Locus 3952

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 13,041,695 – 13,041,850
Length 155
Max. P 0.581042
window6379 window6380 window6381

overview

Window 9

Location 13,041,695 – 13,041,815
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.44
Mean single sequence MFE -51.32
Consensus MFE -37.21
Energy contribution -36.77
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -3.24
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.576737
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13041695 120 + 20766785
CCUGGUUCAGCAUGUUGGCUAUUUGCUGAGCCUGCAUGAGUUGUUGGGCUUGGAGGUGCUGCGCCUGCAUUUGGCUUUGCUGGGUGGCCAGGCGGUGGAUAUCCUGCUGGAUAUCCUGCA
((((((((((((....(((((..(((.(((((((((.....)).)))))))..(((((...))))))))..))))).))))))...))))))..((((((((((....)))))))).)). ( -53.40)
>DroVir_CAF1 16356 120 + 1
CCUGAUUCAGCAUGUUGGCUAUUUGUUGUGCCUGCAUCAGCUGCUGCGCUUGCAGAUGCUGUGCCUGCAUUUGGCUUUGCUGCGUGGCCAGCCGAUGGAUAUCCUGUUGGAUAUCCUGCA
.........(((.(((((((....((((((....)).)))).((..(((..(((((.((((((....)))..)))))))).)))..)).)))))))((((((((....))))))))))). ( -49.30)
>DroGri_CAF1 24001 120 + 1
CCUGAUUCAGCAUGUUGGCGAUUUGCUGAGCCUGCAUUAGUUGCUGGGCUUGCAAGUGCUGCGCCUGCAUUUGACUUUGCUGGGUGGCCAGGCGGUGGAUAUCCUGCUGGAUAUCCUGCA
(((((((((((((((.((((((((((.(((((((((.....))).))))))))))))....)))).)))........))))))))...))))..((((((((((....)))))))).)). ( -50.00)
>DroWil_CAF1 15017 120 + 1
CCUGAUUCAGCAUGUUGGCUAUCUGUUGGGCCUGCAUCAGCUGCUGGGCCUGAAGAUGUUGGGCCUGCAUUUGACUUUGCUGAGUUGCUAGCCUAUGGAUAUCCUGCUGGAUAUCUUGCA
...((((((((((((.((((........)))).)))((((.(((.(((((..(.....)..)))))))).))))...)))))))))....((....((((((((....)))))))).)). ( -48.40)
>DroMoj_CAF1 28878 120 + 1
CCUGAUUCAGCAUGUUGGCUAUUUGCUGUGCCUGCAUCAGCUGCUGCGCUUGCAAAUGCUGCGCCUGCAUUUGGCUUUGCUGGGUGGCCAGCCGAUGAAUAUCCUGCUGGAUAUCCUGCA
.........(((.(((((((((((((.((((..(((.....))).))))..))))))((..(.((.(((........))).)))..)).)))))))(.((((((....)))))).)))). ( -43.70)
>DroPer_CAF1 15896 120 + 1
CCUGGUUCAGCAUAUUGGCUAUUUGCUGGGCCUGCAGGAGCUGCUGCGCCUGCAGGUGCUGGGCCUGCAUCUGGCUCUGCUGCGUGGCCAGGCGGUGGAUAUCCUGCUGGAUAUCCUGCA
...((((((((...(..((.....))..)(((((((((.((....)).))))))))))))))))).((((((((((.((...)).)))))))....((((((((....))))))))))). ( -63.10)
>consensus
CCUGAUUCAGCAUGUUGGCUAUUUGCUGAGCCUGCAUCAGCUGCUGCGCUUGCAGAUGCUGCGCCUGCAUUUGGCUUUGCUGGGUGGCCAGCCGAUGGAUAUCCUGCUGGAUAUCCUGCA
.........(((..((((((((..((.(((((.(((.....))).).)))).(((((((.......))))))).....))...)))))))).....((((((((....))))))))))). (-37.21 = -36.77 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 0

