| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,715,426 – 11,715,541 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.744858 |
| Location | 11,715,426 – 11,715,541 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.29 |
| Mean single sequence MFE | -42.88 |
| Consensus MFE | -32.92 |
| Energy contribution | -33.18 |
| Covariance contribution | 0.26 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -2.01 |
| Structure conservation index | 0.77 |
| SVM decision value | 0.46 |
| SVM RNA-class probability | 0.744858 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11715426 115 - 20766785 -ACCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAGCUGAGAUUCUUUAUUGAGCCAGAAAAACUAGUGCUGGAUAGAGAGAUCGGGCACGGGGAAUUCGGUUCGGUGCACAGUGGAUGG -.(((....((((((.(((((...)))))..............(((((((((.(((...((.(((((.(((......))).))))).))...))))))))))))..)))))).))) ( -42.60) >DroVir_CAF1 861 116 - 1 AACUCAACAGCGCCGAGCUGGAGGCGGCCAAGCAGCGAUUCUUAAUACAUCACGAACACCUGGAACUGGAUAGCGAGAUUGGGGCUGGCGAGUUUGGUUCCGUAUACAGGGGCUGG .......((((.((...(((...((((((((((.((.(..((((((...((.(.....((.......))...).)).))))))..).))..))))))..))))...))))))))). ( -34.50) >DroSec_CAF1 842 115 - 1 -ACCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAGCUGAGGUUCUUUAUUGAACCAGAUAAUCUAGUGCUGGAUAGAGAGAUCGGGCACGGGGAAUUCGGUUCAGUGCACAGUGGAUGG -.(((....((((((.(((((...)))))..((((((((((......))))).((...(((.(((((.(((......))).)))))..)))..))...)))))...)))))).))) ( -45.40) >DroSim_CAF1 842 115 - 1 -ACCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAGCUGAGGUUCUUUAUUGAGCCAGAGAAUCUAGUGCUGGAUAGAGAGAUCGGGCACGGGGAAUUCGGUUCGGUGCACAGUGGUUGG -.(((...(((((((.(((((...)))))..((((((((((......)))))...((((((.(((((.(((......))).)))))..)).))))...)))))...)))))))))) ( -47.10) >DroEre_CAF1 841 115 - 1 -GCCAAGCUCCACUGAUGUGGAGGCCGCCAAGCUAAGGUUCUUUAUUGAGCCAGAAUACCUAGUGCUUGAUCGGCAGAUCGGACACGGGGAAUUCGGAUCGGUACACAGUGGAUGG -.(((...(((((((.((((..((((..........(((((......))))).((((.(((.(((..(((((....)))))..))).))).)))))).))..)))))))))))))) ( -44.50) >DroYak_CAF1 845 115 - 1 -GCCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAACUAAGGUUCUUUAUUGAGCCAGAAAAUCUAGUGCUGGAUCGGGAGAUCGGACACGGGGAAUUCGGUUCGGUGCACAGUGGAUGG -.(((....((((((.(((((...))))).......(((((......)))))..........(..((((((((((...(((....)))....))))))))))..).)))))).))) ( -43.20) >consensus _ACCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAGCUGAGGUUCUUUAUUGAGCCAGAAAAUCUAGUGCUGGAUAGAGAGAUCGGGCACGGGGAAUUCGGUUCGGUGCACAGUGGAUGG ..(((.....(((((((.((((..((.((.......(((((......)))))..........(((((.(((......))).)))))))))..)))).))))))).....))).... (-32.92 = -33.18 + 0.26)
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