Locus 3427

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,581,397 – 11,581,511
Length 114
Max. P 0.999291
window5594

overview

Window 4

Location 11,581,397 – 11,581,511
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.25
Mean single sequence MFE -38.26
Consensus MFE -36.34
Energy contribution -36.54
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 3.49
SVM RNA-class probability 0.999291
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11581397 114 - 20766785
GCCGCUGUCAAUGUUGGCACAAAUUGUUUGUCACGCAGUGCAAAUAAUUCGUGCUGUUGCUCUGGUAUGCGGUAUUAUGCGCGAUUUAUUUCUCUGUCUGUGUGGCAGCAACA------A
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>DroSec_CAF1 15141 120 - 1
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>DroSim_CAF1 15942 114 - 1
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(((((.......).)))).....(((((.(((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))))).)))))((......))......)))))))))))))..------. ( -37.40)
>DroEre_CAF1 15343 114 - 1
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>DroYak_CAF1 15684 114 - 1
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>consensus
GCCGCUGUCAAUGUUGGCACAAAUUGUUUGUCACGCAGUGCAAAUACUUCGUGCUGUUGCUCUGGUAUGCGGUAUUAUGCGCGAUUUAUUUCUCUGUCUGUGUGGCAGCAACA______A
(((((.......).)))).....(((((.(((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))))).)))))((......))......)))))))))))))......... (-36.34 = -36.54 +   0.20)

alignment

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secondary structure

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