Locus 3806

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,554,914 – 12,555,034
Length 120
Max. P 0.993156
window6152

overview

Window 2

Location 12,554,914 – 12,555,034
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.67
Mean single sequence MFE -28.09
Consensus MFE -23.82
Energy contribution -23.94
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 2.38
SVM RNA-class probability 0.993156
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12554914 120 + 20766785
AUCACAGAAUGCUCGUGAUAAAGUCGCUCAUGUAAAUGGAAUUAUUUUUUGGUGUAAAUCUAAAAAUAGAGCUUUCGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGAAAAUGUGUGCACAAAUUUA
(((((((....)).)))))...(((((.(((.....(((((((((.....((((((((((..(((.......)))..))).))))))).))))))))).....))).))).))....... ( -26.90)
>DroSec_CAF1 16307 120 + 1
AUCACAGAACACUCGUGAUAAAGUCACUCAUGUAAACGGAAUUAUUCUUUGGUGUAAAUCUAAAAAUAGAGCUUUCGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGGAAAUGUGUGCACAUAUUCA
(((((((....)).)))))...(((((.(((.....(((((((((.....((((((((((..(((.......)))..))).))))))).))))))))).....))).))).))....... ( -29.50)
>DroSim_CAF1 16283 120 + 1
AUCACAGAACACUCGUGAUAAAGUCACUCAUGUAAACGGAAUUAUUCUUUGGUGUAAAUCUAAAAAUAGAGCUUUUGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGGAAAUGUGUGCACAUAUUCA
(((((((....)).)))))...(((((.(((.....(((((((((.....(((((((((((((((.......)))))))).))))))).))))))))).....))).))).))....... ( -32.40)
>DroEre_CAF1 16115 117 + 1
AUCACAUAAUACUCGUGAUAAAGUU--CCAUGUACAUGGAAUUAUU-UUUGAUGUAAAUCUAAAAAUAAACCUUUCGGAUGUUACACUUAUAGUUCUGGGAAAAUGUGUGCACACAUUCA
(((((.........)))))...(((--((((....)))))))((((-((((((....))).)))))))....(..((((...............))))..).((((((....)))))).. ( -22.46)
>DroYak_CAF1 16371 120 + 1
AUCACAGAAUACUCGUGAUAAAGUCACUCAUGUAAAUGGAAUUAUUCUUUGGUGUAUAUCUAAAAAUAGAGUUUUCGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGGAAAUGUGUGCACACAUACA
(((((((....)).)))))...(((((.(((.....(((((((((.....((((((((((..(((((...)))))..)))).)))))).))))))))).....))).))).))....... ( -29.20)
>consensus
AUCACAGAAUACUCGUGAUAAAGUCACUCAUGUAAAUGGAAUUAUUCUUUGGUGUAAAUCUAAAAAUAGAGCUUUCGGAUGUUACACUUAUAAUUCUGGGGAAAUGUGUGCACACAUUCA
(((((.........)))))...(((((.(((.....(((((((((.....((((((((((..(((.......)))..))).))))))).))))))))).....))).))).))....... (-23.82 = -23.94 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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