Location 13,041,695 – 13,041,815
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.44
Mean single sequence MFE -41.57
Consensus MFE -30.72
Energy contribution -31.08
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.05
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.581042
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13041695 120 - 20766785
UGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUCCACCGCCUGGCCACCCAGCAAAGCCAAAUGCAGGCGCAGCACCUCCAAGCCCAACAACUCAUGCAGGCUCAGCAAAUAGCCAACAUGCUGAACCAGG
((((((((((((....))))))))..(((((((....)).(((........)))))))).........................))))((.((((((...........)))))).))... ( -36.50)
>DroVir_CAF1 16356 120 - 1
UGCAGGAUAUCCAACAGGAUAUCCAUCGGCUGGCCACGCAGCAAAGCCAAAUGCAGGCACAGCAUCUGCAAGCGCAGCAGCUGAUGCAGGCACAACAAAUAGCCAACAUGCUGAAUCAGG
.(((((((((((....))))))))...(((((((...........)))...(((..(((((((..((((....))))..)))).)))..)))........))))....)))......... ( -44.50)
>DroGri_CAF1 24001 120 - 1
UGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUCCACCGCCUGGCCACCCAGCAAAGUCAAAUGCAGGCGCAGCACUUGCAAGCCCAGCAACUAAUGCAGGCUCAGCAAAUCGCCAACAUGCUGAAUCAGG
(((.((((((((....))))))))..(((((((....)).(((........))))))))..)))((((...(((..(((.....))).)))((((((...........))))))..)))) ( -39.10)
>DroWil_CAF1 15017 120 - 1
UGCAAGAUAUCCAGCAGGAUAUCCAUAGGCUAGCAACUCAGCAAAGUCAAAUGCAGGCCCAACAUCUUCAGGCCCAGCAGCUGAUGCAGGCCCAACAGAUAGCCAACAUGCUGAAUCAGG
.(((.(((((((....)))))))....(((((........((...((((..(((.((((...........))))..)))..))))....))........)))))....)))......... ( -35.09)
>DroMoj_CAF1 28878 120 - 1
UGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUUCAUCGGCUGGCCACCCAGCAAAGCCAAAUGCAGGCGCAGCAUUUGCAAGCGCAGCAGCUGAUGCAGGCACAGCAAAUAGCCAACAUGCUGAAUCAGG
.((.((((((((....))))))))....(((((....)))))...))....(((..(((((((..((((....))))..)))).)))..)))(((((...........)))))....... ( -41.30)
>DroPer_CAF1 15896 120 - 1
UGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUCCACCGCCUGGCCACGCAGCAGAGCCAGAUGCAGGCCCAGCACCUGCAGGCGCAGCAGCUCCUGCAGGCCCAGCAAAUAGCCAAUAUGCUGAACCAGG
((((((((((((....)))))))).....((((((........).))))).))))((..(((((((((((((.((....)).))))))))....((.....)).....)))))..))... ( -52.90)
>consensus
UGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUCCACCGCCUGGCCACCCAGCAAAGCCAAAUGCAGGCGCAGCACCUGCAAGCCCAGCAGCUGAUGCAGGCACAGCAAAUAGCCAACAUGCUGAAUCAGG
((((((((((((....))))))))......((((...........))))..))))((..(((((..(((((((......)))..))))(((..........)))....)))))..))... (-30.72 = -31.08 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 13,041,735 – 13,041,850
Length 115
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.70
Mean single sequence MFE -36.32
Consensus MFE -27.00
Energy contribution -27.37
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.60
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.564687
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 13041735 115 - 20766785
--C--AAGCAGCAAAGUAUCGCCAUUAUGAACAUGAAUCUGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUCCACCGCCUGGCCACCCAGCAAAGCCAAAUGCAGGCGCAGCACCUCCAAGCCCAACAA
--.--..((.((........))...........((..((((((((((((((....))))))))...((.(((....))))).........))))))..))))................. ( -29.20)
>DroVir_CAF1 16396 119 - 1
AACGAAAACAGCAAAGCAUCGCCAUUAUGAACAUGAAUCUGCAGGAUAUCCAACAGGAUAUCCAUCGGCUGGCCACGCAGCAAAGCCAAAUGCAGGCACAGCAUCUGCAAGCGCAGCAG
..........((...((...(((.((((....))))...((((((((((((....))))))))...((((.((......))..))))...)))))))...((....))..))...)).. ( -36.20)
>DroPse_CAF1 17410 115 - 1
--C--GUGCAGCAAAGCAUCGCCAUCAUGAACAUGAAUCUGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUCCACCGCCUGGCCACGCAGCAGAGCCAGAUGCAGGCCCAGCACCUGCAGGCGCAGCAG
--.--.(((.((...(((((....((((....)))).(((((.((((((((....))))))))...((........)).)))))....)))))..(((..((....)).))))).))). ( -42.90)
>DroWil_CAF1 15057 117 - 1
--CGUAAACAGCAAAGCAUCGCCAUCAUGAACAUGAAUCUGCAAGAUAUCCAGCAGGAUAUCCAUAGGCUAGCAACUCAGCAAAGUCAAAUGCAGGCCCAACAUCUUCAGGCCCAGCAG
--.............((...(((.((((....)))).((((((.(((((((....)))))))....((((.((......))..))))...)))))).............)))...)).. ( -29.40)
>DroMoj_CAF1 28918 119 - 1
AAAAACAACAGCAAAGCAUUGCCAUCAUGAACAUGAAUCUGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUUCAUCGGCUGGCCACCCAGCAAAGCCAAAUGCAGGCGCAGCAUUUGCAAGCGCAGCAG
..........(((((((..((((.((((....))))...((((((((((((....))))))))....(((((....))))).........))))))))..)).)))))........... ( -37.30)
>DroPer_CAF1 15936 115 - 1
--C--GUGCAGCAAAGCAUCGCCAUCAUGAACAUGAAUCUGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUCCACCGCCUGGCCACGCAGCAGAGCCAGAUGCAGGCCCAGCACCUGCAGGCGCAGCAG
--.--.(((.((...(((((....((((....)))).(((((.((((((((....))))))))...((........)).)))))....)))))..(((..((....)).))))).))). ( -42.90)
>consensus
__C__AAACAGCAAAGCAUCGCCAUCAUGAACAUGAAUCUGCAGGAUAUCCAGCAGGAUAUCCACCGCCUGGCCACGCAGCAAAGCCAAAUGCAGGCCCAGCACCUGCAAGCGCAGCAG
..........((...((...(((.((((....))))...((((((((((((....))))))))......((((...........))))..)))))))...((....))..))...)).. (-27.00 = -27.37 +   0.36)

alignment

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