Locus 3269

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,177,309 – 11,177,415
Length 106
Max. P 0.741812
window5363

overview

Window 3

Location 11,177,309 – 11,177,415
Length 106
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.36
Mean single sequence MFE -49.47
Consensus MFE -27.74
Energy contribution -29.38
Covariance contribution 1.64
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.741812
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11177309 106 + 20766785
GCUGCUGUUCAGCGGCCAAGGCAGCAGCUGCAGCCUGCUGUCGCACCAACAAACUUUGCUGGGCUAUGAACUGAGCCUGUUGUUGGGCCAGCAGGGCGGGUGUGGA
((((((....))))))...(((((((((....).))))))))(((((......(((((((((.(((..(((.......)))..))).)))))))))..)))))... ( -48.20)
>DroVir_CAF1 144927 100 + 1
GCUGCUGCUCCGCGGCCACAG------CGGCCGCCUGUUGGCGCGCGAGCAGACUCUGCUGCGCUAUAAACUGUGCCUGCUGCUGGGCAAGCAGCGCCGGAUUGGA
((((((((((.((((((((((------.....(((....)))((((.(((((...)))))))))......)))))...))))).)))).)))))).((.....)). ( -49.80)
>DroPse_CAF1 92176 103 + 1
GCUGCUGCUCGGCGGCCAGGGCUGC---GGCGGCCUGCUGGCGCACCAGAAGGCUCUGCUGGGCUAUAAACUGCGCCUGCUGCUGUGCGAGUAGGGCGGGACUGGC
(((.((((((((((((....)))))---.(((((..((.((((((......(((((....)))))......)))))).)).))))).))))))))))......... ( -51.30)
>DroGri_CAF1 144944 103 + 1
GCUGCUGCUCAACGGCCACAGCAG---CAGCCGCCUGCUGGCGAGCCAACAAAUUCUGCUGGGCAAUAAACUGGGCCUGCUGCUGGGCGAGCAGCGCCGGAUUGGA
((.(((((((....(((.((((((---((((((((....)))..(((..((.....))...))).........)).)))))))))))))))))))))......... ( -49.80)
>DroWil_CAF1 137691 103 + 1
GCUGCUGCUC---GGCAACGGCAACAGCUGCCGCCUGUUGGCGAGCCAACAGACUCUGCUGGGCAAUAAAUUGAGCCUGCUGUUGGGCUAGCAGUACGGGAUUGGU
((((((((((---((((.(((((.....))))).(((((((....)))))))....)))))))).........(((((......)))))))))))........... ( -46.40)
>DroPer_CAF1 91969 103 + 1
GCUGCUGCUCGGCGGCCAGGGCUGC---GGCGGCCUGCUGGCGCACCAGAAGGCUCUGCUGGGCUAUAAACUGCGCCUGCUGCUGUGCGAGUAGGGCGGGACUGGC
(((.((((((((((((....)))))---.(((((..((.((((((......(((((....)))))......)))))).)).))))).))))))))))......... ( -51.30)
>consensus
GCUGCUGCUCAGCGGCCACGGCAGC__CGGCCGCCUGCUGGCGCACCAACAGACUCUGCUGGGCUAUAAACUGAGCCUGCUGCUGGGCGAGCAGGGCGGGAUUGGA
.(((((((((((((((.............((.(.(((((((....))))))).)...)).((((..........)))))))))))))).)))))............ (-27.74 = -29.38 +   1.64)

alignment

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