Locus 400

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	2,394,924 – 2,395,069
Length	145
Max. P	0.968281

overview

Window 3

Location	2,394,924 – 2,395,044
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.50
Mean single sequence MFE	-31.46
Consensus MFE	-26.64
Energy contribution	-26.68
Covariance contribution	0.04
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.42
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.756190
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2394924 120 - 20766785
CCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCUAUUCGGUCUCACUGCUGUUCUU
((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))).....(((((((((..(.....)..))))..))))).... ( -33.10)
>DroSec_CAF1 50651 120 - 1
CCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCUAUUCGGUCUCACUACUGUUCUU
((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..))))))))))))))......(((.((((..(.....)..)))))))........ ( -30.70)
>DroSim_CAF1 8030 120 - 1
CCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCUAUUCGGUCUCACUGCUGUUCUU
((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))).....(((((((((..(.....)..))))..))))).... ( -33.10)
>DroEre_CAF1 8278 120 - 1
CCUACUGGCAAUACUUUACUUCGCUACUGAGAACCGCGCACACAGCUCUCUCAGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGCGUUCUAUUCGGUCUCACUGCUGCUCCU
......((((............((...(((((.(((.(.((.(((((.........((((((((....((.....)).)))))))).))))).)).)....))))))))..))))))... ( -26.70)
>DroYak_CAF1 7934 120 - 1
CCUACUGGCAAACCUUUAUUACGCUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCAGAUUGAAAUCCAAUGAGGUUUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCCAUUUGGUCUCACUGCUGUUCCU
(((((((...((((((..........((((((...((.......))..))))))((((.....))))))))))))))))).....(((((((((..((....)).))))..))))).... ( -33.70)
>consensus
CCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGGAUUUCAUAGCUGAGUUCUAUUCGGUCUCACUGCUGUUCUU
(((((((((.................((((((...((.......))..))))))((((.....))))...).)))))))).....(((((((((..((....)).))))..))))).... (-26.64 = -26.68 +   0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	2,394,964 – 2,395,069
Length	105
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.57
Mean single sequence MFE	-32.46
Consensus MFE	-27.82
Energy contribution	-27.10
Covariance contribution	-0.72
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.62
SVM RNA-class probability	0.968281
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2394964 105 + 20766785
CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCCGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAACGUAAUGAAGUAUCGCCAGUAGGUACAUA----------UAUGUCCAGUGCAUAUAUG
..((((.(((((((((((((....))))..(((((((((....)))))))))........))))).(((((.......)))))...----------..)))).))))........ ( -32.60)
>DroSec_CAF1 50691 105 + 1
CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCCGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAACGUAAUGAAGUAUCGCCAGUAGGUACAUA----------UAUGUCCAGUGCAUAUAUG
..((((.(((((((((((((....))))..(((((((((....)))))))))........))))).(((((.......)))))...----------..)))).))))........ ( -32.60)
>DroSim_CAF1 8070 105 + 1
CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCCGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAACGUAAUGAAGUAUCGCCAGUAGGUACAUA----------UAUGUCCAGUGCAUAUAUG
..((((.(((((((((((((....))))..(((((((((....)))))))))........))))).(((((.......)))))...----------..)))).))))........ ( -32.60)
>DroEre_CAF1 8318 115 + 1
CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCUGAGAGAGCUGUGUGCGCGGUUCUCAGUAGCGAAGUAAAGUAUUGCCAGUAGGUACAUAUAGGUACAUAUGAGUCCAGUGCAUAUAUG
..........(.(((((((((.((......(((((((((....))))))))).........(((..((((((((....)))).))))...)))...))))))))))))....... ( -32.10)
>DroYak_CAF1 7974 107 + 1
CCCACUAAACCUCAUUGGAUUUCAAUCUGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAGCGUAAUAAAGGUUUGCCAGUAGGUACA--------CAUAUGUGUUCGGUGCAUAUAUG
((.(((((((((..(..(((....)))..)(((((((((....))))))))).............))))))...))).))....--------(((((((((.....))))))))) ( -32.40)
>consensus
CCCACUAGACGUCAUUGGAUUUCAAUCCGAGAGAGCUGUGUGCGCAGUUCUCAGUAACGUAAUGAAGUAUCGCCAGUAGGUACAUA__________UAUGUCCAGUGCAUAUAUG
..((((.(((....((((((....))))))(((((((((....)))))))))..............(((((.......)))))................))).))))........ (-27.82 = -27.10 +  -0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	2,394,964 – 2,395,069
Length	105
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.57
Mean single sequence MFE	-30.06
Consensus MFE	-22.46
Energy contribution	-22.10
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.01
SVM RNA-class probability	0.898976
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2394964 105 - 20766785
CAUAUAUGCACUGGACAUA----------UAUGUACCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG
(((((((((....).))))----------))))..((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))) ( -31.20)
>DroSec_CAF1 50691 105 - 1
CAUAUAUGCACUGGACAUA----------UAUGUACCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG
(((((((((....).))))----------))))..((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))) ( -31.20)
>DroSim_CAF1 8070 105 - 1
CAUAUAUGCACUGGACAUA----------UAUGUACCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG
(((((((((....).))))----------))))..((((((((.((....))...((((((..((((.(((......))).))))..((((....))))..)))))))))))))) ( -31.20)
>DroEre_CAF1 8318 115 - 1
CAUAUAUGCACUGGACUCAUAUGUACCUAUAUGUACCUACUGGCAAUACUUUACUUCGCUACUGAGAACCGCGCACACAGCUCUCUCAGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG
........((((((((((((..((((......))))....((((.............))))((((((...((.......))..))))))...........)))).)))))))).. ( -27.62)
>DroYak_CAF1 7974 107 - 1
CAUAUAUGCACCGAACACAUAUG--------UGUACCUACUGGCAAACCUUUAUUACGCUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCAGAUUGAAAUCCAAUGAGGUUUAGUGGG
((((((((.........))))))--------))..(((((((...((((((..........((((((...((.......))..))))))((((.....))))))))))))))))) ( -29.10)
>consensus
CAUAUAUGCACUGGACAUA__________UAUGUACCUACUGGCGAUACUUCAUUACGUUACUGAGAACUGCGCACACAGCUCUCUCGGAUUGAAAUCCAAUGACGUCUAGUGGG
........((((((((...................((....))..................((((((...((.......))..))))))((((.....))))...)))))))).. (-22.46 = -22.10 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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