Locus 3733

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	12,346,274 – 12,346,408
Length	134
Max. P	0.983613

overview

Window 3

Location	12,346,274 – 12,346,369
Length	95
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.03
Mean single sequence MFE	-29.95
Consensus MFE	-25.91
Energy contribution	-26.25
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.91
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.91
SVM RNA-class probability	0.982309
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12346274 95 + 20766785
ACC------GAAUCUUGCUAAUUAGCAAGGACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUCCU----UUUUAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUC
...------...(((((((....)))))))..........((((((((((.(((((.((((((....----.........)))))).))))).))).))))))). ( -29.32)
>DroVir_CAF1 13812 103 + 1
GUUUGC--UUGCAAUUACUUAUUUGCAAGGACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUUCUUGAUUUAAAUAAUUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUC
.....(--((((((........)))))))((((((((....)...(((((.(((((.((((((.................)))))).))))).)))))))))))) ( -31.33)
>DroPse_CAF1 32466 100 + 1
GACGAAAACACGUUUUGCUA-UUCGCAAGGACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUCCU----UUAGAUACCUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUC
((((......))))((((..-...))))((((....))))((((((((((.(((((.((((((....----.........)))))).))))).))).))))))). ( -28.72)
>DroEre_CAF1 6949 99 + 1
AUCGAC--CGAGUCUUGCUAAUUAGCAAGGACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUCCU----UUUUAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUC
...(((--.((.(((((((....)))))))...)).))).((((((((((.(((((.((((((....----.........)))))).))))).))).))))))). ( -32.22)
>DroMoj_CAF1 9413 103 + 1
AUUUAC--CUGCAAUUGCCUAUUUGCUAGGACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUUCCUGUUUUAAAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUC
.....(--((((((........)))).)))..........((((((((((.(((((.((((((.....(((......))))))))).))))).))).))))))). ( -29.40)
>DroPer_CAF1 32477 100 + 1
GACGAAAACACGUUUUGCUA-UUCGCAAGGACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUCCU----UUAGAUACCUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUC
((((......))))((((..-...))))((((....))))((((((((((.(((((.((((((....----.........)))))).))))).))).))))))). ( -28.72)
>consensus
AUCGAC__CAAGUAUUGCUAAUUAGCAAGGACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUCCU____UUAAAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUC
..............((((......))))((((....))))((((((((((.(((((.((((((.................)))))).))))).))).))))))). (-25.91 = -26.25 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	12,346,274 – 12,346,369
Length	95
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.03
Mean single sequence MFE	-31.92
Consensus MFE	-27.85
Energy contribution	-27.88
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.84
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.95
SVM RNA-class probability	0.983613
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12346274 95 - 20766785
GACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGUUAUAAAA----AGGAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGUCCUUGCUAAUUAGCAAGAUUC------GGU
((((((((((((.(.((((((((((.........----....)))))))))).).)))))).((....))))))))((((((....))))))....------... ( -32.92)
>DroVir_CAF1 13812 103 - 1
GACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAAUUAUUUAAAUCAAGAAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGUCCUUGCAAAUAAGUAAUUGCAA--GCAAAC
((((((((((((.(.((((((((((.((...........)).)))))))))).).)))))).((....))))))))(((((((........))))))--)..... ( -32.10)
>DroPse_CAF1 32466 100 - 1
GACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGGUAUCUAA----AGGAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGUCCUUGCGAA-UAGCAAAACGUGUUUUCGUC
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>DroEre_CAF1 6949 99 - 1
GACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGUUAUAAAA----AGGAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGUCCUUGCUAAUUAGCAAGACUCG--GUCGAU
.(((((((.(((.(.((((((((((.........----....)))))))))).).))))))))))((...((.(((.(((((....)))))))))).--.))... ( -33.72)
>DroMoj_CAF1 9413 103 - 1
GACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGUUAUUUAAAACAGGAAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGUCCUAGCAAAUAGGCAAUUGCAG--GUAAAU
.(((((((.(((.(.((((((((((.................)))))))))).).))))))))))...(((.((.((((.....)))))).)))...--...... ( -28.93)
>DroPer_CAF1 32477 100 - 1
GACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGGUAUCUAA----AGGAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGUCCUUGCGAA-UAGCAAAACGUGUUUUCGUC
.(((((((.(((.(.((((((((((.........----....)))))))))).).))))))))))(((.(.((((..((((...-..)))).)))).).)))... ( -31.92)
>consensus
GACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGUUAUAUAA____AGGAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGUCCUUGCAAAUUAGCAAAACCAG__GUCGAC
((((((((((((.(.((((((((((.................)))))))))).).)))))).((....)))))))).((((......)))).............. (-27.85 = -27.88 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	12,346,298 – 12,346,408
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.32
Mean single sequence MFE	-24.70
Consensus MFE	-22.38
