Locus 3416

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,557,673 – 11,557,776
Length 103
Max. P 0.647001
window5573

overview

Window 3

Location 11,557,673 – 11,557,776
Length 103
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.79
Mean single sequence MFE -33.17
Consensus MFE -27.16
Energy contribution -26.67
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.647001
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11557673 103 + 20766785
UUGCCCUCAGAUCAGGGCGCCAUAUGCCUAUGUCCUAUAGGAUUUGUUGGUGAUCUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUAGGUGUUCUCUGAAAGU--UCU
..((..(((((...(((((((....(((...((((....)))).....))).((((((...((((((....)))))))))))).))))))))))))..))--... ( -31.20)
>DroGri_CAF1 4005 105 + 1
UUGCCCUCUGAUCAGGGCGCAGUUUGCCUGUGCCCCAUUGGCUUUGUGGGUGAUCUCUGCGAGAUUCGCAUGGAUCUGCAGGUAAACGUAACUUGAUAGACAGCU
..((..((((.(((((..((.((((((((((((((((.......)).))))(((((.((((.....)))).))))).))))))))))))..)))))))))..)). ( -45.80)
>DroSec_CAF1 2651 103 + 1
CUGCCUUCAGACCAAGGCGCCAUAUGCCUAUGUCCAAUAGGCUUUGUUGGAGAUCUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUGGGUGUUCUCUGAAAGA--UCU
..(((((......))))).(((...((((((.....)))))).....)))((((((....((((((((..((......))..))))...))))....)))--))) ( -30.90)
>DroSim_CAF1 2673 103 + 1
CUACCUUCAGAUCAGGGCGCUAUAUGCCUAUGUCCAAUAGGAUUUGUUGGAGAUCUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUGGGUGUUCUCUGAAAGA--UCU
(((((..((((((.(((((.....)))))...((((((((...))))))))))))))(((.((((((....))))))))))))))...............--... ( -32.20)
>DroEre_CAF1 2708 103 + 1
CUACCUUCAGAUCAGGGCGCUAUAUGCCUAUGUCCAAUAGGAUUUGUUGGAGAUUUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUAGGUGUUCUUUGAAAUA--UCU
(((((..((((((.(((((.....)))))...((((((((...))))))))))))))(((.((((((....))))))))))))))...............--... ( -29.90)
>DroYak_CAF1 2727 103 + 1
CUACCUUCAGAUCAGGGCGCCAUAUGCCUAUGUCCUAUAGGAUUCGUUGGAGAUUUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUGGGUGUUCCCUGAAAGA--UCU
...........((((((.((.....(((((...(((...(((((((((.(((.(((....))).))).)))))))))..)))))))))).))))))....--... ( -29.00)
>consensus
CUACCUUCAGAUCAGGGCGCCAUAUGCCUAUGUCCAAUAGGAUUUGUUGGAGAUCUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUAGGUGUUCUCUGAAAGA__UCU
(((((..((((((.(((((.....)))))...((((((.......))))))))))))(((.((((((....)))))))))))))).................... (-27.16 = -26.67 +  -0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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