Locus 3898

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,866,986 – 12,867,093
Length 107
Max. P 0.588259
window6294

overview

Window 4

Location 12,866,986 – 12,867,093
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.40
Mean single sequence MFE -41.71
Consensus MFE -26.06
Energy contribution -26.34
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.36
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.588259
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12866986 107 - 20766785
GGUCACGG------GAUCCGGACCCAGCAAGGCGGGCACCAGGUGUCCCGUUGUGUAGUACGGACUGUACGAGUUGGCCGGAAUGCCGGUCAGAUAGGGGUUUGUUGCCUGC-------A
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>DroVir_CAF1 1031 110 - 1
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>DroPse_CAF1 1 113 - 1
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>DroWil_CAF1 1 113 - 1
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>DroMoj_CAF1 1609 120 - 1
GGCGACGGCCGUCGGAUCGGGUCCCAGCAAAGUAGGCACUAAGUGUCCGGUUGCAUAGUAAGGACUGUAUGUAUUGGCUGGUAUGCCAGUCAAGUAGGGAUUUGCGGCCUGUACAUAAAA
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>DroAna_CAF1 742 113 - 1
GGCCACGGCCGUAUGAUCCGGAGUCAGCAAGGUGGGCACCAGGUGUCCCGUUGCGUAGUAGGGACUGUACGAGUUGGCCGGAAUGCCAGUCAGAUAGGGAUUUGUGGCCUGC-------A
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>consensus
GGCCACGGCCGUCGGAUCCGGACCCAGCAAAGUAGGCACCAAGUGUCCAGUUGCAUAGUAAGGACUGUACGAGUUGGCCGGUAUGCCAGUCAAAUAGGGAUUUGUGGCCUGC_______A
......(((((.((((((........(((.(((....)))....((((.............))))))).....((((((((....)))))))).....)))))))))))........... (-26.06 = -26.34 +   0.28)

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