Energy contribution	-22.38
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.58
SVM RNA-class probability	0.965383
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12346298 110 + 20766785
ACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUC-----CU----UUUUAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUCGUCCGUGUCCUUAACCUUCAGUAC-CACCAACAGCAGCAG
....((((((((((((((((.(((((.((((((..-----..----.........)))))).))))).))).))))))).((..(((..((........))...-)))..)).).))))) ( -26.02)
>DroVir_CAF1 13840 107 + 1
ACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUU-----CUUGAUUUAAAUAAUUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUCGUCCGUGUCCUUAUACAUCAUAAA-UCCAAAAU-------
......(..(((((((((((.(((((.((((((..-----...............)))))).))))).))).))))))).)..)((((....))))........-........------- ( -24.03)
>DroEre_CAF1 6977 99 + 1
ACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUC-----CU----UUUUAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUCGUCCGUGUCCUUAACCUUCAGUAC-CUU----A-------
((((..(..(((((((((((.(((((.((((((..-----..----.........)))))).))))).))).))))))).)..)))))................-...----.------- ( -22.82)
>DroWil_CAF1 52456 116 + 1
ACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUUUUGUACU----AUAGAUAUCUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUCGUCCGUGUCCUUAUCCAUCAUAAAUCAUAAACGACGACGA
............((((((((.(((((.((((((.(((((...----)))))....)))))).))))).))).)))))((((((.(((...((((.....))))..)))....)))))).. ( -26.90)
>DroMoj_CAF1 9441 107 + 1
ACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUU-----CCUGUUUUAAAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUCGUCCGUGUCCUUUUCCAUCAUAAA-UGCAAUAA-------
((((..(..(((((((((((.(((((.((((((..-----...(((......))))))))).))))).))).))))))).)..)))))................-........------- ( -23.30)
>DroPer_CAF1 32506 109 + 1
ACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUC-----CU----UUAGAUACCUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUCGUCCGUGUCCUUAUCCAUCAUAAA-UCCCAAGAAGAGCA-
......((((((((((((((.(((((.((((((..-----..----.........)))))).))))).))).))))))).....(((...........)))...-.........)))).- ( -25.12)
>consensus
ACAUCUGUUCACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUC_____CU____UUAAAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUCGUCCGUGUCCUUAUCCAUCAUAAA_CACAAAAA_______
((((..(..(((((((((((.(((((.((((((......................)))))).))))).))).))))))).)..)))))................................ (-22.38 = -22.38 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	12,346,298 – 12,346,408
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.32
Mean single sequence MFE	-28.48
Consensus MFE	-22.92
Energy contribution	-22.92
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.78
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.72
SVM RNA-class probability	0.831385
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 12346298 110 - 20766785
CUGCUGCUGUUGGUG-GUACUGAAGGUUAAGGACACGGACGACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGUUAUAAAA----AG-----GAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGU
...(((.((((.(((-...((........))..))).))))(((((((.(((.(.((((((((((.........----..-----..)))))))))).).))))))))))...))).... ( -33.62)
>DroVir_CAF1 13840 107 - 1
-------AUUUUGGA-UUUAUGAUGUAUAAGGACACGGACGACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAAUUAUUUAAAUCAAG-----AAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGU
-------....((..-((((((...))))))..)).(..(.(((((((.(((.(.((((((((((.((...........)-----).)))))))))).).)))))))))))..)...... ( -24.90)
>DroEre_CAF1 6977 99 - 1
-------U----AAG-GUACUGAAGGUUAAGGACACGGACGACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGUUAUAAAA----AG-----GAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGU
-------.----...-...(((...(((..(....).))).(((((((.(((.(.((((((((((.........----..-----..)))))))))).).))))))))))...))).... ( -25.72)
>DroWil_CAF1 52456 116 - 1
UCGUCGUCGUUUAUGAUUUAUGAUGGAUAAGGACACGGACGACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGAUAUCUAU----AGUACAAAAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGU
.((((((((((..((.(((((.....)))))..))..))))))(((((.(((.(.((((((((((.........----.........)))))))))).).)))))))).......)))). ( -33.97)
>DroMoj_CAF1 9441 107 - 1
-------UUAUUGCA-UUUAUGAUGGAAAAGGACACGGACGACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGUUAUUUAAAACAGG-----AAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGU
-------.....(((-(((....((........)).(..(.(((((((.(((.(.((((((((((...............-----..)))))))))).).)))))))))))..))))))) ( -25.73)
>DroPer_CAF1 32506 109 - 1
-UGCUCUUCUUGGGA-UUUAUGAUGGAUAAGGACACGGACGACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGGUAUCUAA----AG-----GAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGU
-..((.(((((((..-(((((.....)))))..).)))...(((((((.(((.(.((((((((((.........----..-----..)))))))))).).))))))))))))).)).... ( -26.92)
>consensus
_______UGUUUGGA_UUUAUGAUGGAUAAGGACACGGACGACAUCUUUACCUGACAGUAUUAGAGUUAUAUAA____AG_____AAUCUAAUGCUGCCCGGUAAGAUGUGAACAGAUGU
....................................(..(.(((((((.(((.(.((((((((((......................)))))))))).).)))))))))))..)...... (-22.92 = -22.92 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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