Locus 3446

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,599,529 – 11,599,649
Length 120
Max. P 0.685607
window5628

overview

Window 8

Location 11,599,529 – 11,599,649
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.83
Mean single sequence MFE -46.95
Consensus MFE -18.81
Energy contribution -20.40
Covariance contribution 1.59
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.40
SVM decision value 0.32
SVM RNA-class probability 0.685607
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11599529 120 + 20766785
UAACUGUCCUGUUAUAGAUUUGAUUCCCAGCUGUGGCUGAACCAAAUCACUCAGUCUAUUGGCAUCCAGUCGUGCAAUAAUAUCCUUUAGUUCCUUUUCGGGACACUCGCUGGUGGGCAG
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>DroVir_CAF1 39326 120 + 1
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>DroPse_CAF1 23974 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 39173 120 + 1
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>DroAna_CAF1 20346 120 + 1
CAGCUGUCCAGUAAUGGACUUGAUGGCCAGCAGCGGCUGAACUAAGUCACUCAGCCGCUGGGCAUCCAGUCGUGCUACAAGGUCGUUGAGUUCCUUUUCCGGACACUCGUUUGUUGGCAA
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>DroPer_CAF1 25281 120 + 1
GAGCUGGCCAGUGAUCGACUUGAUGCCCAGCAGCGGCUGCACCAGAUCGCUCAGACGCUGGGCAUCCAGGCGGCUAACAAGGUCGCUCAGCUCCUUCUCGGGGCAGUCGCUGGUCGGCAG
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>consensus
GAGCUGACCAGUGAUAGACUUGAUGCCCAGCAGCGGCUGCACCAGAUCACUCAGACGCUGGGCAUCCAGGCGGCCAACAAGGUCGUUCAGCUCCUUCUCGGGACAGUCGCUGGUGGGCAG
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alignment

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Postscript

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