Locus 3814

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,584,494 – 12,584,608
Length 114
Max. P 0.957837
window6161 window6162

overview

Window 1

Location 12,584,494 – 12,584,608
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.11
Mean single sequence MFE -51.64
Consensus MFE -35.58
Energy contribution -35.67
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.71
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 1.17
SVM RNA-class probability 0.924971
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12584494 114 + 20766785
GGUGUCAAUGUUCUAGUAGAUUUGGUGGUGAUCAC------CUCUUCCUCUGGCGGCGGCGUGCUGGGUGAGCAAAGCUCCUCAAGCUGCCGCUUGGCCGAGAGGAAGGGAUCGUAUUUG
(((((((.....((((.....))))...))).)))------)(((((((((((((((((((.((((((.((((...))))))).))))))))))..))).)))))))))........... ( -51.00)
>DroVir_CAF1 14064 111 + 1
GACAUGAUCGGU---GUGGCUGU---UGUGUUCACCAG---UGGUUCGUUGUCGGGUGGUGUGUUGGGUGAGCAGAGCUCCUCCAGCUGACGUUUGGCGGACAGAAACGGAUCGUACUUG
...(((((((((---(.(((...---...)))))))..---((.(((.((((((..((....((((((.((((...)))).))))))...))..))))))...))).))))))))..... ( -36.10)
>DroSec_CAF1 9639 114 + 1
GGUGUCAUUGUUCUAGUAACUUUGGUGGUGGUCAC------CUCUUCCUCUGGCGGCGGCGUGCUGGGUGAGCAAAGCUCCUCCAGCUGCCGCUUAGCCGAGAGGAAGGGAUCGUAUUUG
((((((((..((..((...))..))..)))).)))------)(((((((((((((((((((.((((((.((((...)))).)))))))))))))..))).)))))))))........... ( -57.00)
>DroEre_CAF1 9665 114 + 1
GGUGUCAGUGUUCUGGUAGCUUUGGUGGCGGUCAC------CUCCUCCUCCGGCGGCGGCGUGCUGGGUGAGCAAAGCUCCUCCAGCUGCCGCUUGGCCGAGAGGAAGGGAUCGUAUUUG
(.(..(((....)))..).).......((((((.(------((..((((((((((((((((.((((((.((((...)))).)))))))))))))..)))).))))))))))))))..... ( -59.70)
>DroYak_CAF1 9642 114 + 1
GGUGUCAAUGUUCUGGUAGCUUUGGUGGUGGUCAC------CUCCUCCUCUGGCGGCGGCGUGCUGGGUGAGCAAAGCUCCUCCAGCUGUCGCUUGGCCGAGAGGAAGGGAUCGUAUUUG
(((((((.....(..(.....)..)...))).)))------)(((((((((((((((((((.((((((.((((...)))).)))))))))))))..))).))))).)))).......... ( -50.50)
>DroAna_CAF1 9976 120 + 1
GCUGUCAGUGGUGUCUUAGGUUUGGUGGUGGUCAUCACGAUCUCCUCCUCCGGCGGCGGGGUGUUGGGUGAGCAGAGCUCCUCCAGCUGCCGCUUGGCCGAGAGGAAGGGAUCGUACUUA
.......((((((.((.............)).))))))((((((.((((((((((((((.(.((((((.((((...)))).))))))).)))))..)))).))))).))))))....... ( -55.52)
>consensus
GGUGUCAAUGUUCUAGUAGCUUUGGUGGUGGUCAC______CUCCUCCUCUGGCGGCGGCGUGCUGGGUGAGCAAAGCUCCUCCAGCUGCCGCUUGGCCGAGAGGAAGGGAUCGUAUUUG
.........................................(((.((((((((((((((((.((((((.((((...)))).)))))))))))))..)))).))))).))).......... (-35.58 = -35.67 +   0.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 12,584,494 – 12,584,608
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.11
Mean single sequence MFE -42.03
Consensus MFE -30.11
Energy contribution -31.78
Covariance contribution 1.67
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -3.43
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 1.48
SVM RNA-class probability 0.957837
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12584494 114 - 20766785
CAAAUACGAUCCCUUCCUCUCGGCCAAGCGGCAGCUUGAGGAGCUUUGCUCACCCAGCACGCCGCCGCCAGAGGAAGAG------GUGAUCACCACCAAAUCUACUAGAACAUUGACACC
......((((..((((((((.(((...(((((.(((.(..((((...))))..).)))..))))).))))))))))).(------(((.....))))..............))))..... ( -43.00)
>DroVir_CAF1 14064 111 - 1
CAAGUACGAUCCGUUUCUGUCCGCCAAACGUCAGCUGGAGGAGCUCUGCUCACCCAACACACCACCCGACAACGAACCA---CUGGUGAACACA---ACAGCCAC---ACCGAUCAUGUC
.......((((.((..((((.............(.(((..((((...))))..))).).(((((...............---.)))))......---))))....---)).))))..... ( -21.59)
>DroSec_CAF1 9639 114 - 1
CAAAUACGAUCCCUUCCUCUCGGCUAAGCGGCAGCUGGAGGAGCUUUGCUCACCCAGCACGCCGCCGCCAGAGGAAGAG------GUGACCACCACCAAAGUUACUAGAACAAUGACACC
............((((((((.(((...(((((.(((((..((((...))))..)))))..))))).))))))))))).(------(((.....))))...((((.........))))... ( -48.90)
>DroEre_CAF1 9665 114 - 1
CAAAUACGAUCCCUUCCUCUCGGCCAAGCGGCAGCUGGAGGAGCUUUGCUCACCCAGCACGCCGCCGCCGGAGGAGGAG------GUGACCGCCACCAAAGCUACCAGAACACUGACACC
............(((((((.((((...(((((.(((((..((((...))))..)))))..))))).))))))))))).(------(((.....))))........(((....)))..... ( -51.10)
>DroYak_CAF1 9642 114 - 1
CAAAUACGAUCCCUUCCUCUCGGCCAAGCGACAGCUGGAGGAGCUUUGCUCACCCAGCACGCCGCCGCCAGAGGAGGAG------GUGACCACCACCAAAGCUACCAGAACAUUGACACC
......((((..((((((((((((...(((...(((((..((((...))))..))))).))).))))..)))))))).(------(((.....))))..............))))..... ( -42.80)
>DroAna_CAF1 9976 120 - 1
UAAGUACGAUCCCUUCCUCUCGGCCAAGCGGCAGCUGGAGGAGCUCUGCUCACCCAACACCCCGCCGCCGGAGGAGGAGAUCGUGAUGACCACCACCAAACCUAAGACACCACUGACAGC
....(((((((.(((((((.((((...((((..(.(((..((((...))))..))).)...)))).))))))))))).)))))))................................... ( -44.80)
>consensus
CAAAUACGAUCCCUUCCUCUCGGCCAAGCGGCAGCUGGAGGAGCUUUGCUCACCCAGCACGCCGCCGCCAGAGGAAGAG______GUGACCACCACCAAAGCUACCAGAACAAUGACACC
............((((((((.(((...(((((.(((((..((((...))))..)))))..))))).)))))))))))........................................... (-30.11 = -31.78 +   1.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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