| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,756,554 – 11,756,670 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.561622 |
| Location | 11,756,554 – 11,756,670 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.40 |
| Mean single sequence MFE | -42.80 |
| Consensus MFE | -23.61 |
| Energy contribution | -25.92 |
| Covariance contribution | 2.31 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -1.92 |
| Structure conservation index | 0.55 |
| SVM decision value | 0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.561622 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11756554 116 + 20766785 GG---UCACUGCGUAUAUCUCCGGAUGAUCCUGUUGGAUGUGUCGCACCAGUUCACUGGUGUCGUAGCGGGAGCAACGGAUCACCUUCAUGCAGUGCAAACAGCGCAGUGAUUGCGUAU ((---(((((((((.((((....))))...((((((((.((((((((((((....)))))))(((.((....)).))))).))).)))).))))........)))))))))))...... ( -45.80) >DroSec_CAF1 1334 116 + 1 GG---UUACUGCGUAUAUCUCCGGAUGAUCCUGUUCGAUGUGGCGCACCAGUUCACUGGUGUCGUAGCGGGAGCAACGGAUCACCUUCAUGCAGUGCAAACAACGCAGUGAUUGCGUAU ((---(((((((((........((.(((((((((((..(((.(((((((((....)))))).))).))).)))))..))))))))....(((...)))....)))))))))))...... ( -47.10) >DroEre_CAF1 609 116 + 1 GG---UCACUGCGUAUACGUCCGGGUGAUCCUGCUCGAUGUGGCGCACCAGCUCACUGGUAUCGUAGCGGGAGCAUCGGAUCACCUUCAUGCAGUGCAAACAGCGCAGUGAUUGCAUAU ((---(((((((((...(((..((((((((((((((..(((.(((.(((((....)))))..))).))).)))))..)))))))))..)))..((....)).)))))))))))...... ( -51.30) >DroYak_CAF1 1725 116 + 1 GG---UCACUGCGUAUAUCUCCGGAUGAUCCUGCUCGAUGUGGCGCACCAGCUCACUGGUAUCGUAGCGGGAGCAUCGGAUAACCUUCAUGCAGUGCAAACAGCGCAGUGAUUGCAUAU ((---(((((((((.....((((.(((.((((((((((((((((......)).)))....)))).))))))).))))))).........(((...)))....)))))))))))...... ( -45.70) >DroMoj_CAF1 994 119 + 1 GGCCGUGUCCGCCAGGAUUUCCGGAUGAUCCUUCUGCACGUGAUGCACCAAGCAGCUGGUGUCGUAGCGCGAGCACUUUAUGAUCUUCAAACACUUCAGACAGCGUAGAUACUGCACAU .((.((((((((.((((((.......))))))((((...(((((((((((......))))).))).((....)).................)))..))))..)))..))))).)).... ( -34.10) >DroAna_CAF1 1243 116 + 1 GG---CCACUGCAAAUAUUUCCGGAUGAUCCUCCUCGAUGUGUCGGACCAGCCCGUUGGUGUCGUACCGUGAACAGCAGAUCACCUUCAUGCAGUGUAGACACCGCAGGCACUGCAUAU ..---....((((......(((((...(((......)))...)))))...(((.((.((((((.(((((....).(((((......)).))).).))))))))))).)))..))))... ( -32.80) >consensus GG___UCACUGCGUAUAUCUCCGGAUGAUCCUGCUCGAUGUGGCGCACCAGCUCACUGGUGUCGUAGCGGGAGCAACGGAUCACCUUCAUGCAGUGCAAACAGCGCAGUGAUUGCAUAU .....(((((((((........((.(((((((((((..(((.(((.(((((....)))))..))).))).)))))..))))))))........((....)).)))))))))........ (-23.61 = -25.92 + 2.31)
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