Locus 3839

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,660,538 – 12,660,685
Length	147
Max. P	0.945174

overview

Window 0

Location	12,660,538 – 12,660,645
Length	107
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.47
Mean single sequence MFE	-46.18
Consensus MFE	-34.64
Energy contribution	-33.90
Covariance contribution	-0.74
Combinations/Pair	1.51
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.35
SVM RNA-class probability	0.945174
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12660538 107 + 20766785
GAAAGCCAAGUGCACCCGCGUUGAUGAGUUGAAUCGUUCUAUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCCCAGUGUUCUUUGUGGUG-----CCU--------CGCAUCGUUCGGGACGCAGGGCUU
....((.....)).(((((((((.(((((.((.....)).))))).))))))).))....((((.(((((((..((((((-----(..--------.)))))))..))))))).)))).. ( -39.10)
>DroPse_CAF1 21747 119 + 1
GAAAGCCAAACACACCCGCGUUGAUGAGUUAAAUCGUCCUAUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCCCAGCGCCCUUUCUGGUGCGGCACUUC-GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUU
..((((((((...((((((((((.(((((...........))))).))))))).)))))))....(((((((...(((..((((((...-.))).)))..)))...)))))))...)))) ( -50.00)
>DroGri_CAF1 22367 115 + 1
GAAAGCACUUCACACCCGCGUUGAUGAGGUGAAUCGUUUUAUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCGUGAUGCCCUUUGCGGUAUGA--CUUCGGUCAUCCGUGUUG---UGGGCGUGGCGCUU
.............((((((((((.((((.((((....)))))))).))))))).)))...((((.((((((..(((((.((((--(....))))))))))...---.)))))).)))).. ( -49.90)
>DroYak_CAF1 20493 107 + 1
GAAAGCCAAGCGCACCCGCGUUGAUGAGUUGAAUCGUUCUAUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGUCCAGUGUCCUUUGUGGUG-----CUU--------CGCACUGUUCGGGAUGCAGGGCUU
..(((((..(.((((((((((((.(((((.((.....)).))))).))))))).))...))).).(((((((..(..(((-----(..--------.))))..)..)))))))..))))) ( -39.80)
>DroAna_CAF1 17676 119 + 1
GAAAGCUAAGCACACCCGCGUUGAUGAGGUGAAUCGUUCUAUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGUCCAGCGGCCUUUGUGGUGUGGCGCUUC-GGUGUCCGCAUCCUCCGGGUCGUCGGGCUU
..............(((((((((.((((..((.....))..)))).))))))).))....((((.(((((((..(.((((((((((...-.))).))))))))...))))))).)))).. ( -48.30)
>DroPer_CAF1 21684 119 + 1
GAAAGCCAAACACACCCGCGUUGAUGAGUUAAAUCGUCCUAUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCCCAGCGCCCUUUCUGGUGCGGCACUUC-GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUU
..((((((((...((((((((((.(((((...........))))).))))))).)))))))....(((((((...(((..((((((...-.))).)))..)))...)))))))...)))) ( -50.00)
>consensus
GAAAGCCAAGCACACCCGCGUUGAUGAGUUGAAUCGUUCUAUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCCCAGCGCCCUUUGUGGUG_GG__CUUC_GGUGUCCGCAUCGUUCGGGGCGCAGGGCUU
..............(((((((((.(((((.((.....)).))))).))))))).))....((((.(((((((...((((((((............))))))))...))))))).)))).. (-34.64 = -33.90 +  -0.74)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	12,660,578 – 12,660,685
Length	107
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.39
Mean single sequence MFE	-44.28
Consensus MFE	-31.04
Energy contribution	-29.00
Covariance contribution	-2.04
Combinations/Pair	1.60
Mean z-score	-1.53
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.59
SVM RNA-class probability	0.792266
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12660578 107 + 20766785
AUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCCCAGUGUUCUUUGUGGUG-----CCU--------CGCAUCGUUCGGGACGCAGGGCUUCGAUGAUCGCUCGGUAGAAACGGAUAGAGCGAAUUCUGAG
..((((...(....)((...((((.(((((((..((((((-----(..--------.)))))))..))))))).)))).)).....((((((..............))))))...)))). ( -34.54)
>DroVir_CAF1 30616 113 + 1
AUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCGUGAUGCCCUUUGCGAUGUGA--UUUU-AUCACUCGUUUUG---UGGGCGUGGCGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-ACACGAAUAGAACGAAUUCUGAG
(((((.....((((..(((.((((.((((((...((((.((((--(...-)))))))))....---.)))))).))))...)))..))))(((...-...)))......)))))...... ( -38.50)
>DroPse_CAF1 21787 118 + 1
AUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCCCAGCGCCCUUUCUGGUGCGGCACUUC-GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-AAACGGAUAGAACGAAUUCUGAG
(((((....(....)((((((((..(((((((...(((..((((((...-.))).)))..)))...))))))).((((..........))))))))-))))........)))))...... ( -50.90)
>DroGri_CAF1 22407 114 + 1
AUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCGUGAUGCCCUUUGCGGUAUGA--CUUCGGUCAUCCGUGUUG---UGGGCGUGGCGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-ACACGAAUAGAACGAAUUCUGAG
(((((.....((((.(((..((((.((((((..(((((.((((--(....))))))))))...---.)))))).))))...)))..))))(((...-...)))......)))))...... ( -44.40)
>DroAna_CAF1 17716 118 + 1
AUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGUCCAGCGGCCUUUGUGGUGUGGCGCUUC-GGUGUCCGCAUCCUCCGGGUCGUCGGGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-ACACGAAUAGAGCGAAUUCUGAG
..((((...(....)((...((((.(((((((..(.((((((((((...-.))).))))))))...))))))).)))).)).....((((((....-.........))))))...)))). ( -46.42)
>DroPer_CAF1 21724 118 + 1
AUUCGGCAGCGUGAGGUUUUGCCCAGCGCCCUUUCUGGUGCGGCACUUC-GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA-AAACGGAUAGAACGAAUUCUGAG
(((((....(....)((((((((..(((((((...(((..((((((...-.))).)))..)))...))))))).((((..........))))))))-))))........)))))...... ( -50.90)
>consensus
AUUCGGCAGCGUGAGGAUUUGCCCAGCGCCCUUUGUGGUGUGG__CUUC_GGUGUCCGUGUCGUUCGGGGCGCAGAGCUUCGAUGAUCGCUCGGUA_AAACGAAUAGAACGAAUUCUGAG
(((((...(((.........((((.(((((((...((((((((............))))))))...))))))).)))).........)))(((.......)))......)))))...... (-31.04 = -29.00 +  -2.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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