Locus 3824

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,628,368 – 12,628,468
Length 100
Max. P 0.506746
window6175

overview

Window 5

Location 12,628,368 – 12,628,468
Length 100
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.96
Mean single sequence MFE -26.17
Consensus MFE -18.32
Energy contribution -18.82
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.11
Structure conservation index 0.70
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.506746
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12628368 100 - 20766785
UAAAGGAAAGCUAUGCA---AAA--UCUAGUCACUUACCGAUAUGAACUGCUGCAGGAGCAAUGGAUAUCUGGUCAGUCUUUGGAUGGGCUGAACUAGGAAGCUG
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>DroPse_CAF1 23049 101 - 1
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>DroSim_CAF1 21638 100 - 1
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>DroEre_CAF1 21432 94 - 1
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>DroYak_CAF1 21526 97 - 1
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>DroPer_CAF1 28268 101 - 1
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>consensus
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.................................(((.(((((((..(.((((.....)))).)..)))))((((((((((......)))))).)))))))))... (-18.32 = -18.82 +   0.50)

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