Locus 3899

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,868,737 – 12,868,847
Length 110
Max. P 0.771487
window6295

overview

Window 5

Location 12,868,737 – 12,868,847
Length 110
Sequences 5
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.81
Mean single sequence MFE -26.22
Consensus MFE -22.18
Energy contribution -22.58
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.771487
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12868737 110 - 20766785
--AUAUAUUAUUAUCAGGUGGUAUAU--AUAUUUUUCGAUUCAUUGGAUCGAUAUUCGUGGUUGCAGCGCACAUCGGUAUCGGUUUUGGUAUCAGUAUCAGUUGAUUGGUUGAU
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>DroSec_CAF1 1744 114 - 1
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>DroSim_CAF1 1741 114 - 1
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>DroEre_CAF1 2147 98 - 1
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>DroYak_CAF1 1791 98 - 1
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>consensus
__AUAUAUUAUUAUCAGGUGGUAUAU__AUAUUUUUCGAUUCAUUGGAUCGAUAUUCGUGGUUGCAGCGCACAUCGGUAUCGGUUUUGGUAUCAGUAUCAGUUGAUUGGUUGAU
............(((((.((((((...........((((((.....)))))).....(((((....)).)))...(((((((....))))))).)))))).)))))........ (-22.18 = -22.58 +   0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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