((.(.(((....))).).))).(((((.((((((((((...))))))).(((.--------.((((...((((((.......))))))))))..))).))).)))))..... ( -46.90)
>DroEre_CAF1 78493 105 + 1
UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUG--UGUGCCGGGGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAACUGCGGGUGCAACAAAUGCAGCGAC
..(((.(.(((....))).).))).(((((.--(((((.((...)).)))))(((.--------.((((...((((((.......))))))))))..))).....)))))..... ( -38.90)
>DroYak_CAF1 81198 105 + 1
UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUG--UGUGCUGGAGUCCAGCGCAGCAA--------AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAAGUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC
..(((.(.(((....))).).))).(((...--((((((((...))))))))))).--------.((((.(((((((((.((...........)).))))))))).))))..... ( -46.30)
>DroAna_CAF1 78979 108 + 1
UGCCGGAAACGGAAGCGGAUGUGGAUGCGUGUGCGUACGGGC--UCUGCACGGCACGGUUAGUGCUGCAACUGUUGCA-----ACUGCAAGUGCAACUGCAACAGAUGCAGUGAC
..(((....)))..((.(.((..((.((.(((....))).))--))..))).)).........((((((.((((((((-----..(((....)))..)))))))).))))))... ( -47.30)
>consensus
UGCCGGAACCGGAAACGGAUGUGGAUGCGUGUGUGUGCUGGCGUCCAGCGCAGCAA________AUGCAACUGUUGCAGGUGAAAUGCAACUGCAGCUGCAACAGAUGCAGUGAC
..(((.(.(((....))).).))).(((.....((((((((...)))))))))))..........((((.(((((((((......(((....))).))))))))).))))..... (-40.20 = -40.28 +   0.09)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 2

Location 13,529,707 – 13,529,814
Length 107
Sequences 6
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.77
Mean single sequence MFE -34.88
Consensus MFE -29.71
Energy contribution -30.02
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 1.05
SVM RNA-class probability 0.906566
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13529707 107 - 20766785
GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCAGUUGCAUUUUACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA
((.(.((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).)))).--------).))...((((((.(((.((........))....((....))....))))))))). ( -34.00)
>DroSec_CAF1 78115 107 - 1
GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCAGUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA
((.(.((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).)))).--------).))...((((((.(((.((........))....((....))....))))))))). ( -34.00)
>DroSim_CAF1 80930 107 - 1
GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCAGUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA
((.(.((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).)))).--------).))...((((((.(((.((........))....((....))....))))))))). ( -34.00)
>DroEre_CAF1 78493 105 - 1
GUCGCUGCAUUUGUUGCACCCGCAGUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACCCCGGCACA--CACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA
...((.(((..((((((....)))((((((.......))))))....))).--------.))).))((((((..((((....--.(((.((....)).)))..)))).)))))). ( -33.90)
>DroYak_CAF1 81198 105 - 1
GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCACUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU--------UUGCUGCGCUGGACUCCAGCACA--CACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA
(((..((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).)))).--------.(((((.(((((...))))).))--...))).......(((....)))....))). ( -34.40)
>DroAna_CAF1 78979 108 - 1
GUCACUGCAUCUGUUGCAGUUGCACUUGCAGU-----UGCAACAGUUGCAGCACUAACCGUGCCGUGCAGA--GCCCGUACGCACACGCAUCCACAUCCGCUUCCGUUUCCGGCA
(((.(((((.((((((((..(((....)))..-----)))))))).)))))........((((.((((...--....))))))))..........................))). ( -39.00)
>consensus
GUCACUGCAUCUGUUGCAGCUGCAGUUGCAUUUCACCUGCAACAGUUGCAU________UUGCUGCGCUGGACGCCAGCACACACACGCAUCCACAUCCGUUUCCGGUUCCGGCA
.....((((.(((((((((.(((....)))......))))))))).))))..........(((((.((((.....))))..................(((....)))...))))) (-29.71 = -30.02 +   0.31)

alignment

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