Locus 3262

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>2R_DroMel_CAF1 11152259 107 + 20766785
UGUCGAGUUGUCGACUCGACUCGAGUCGAGUCGAGGUAUUUACAAUUGUUGUAAAUAUUUCCUUUAUUAUUGUAAUUAUAUUUAUGGGAAUGCGAAUUUGAAUGG--CU
..(((((((.((((((((((....)))))))))).(((((((((.....)))))))))(((((....(((.......))).....)))))....)))))))....--.. ( -30.90)
>DroVir_CAF1 98965 96 + 1
UGUUGAGUGCCACAGUU-----GAGU-----CGAGAUAUUUUCAAUUGUUGUAAAUAUUUCCUUUAUUAUUGUAAUUAUAUUUAUAGCUAUGUGGC---GGAUGCGGAA
.((....((((((((((-----(((.-----.........)))))))(((((((((((.....((((....))))..)))))))))))...)))))---)...)).... ( -21.80)
>DroSim_CAF1 65548 102 + 1
UGUCGAGUUGUCGACUC-----GACUCGAGUCGAGGUAUUUACAAUUGUUGUAAAUAUUUCCUUUAUUAUUGUAAUUAUAUUUAUGGGAAUGCGAAUUUGAAUGG--CU
.((((((((...)))))-----)))(((((((((((((((((((.....))))))))))))...((((.(..(((......)))..).)))).).))))))....--.. ( -25.90)
>DroYak_CAF1 66689 97 + 1
UGUCGAGUUGUCGACUC----------GACUCGAGGUAUUUACAAUUGUUGUAAAUAUUUCCUUUAUUAUUGUAAUUAUAUUUAUGGGAAUGCGAAUUUGAAUAG--AC
.((((((((...)))))----------)))..((((((((((((.....))))))))))))...................(((((..((((....))))..))))--). ( -23.10)
>DroMoj_CAF1 111603 98 + 1
UGUUGAAAGCCGCAGUU-----GAGUCGAGUCGAGAUAUUUACAAUUGUUGUAAAUAUUUCCUUUAUUAUUGUAAUUAUAUUUAUGGCCG---AAC---GGAAGCGGAA
.........((((..((-----(..(((.(((((((((((((((.....))))))))))))..........((((......)))))))))---).)---))..)))).. ( -25.20)
>DroAna_CAF1 66069 98 + 1
UGCCGAGUUGUCGACUCGAC----------UCGAGGUAUUUACAAUUCUUGUAAAUAUUUCCUUUAUUAUUGUAAUUAUAUUUAUGGGAAUGUGACUGUGAAUGCG-AG
...(((((((......))))----------)))..((((((((((((((..(((((((.....((((....))))..)))))))..))))).....))))))))).-.. ( -28.80)
>consensus
UGUCGAGUUGUCGACUC_____GAGU_GAGUCGAGGUAUUUACAAUUGUUGUAAAUAUUUCCUUUAUUAUUGUAAUUAUAUUUAUGGGAAUGCGAAUUUGAAUGC__AA
....(((((...)))))...............((((((((((((.....))))))))))))........((((((......))))))...................... (-11.43 = -11.07 +  -0.36) 

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Window 0

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>2R_DroMel_CAF1 11152259 107 - 20766785
AG--CCAUUCAAAUUCGCAUUCCCAUAAAUAUAAUUACAAUAAUAAAGGAAAUAUUUACAACAAUUGUAAAUACCUCGACUCGACUCGAGUCGAGUCGACAACUCGACA
..--..........(((..............................((...((((((((.....))))))))))((((((((((....)))))))))).....))).. ( -23.50)
>DroVir_CAF1 98965 96 - 1
UUCCGCAUCC---GCCACAUAGCUAUAAAUAUAAUUACAAUAAUAAAGGAAAUAUUUACAACAAUUGAAAAUAUCUCG-----ACUC-----AACUGUGGCACUCAACA
..........---(((((((((.(((....))).)))...........((.((((((.((.....)).)))))).)).-----....-----...))))))........ ( -11.90)
>DroSim_CAF1 65548 102 - 1
AG--CCAUUCAAAUUCGCAUUCCCAUAAAUAUAAUUACAAUAAUAAAGGAAAUAUUUACAACAAUUGUAAAUACCUCGACUCGAGUC-----GAGUCGACAACUCGACA
..--...............((((........................)))).((((((((.....))))))))..(((((....)))-----))(((((....))))). ( -17.36)
>DroYak_CAF1 66689 97 - 1
GU--CUAUUCAAAUUCGCAUUCCCAUAAAUAUAAUUACAAUAAUAAAGGAAAUAUUUACAACAAUUGUAAAUACCUCGAGUC----------GAGUCGACAACUCGACA
..--..........(((..((((........................)))).((((((((.....))))))))...)))(((----------((((.....))))))). ( -16.96)
>DroMoj_CAF1 111603 98 - 1
UUCCGCUUCC---GUU---CGGCCAUAAAUAUAAUUACAAUAAUAAAGGAAAUAUUUACAACAAUUGUAAAUAUCUCGACUCGACUC-----AACUGCGGCUUUCAACA
..((((..((---...---.))..........................((.(((((((((.....))))))))).))..........-----....))))......... ( -14.40)
>DroAna_CAF1 66069 98 - 1
CU-CGCAUUCACAGUCACAUUCCCAUAAAUAUAAUUACAAUAAUAAAGGAAAUAUUUACAAGAAUUGUAAAUACCUCGA----------GUCGAGUCGACAACUCGGCA
.(-((.((((.........((((........................)))).((((((((.....))))))))....))----------)))))(((((....))))). ( -16.46)
>consensus
AU__CCAUUCAAAGUCGCAUUCCCAUAAAUAUAAUUACAAUAAUAAAGGAAAUAUUUACAACAAUUGUAAAUACCUCGACUC_ACUC_____GAGUCGACAACUCGACA
................................................((..((((((((.....))))))))..)).................(((((....))))). ( -6.93 =  -7.73 +   0.81) 

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