Locus 3907

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,878,131 – 12,878,241
Length	110
Max. P	0.633000

overview

Window 6

Location	12,878,131 – 12,878,241
Length	110
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.22
Mean single sequence MFE	-44.45
Consensus MFE	-25.67
Energy contribution	-27.07
Covariance contribution	1.39
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-1.51
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.546306
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12878131 110 + 20766785
UCAGGCGCAGGCUCAAGCCCAUGCUGUCUAUGCCCAGCAGGCCUACGCCGCCUAUGCCG---CAGCCGGUUUGGCAC---CUCAGGCCACCGCUA---CAGGUAGCUACUACGCCGAUC
...((((.((((.((((((..(((((........)))))(((....((.((....)).)---).)))))))))))..---....(((.(((....---..))).))).)).)))).... ( -39.50)
>DroPse_CAF1 1302 119 + 1
CCAGGCCCAGGCUCAGGCACAGGCGGCCUAUGCUCAGCAGGCUUAUGCCGCAUAUGCGGCCGCUGCAGGACUCACGCACACACAGCCCACGGCAGCCGCUGGCGGCUACUAUGCCGAUC
...(((....)))..((((.((..((((...((.((((.((((...(((((....))))).((((..((.((...........))))..)))))))))))))))))).)).)))).... ( -47.10)
>DroSec_CAF1 1272 113 + 1
UCAGGCCCAGGCUCAAGCCCAGGCUGCCUAUGCCCAGCAGGCCUACGCCGCCUAUGCUGCAGCAGCCGGUUUGGCAC---CUCAGGCCACCGCUA---CAGGUGGCUACUACGCCGAUC
...(((..((((.((((((..((((((...(((..(((((((.......)))..)))))))))))))))))))))..---....(((((((....---..))))))).))..))).... ( -49.40)
>DroEre_CAF1 1359 113 + 1
UCAGGCCCAGGCGCAAGCCCAGGCUGCCUAUGCCCAGCAGGCCUACGCCGCCUAUGCUGCAGUGGCCGGUUUGGCAC---CUCAGGCCACCGCUG---CCAGUGGCUACUACACCGAUC
...((((..(((....))).((((.((.((.(((.....))).)).)).))))..((((((((((..(((((((...---.))))))).))))))---.))))))))............ ( -47.40)
>DroYak_CAF1 1368 113 + 1
UCAGGCUCAGGCUCAAGCUCAGGCUGCCUAUGCCCAGCAGGCCUACGCCGCUUAUGCUGCAGCAGCCGGUUUGGCGC---CGCAGGCCACCGCUG---CCGGUGGCUACUACACCGAUC
...((....((((((((((..((((((....((..(((.(((....))))))...))....))))))))))))).))---)...((((((((...---.))))))))......)).... ( -48.40)
>DroAna_CAF1 1310 96 + 1
-----------------UCCAAGCGGCCUAUGCUCAGCAGGCCUACGCCGCUUAUGCCGCAGCUGCUGGCCUGGCAC---CACAAGCUGCCACUG---CCGCCGGCUACUACCCCGAUC
-----------------.....(((((.((.....(((.(((....)))))))).)))))(((((.((((.(((((.---(....).)))))..)---))).)))))............ ( -34.90)
>consensus
UCAGGCCCAGGCUCAAGCCCAGGCUGCCUAUGCCCAGCAGGCCUACGCCGCCUAUGCUGCAGCAGCCGGUUUGGCAC___CUCAGGCCACCGCUG___CCGGUGGCUACUACGCCGAUC
..........((.((((((..((((((....((...((.(((....)))))....))....)))))))))))))).........(((((((.........)))))))............ (-25.67 = -27.07 +   1.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	12,878,131 – 12,878,241
Length	110
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.22
Mean single sequence MFE	-53.73
Consensus MFE	-28.26
Energy contribution	-28.77
Covariance contribution	0.51
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.633000
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12878131 110 - 20766785
GAUCGGCGUAGUAGCUACCUG---UAGCGGUGGCCUGAG---GUGCCAAACCGGCUG---CGGCAUAGGCGGCGUAGGCCUGCUGGGCAUAGACAGCAUGGGCUUGAGCCUGCGCCUGA
....(((((((..((..((((---(.((.(..(((...(---((.....))))))..---).)))))))..)).(((((((((((........))))..)))))))...)))))))... ( -53.60)
>DroPse_CAF1 1302 119 - 1
GAUCGGCAUAGUAGCCGCCAGCGGCUGCCGUGGGCUGUGUGUGCGUGAGUCCUGCAGCGGCCGCAUAUGCGGCAUAAGCCUGCUGAGCAUAGGCCGCCUGUGCCUGAGCCUGGGCCUGG
..(((((((((((((((....))))))).((((.(((((((..(....)..).(((((.(((((....)))))....).))))...)))))).)))).)))))).))((....)).... ( -56.90)
>DroSec_CAF1 1272 113 - 1
GAUCGGCGUAGUAGCCACCUG---UAGCGGUGGCCUGAG---GUGCCAAACCGGCUGCUGCAGCAUAGGCGGCGUAGGCCUGCUGGGCAUAGGCAGCCUGGGCUUGAGCCUGGGCCUGA
....(((......))).((((---(.((((..(((...(---((.....))))))..)))).((...((((((....))).)))..)))))))(((((..(((....)))..)).))). ( -54.80)
>DroEre_CAF1 1359 113 - 1
GAUCGGUGUAGUAGCCACUGG---CAGCGGUGGCCUGAG---GUGCCAAACCGGCCACUGCAGCAUAGGCGGCGUAGGCCUGCUGGGCAUAGGCAGCCUGGGCUUGCGCCUGGGCCUGA
...(((((.......)))))(---(.(((((((((...(---((.....)))))))))))).)).((((((((((((((((...((((.......)))))))))))))))...))))). ( -59.10)
>DroYak_CAF1 1368 113 - 1
GAUCGGUGUAGUAGCCACCGG---CAGCGGUGGCCUGCG---GCGCCAAACCGGCUGCUGCAGCAUAAGCGGCGUAGGCCUGCUGGGCAUAGGCAGCCUGAGCUUGAGCCUGAGCCUGA
....(((((.((((((((((.---...)))))).)))).---))))).....(((((((((.......))))).((((((.(((((((.......)))).)))..).)))))))))... ( -54.50)
>DroAna_CAF1 1310 96 - 1
GAUCGGGGUAGUAGCCGGCGG---CAGUGGCAGCUUGUG---GUGCCAGGCCAGCAGCUGCGGCAUAAGCGGCGUAGGCCUGCUGAGCAUAGGCCGCUUGGA-----------------
.......((.(((((..((((---(..(((((.(....)---.))))).))).)).))))).)).((((((((.((.(((....).)).)).))))))))..----------------- ( -43.50)
>consensus
GAUCGGCGUAGUAGCCACCGG___CAGCGGUGGCCUGAG___GUGCCAAACCGGCUGCUGCAGCAUAGGCGGCGUAGGCCUGCUGGGCAUAGGCAGCCUGGGCUUGAGCCUGGGCCUGA
....(((.((((.(((..........(((((((((.(.............).))))))))).((...((((((....))).)))..))...))).)).)).)))............... (-28.26 = -28.77 +   0.51)

alignment

secondary structure

dotplot

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