Locus 3797

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 12,542,472 – 12,542,587
Length 115
Max. P 0.976283
window6142

overview

Window 2

Location 12,542,472 – 12,542,587
Length 115
Sequences 5
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.17
Mean single sequence MFE -42.68
Consensus MFE -37.34
Energy contribution -37.66
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.77
SVM RNA-class probability 0.976283
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12542472 115 + 20766785
GCUUAUAGGGGCAUCGAAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGGUGGCAGUGAGUGUUAGUGAGCGACGCGCGUGUGUGAGUGCGUCGAGUGCUGA
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>DroSec_CAF1 3942 115 + 1
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>DroSim_CAF1 3937 115 + 1
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.........(((((.(((((((((....))))))))).....((..(((((((((((((....)))..))))))))).)..))((((((((........)))))))).))))).. ( -46.00)
>DroEre_CAF1 3984 115 + 1
GCUUAUAGGGGCAGCGUAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGCUGUAAGUGAGUGUGAGUGAGCGGCGCGCGUGUGUGUGUGCGUCGAGUGCUGA
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>DroYak_CAF1 4022 115 + 1
GCUUAUAGGGGCAGCGUAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGGUGCAAGGGAGUGUGAGUGAGCGGCGCGCGUGUGUUUGUGCGUCGAGUGCUGA
((((....)))).((((((((......))))))))............(((((((.((...........)))))))))((((..(((((((((......)))))))))..)))).. ( -41.00)
>consensus
GCUUAUAGGGGCAUCGCAUGUAUGACGGCAUAUGUGUAUUUAUUUUCCACACUCGCCCAUCGGUGGCAGUGAGUGUGAGUGAGCGACGCGCGUGUGUGAGUGCGUCGAGUGCUGA
((((....)))).............((((((...........((..(((((((((((((....)))..))))))))).)..))((((((((........)))))))).)))))). (-37.34 = -37.66 +   0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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