Locus 3465

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,640,257 – 11,640,371
Length 114
Max. P 0.939295
window5656

overview

Window 6

Location 11,640,257 – 11,640,371
Length 114
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.09
Mean single sequence MFE -48.50
Consensus MFE -25.36
Energy contribution -27.99
Covariance contribution 2.63
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.49
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 1.30
SVM RNA-class probability 0.939295
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11640257 114 - 20766785
AUCCUCACGACUCCCGCCCUCCUCAGAGGAGCUGCUCCCACUGCUACCGCUGCUCUGGAUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGC---CGUUGGGAGCGGUUGGUAGGAUUGCUU
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>DroPse_CAF1 15672 96 - 1
AUUUUCAUUACUGCCGCC---------------------ACUACUGCUACUGCUCUGGGUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGCGGCGGUGGGGAGCGGUUGGUAGGACUGCUU
.............((.((---------------------((..((((..(((((.((((..(((....)))..)))).)))))..))))..))))))(((((((.....))))))). ( -38.60)
>DroEre_CAF1 12552 114 - 1
AUCCUCUCGACUGCCGCCCUCCUCGGAGGAGCUGCUCCCACUGCUUCCGCUGCUCUGGAUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGC---CGUUGGGAGCGGUUGGUAGGAUUGCUU
(((((..(((((...((((((....)))).)).((((((((.((....((((((.(((((.(((....))).))))).)))))).))---.).))))))))))))..)))))..... ( -54.90)
>DroYak_CAF1 12796 114 - 1
AUCCUCACGACUGCCGCCCUCCUCGGAGGAGCUGCUCCCACUGCUCCCGCUGCUCUGGAUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGC---CGUUGGGAGCGGUUGGUAAGAUUGCUU
...........((((..((((....))))((((((((((((.((....((((((.(((((.(((....))).))))).)))))).))---.).)))))))))))))))......... ( -50.40)
>DroAna_CAF1 12615 105 - 1
AUCCUCGCGGCUGCCGCCCCU---------ACUGCUGCCGCCGCUACUACUGCUCUGGCUCAUCGCCGGAUUAUCCAUGGCGGCCGC---GGUGGGUAGCGGCUGGUAGGAUUGCUU
((((((.(((((((..(((..---------(((((.((((((((.......))((((((.....))))))........)))))).))---))))))..)))))))).)))))..... ( -56.80)
>DroPer_CAF1 16247 96 - 1
AUUUUCAUUACUGCCGCC---------------------ACUACUGCUACUGCUCUGGGUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGCGGCGGUGGGGAGCGGUUGGUAGGACUGCUU
.............((.((---------------------((..((((..(((((.((((..(((....)))..)))).)))))..))))..))))))(((((((.....))))))). ( -38.60)
>consensus
AUCCUCACGACUGCCGCCCUC_________GCUGCUCCCACUGCUACCACUGCUCUGGAUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGC___CGUGGGGAGCGGUUGGUAGGAUUGCUU
..........((((((((((((.....))))..((((((((........(((((.(((((.(((....))).))))).)))))........)).))))))))).)))))........ (-25.36 = -27.99 +   2.63)

alignment

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secondary structure

Postscript

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