Locus 3504

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,739,631 – 11,739,751
Length 120
Max. P 0.506938
window5710

overview

Window 0

Location 11,739,631 – 11,739,751
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.89
Mean single sequence MFE -36.61
Consensus MFE -22.15
Energy contribution -21.10
Covariance contribution -1.05
Combinations/Pair 1.57
Mean z-score -1.38
Structure conservation index 0.61
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.506938
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11739631 120 - 20766785
CGGUGAUCGGCAAGCAGAUCGGUGUUCCACCGGAUGUUAUGGGCUAUAUUACGGCCGCCUUGCCCCUACUUUAUGUUUUAGCCAAACCCUUGGUGGGUUUCCUAGCCGAUUAUUUCACGG
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>DroVir_CAF1 7953 120 - 1
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>DroGri_CAF1 13961 120 - 1
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>DroWil_CAF1 28669 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 15973 120 - 1
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>DroAna_CAF1 6589 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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