Locus 3813

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,583,335 – 12,583,443
Length 108
Max. P 0.743579
window6160

overview

Window 0

Location 12,583,335 – 12,583,443
Length 108
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.20
Mean single sequence MFE -44.42
Consensus MFE -23.13
Energy contribution -24.13
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.743579
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12583335 108 + 20766785
------CAGCGGAUUGG---CCAAUAGCUGUUUCUGCUGUUGCUGCCAGCACUGUUCGUCGUACUCCAUGGACGAGCGGUUGGCCUCAUCGUCUGCCGAGCAGCCCGAUGAAGCAUC
------(((((((.(((---(.....))))..))))))).((((((((..((((((((((..........)))))))))))))).((((((.((((...))))..)))))))))).. ( -45.40)
>DroVir_CAF1 12901 106 + 1
-----------GAUUGGUGGUCAGCAGCUGUUUCUGCUGUUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGAACUCCAGCGAGGAGCGGUUGGCCUCAUCAUCGGCACAGCUGCCCGAUGAGAUGUA
-----------...(((..(.(((((((.......))))))))..)))(((...(((((((...(((.....)))((((((((((........))).))))))).))))))).))). ( -47.60)
>DroPse_CAF1 8480 108 + 1
------CAGUGGAUUGG---CCAGCAGUUGCUUCUGCUGCUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGUACUCCAUUGAGGACCGAUUAGCCUCAUCGUCGGCGGAGCACCCCGACGAGGCAUC
------(((((..((((---(.((((((.((....)).))))))))))))))))...((((..(((....)))...))))..(((((...(((((.((....))))))))))))... ( -47.30)
>DroMoj_CAF1 11824 114 + 1
UGCCUUGAGUGGAUUGG---AGAGCAGCUGCUUCUGCUGCUGCUGCCAGCAUUGCUCGUCAAACUCCAGCGAUGAGCGAUUGGCCUCAUCAUCAGCGCAGCUGCCGGACGAGAUGUA
...((((..(((....(---((((((((.((....)).))))))((((..((((((((((..........))))))))))))))))).....((((...)))))))..))))..... ( -42.40)
>DroAna_CAF1 8808 108 + 1
------CAGUGGGUUGG---UCAGGAGUUGCUUUUGCUGCUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGAACUCCAUGGAGGACCUAUUCGCCUCGUCAUCUGCUGAGCAUCCAGAACUGGCAUC
------(((((((((((---.(((.(((.((....)).))).))))))))..(((((((.((.(((....)))(((...........))).)).)).))))).))...))))..... ( -35.20)
>DroPer_CAF1 8471 108 + 1
------CAGUGGAUUGG---CCAGCAGUUGCUUCUGUUGCUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGUACUCCAUUGAGGACCGAUUGGCCUCAUCGUCGGCGGAGCACCCCGACGAGGCAUC
------(((((..((((---(.((((((.((....)).))))))))))))))))...(((.........(((((.((....)))))))(((((((.((....))))))))))))... ( -48.60)
>consensus
______CAGUGGAUUGG___CCAGCAGCUGCUUCUGCUGCUGCUGCCAGCACUGCUCGUCGAACUCCAUCGAGGACCGAUUGGCCUCAUCAUCGGCGGAGCAGCCCGACGAGGCAUC
......(((((..((((....(((((((.((....)).))))))))))))))))((((((..........((((.........)))).......((...)).....))))))..... (-23.13 = -24.13 +   1.00)

alignment

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