Locus 331

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,149,238 – 2,149,358
Length 120
Max. P 0.934292
window671 window672

overview

Window 1

Location 2,149,238 – 2,149,358
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.28
Mean single sequence MFE -36.82
Consensus MFE -26.33
Energy contribution -25.62
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.79
SVM RNA-class probability 0.852347
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2149238 120 + 20766785
AGUACAAGAUGUCCACGCAGUUGCACCGACACAGCAGCUACGAGAAGCUGCUGUUGUCUCUGCUUUCUCCGCUGCCCAAUGAGCAGGACUUCGCCAUAAACGUGUGCACACUUAUGGCCA
.......((.((((..(.((..(((..((((((((((((......)))))))).))))..)))...)).)(((........))).)))).))(((((((..(((....)))))))))).. ( -44.80)
>DroVir_CAF1 470 120 + 1
AGUAUAAAAUGUCCACACAGCUGCACAAGCACAGCAGCUAUGAGAAGCUGCUGUUGUCGCUUAUCUCACCGCUGCCCAACGAGCAGGACUUUGCCAUCAAUGUGUGCACGCUGAUGGCCA
..........((((.....(((.....)))...(((((..((((((((.((....)).)))..)))))..)))))..........))))...(((((((.(((....))).))))))).. ( -41.00)
>DroGri_CAF1 670 120 + 1
AGUAUAAGAUGUCCACACAGCUGCACAAGCACAGCAGCUAUGAGAAGUUGCUGCUAUCGCUAAUCUCUCCACUGCCCAAUGAGCAGGAUUUCGCGAUCAAUGUGUGCACGCUGAUGGCAA
.........((.(((..((((((((((....((((((((......))))))))..(((((.((((......((((.......))))))))..))))).....)))))).)))).))))). ( -38.70)
>DroWil_CAF1 773 120 + 1
AAUAUAAAUUGUCCACACAAUUGCAUCGACAUAGCAACCAUGAGAAGCUUUUACUCUCGUUGCUUUCGCCUUUGCCCAAUGAACAGGAUUUCGCCAUCAAUGUGUGCACCCUGAUGGCCA
......((((((....))))))(((.(((...((((((...((((.........)))))))))).)))....)))((........)).....(((((((..((....))..))))))).. ( -27.10)
>DroMoj_CAF1 832 120 + 1
AGUACAAAAUGUCCACACAGCUGCAUAAGCACAGCAGCUACGAGAAGCUGCUGUUGUCGCUCAUAUCGCCGCUGCCCAACGAACAGGACUUUGCCAUCAACGUGUGCACUCUGAUGGCCA
..........((((...((((.(((((((((((((((((......)))))))))....)))..))).)).)))).(....)....))))...(((((((..((....))..))))))).. ( -38.60)
>DroAna_CAF1 746 120 + 1
AGUACAAGCUAUCUACCCAGCUCCACCGGCACAGCAGCUACGAGAAGCUUUUGCUAUCUUUGCUUUCGCCUUUACCGAACGAGCAGGACUUUGCCAUCAACGUGUGCACUCUGAUGGCCA
................((.((((...(((....(((((...(((((((....))).)))).)))...)).....)))...)))).)).....(((((((..((....))..))))))).. ( -30.70)
>consensus
AGUACAAAAUGUCCACACAGCUGCACAAGCACAGCAGCUACGAGAAGCUGCUGCUGUCGCUGAUUUCGCCGCUGCCCAACGAGCAGGACUUCGCCAUCAACGUGUGCACGCUGAUGGCCA
..........((((.....(((.....))).((((((((......))))))))................................))))...(((((((..((....))..))))))).. (-26.33 = -25.62 +  -0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 2,149,238 – 2,149,358
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.28
Mean single sequence MFE -46.37
Consensus MFE -29.93
Energy contribution -29.99
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -3.04
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.24
SVM RNA-class probability 0.934292
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2149238 120 - 20766785
UGGCCAUAAGUGUGCACACGUUUAUGGCGAAGUCCUGCUCAUUGGGCAGCGGAGAAAGCAGAGACAACAGCAGCUUCUCGUAGCUGCUGUGUCGGUGCAACUGCGUGGACAUCUUGUACU
..(((((((((((....)))))))))))((.((((((((.....))))(((.((...(((..((((.((((((((......))))))))))))..)))..)).))))))).))....... ( -52.90)
>DroVir_CAF1 470 120 - 1
UGGCCAUCAGCGUGCACACAUUGAUGGCAAAGUCCUGCUCGUUGGGCAGCGGUGAGAUAAGCGACAACAGCAGCUUCUCAUAGCUGCUGUGCUUGUGCAGCUGUGUGGACAUUUUAUACU
..((((((((.((....)).))))))))...((((((((.....))))(((((...((((((....(((((((((......)))))))))))))))...)))))..)))).......... ( -50.20)
>DroGri_CAF1 670 120 - 1
UUGCCAUCAGCGUGCACACAUUGAUCGCGAAAUCCUGCUCAUUGGGCAGUGGAGAGAUUAGCGAUAGCAGCAACUUCUCAUAGCUGCUGUGCUUGUGCAGCUGUGUGGACAUCUUAUACU
.((((((((((.((((((...(((((.(....(((((((.....))))).)).).)))))((.((((((((...........)))))))))).)))))))))).)))).))......... ( -43.70)
>DroWil_CAF1 773 120 - 1
UGGCCAUCAGGGUGCACACAUUGAUGGCGAAAUCCUGUUCAUUGGGCAAAGGCGAAAGCAACGAGAGUAAAAGCUUCUCAUGGUUGCUAUGUCGAUGCAAUUGUGUGGACAAUUUAUAUU
..((((((((.((....)).)))))))).......(((((((...(((..((((..((((((((((((....)).))))...)))))).))))..)))......)))))))......... ( -37.70)
>DroMoj_CAF1 832 120 - 1
UGGCCAUCAGAGUGCACACGUUGAUGGCAAAGUCCUGUUCGUUGGGCAGCGGCGAUAUGAGCGACAACAGCAGCUUCUCGUAGCUGCUGUGCUUAUGCAGCUGUGUGGACAUUUUGUACU
..((((((((.((....)).))))))))...((((((((.....))))(((((..(((((((....(((((((((......))))))))))))))))..)))))..)))).......... ( -51.20)
>DroAna_CAF1 746 120 - 1
UGGCCAUCAGAGUGCACACGUUGAUGGCAAAGUCCUGCUCGUUCGGUAAAGGCGAAAGCAAAGAUAGCAAAAGCUUCUCGUAGCUGCUGUGCCGGUGGAGCUGGGUAGAUAGCUUGUACU
..((((((((.((....)).)))))))).....((.((((..(((((....((....))....((((((...(((......))))))))))))))..)))).))(((.(.....).))). ( -42.50)
>consensus
UGGCCAUCAGAGUGCACACAUUGAUGGCAAAGUCCUGCUCAUUGGGCAGCGGCGAAAGCAGCGACAACAGCAGCUUCUCAUAGCUGCUGUGCCGGUGCAGCUGUGUGGACAUCUUAUACU
..((((((((.((....)).))))))))...((((.....((((.((...(((.............(((((((((......)))))))))))).)).)))).....)))).......... (-29.93 = -29.99 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:35:45 2006