Locus 3261

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	11,148,281 – 11,148,375
Length	94
Max. P	0.976530

overview

Window 7

Location	11,148,281 – 11,148,375
Length	94
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.50
Mean single sequence MFE	-25.63
Consensus MFE	-13.97
Energy contribution	-15.03
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.63
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	1.77
SVM RNA-class probability	0.976530
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11148281 94 + 20766785
UCCAGCUGCCA---UCCACUCACA--CUU--GCCA-----GCAUUCUG--CAC------ACACAUCGUGAGAUUGCGGCAGAUAUUUGCAUAUUAUGUCUAUAUGCAAAUGAUG
....((((.((---..........--..)--).))-----))..((((--(.(------.((.(((....))))).))))))(((((((((((.......)))))))))))... ( -28.60)
>DroSec_CAF1 63061 99 + 1
UCCAGCUUCCAUCAUCCACUCCCA--CCAGCGCCA-----GCGUUCUG--CAC------ACACAUCGUGAGAUUGCGGCAGAUAUUUGCAUAUUAUGUCUAUAUGCAAAUGAUG
.........((((...........--...((....-----))..((((--(.(------.((.(((....))))).)))))).((((((((((.......)))))))))))))) ( -26.30)
>DroSim_CAF1 61535 86 + 1
UCCAGCUGCCAUCAUCCACUCCCA--CCAG--------------------CAC------ACACAUCGUGAGAUUGCGGCAGAUAUUUGCAUAUUAUGUCUAUAUGCAAAUGAUG
....(((((.(((.....((....--..))--------------------..(------((.....))).))).)))))...(((((((((((.......)))))))))))... ( -21.90)
>DroEre_CAF1 65738 96 + 1
UCCAGCUGCCA---UCCACUCCCA--CUU--GCCG-----GCAUUCUG--CACAC----ACACAUCGUGAGAUUGCGGCAGAUAUUUGCAUAUUAUGUCUAUAUGCAAAUGAUG
....((((.((---..........--..)--).))-----))..((((--(.(.(----(...(((....))))).))))))(((((((((((.......)))))))))))... ( -26.60)
>DroYak_CAF1 62589 107 + 1
UCCAGCUGCCA---UCCACUCACAUCCCU--GCCAUCCUUGCGCUCUG--CACACACACACACAUCGUGAGAUUGCGGCAGAUAUUUGCAUAUUAUGUCUAUAUGCAAAUGAUG
.....(((((.---....(((((......--((.......))((...)--)...............))))).....))))).(((((((((((.......)))))))))))... ( -26.10)
>DroPer_CAF1 60603 92 + 1
ACCAGAGCCC-----CCGCCCCUA--CA----ACG-----CUCUUCUGAGCAG------ACACAUCGCUGGAUGGCGGUAGAUAUUUGCAUUUUAUGUCUAUAUGCAAAUCUCU
..........-----(((((((..--(.----..(-----(((....)))).(------(....)))..))..))))).(((.((((((((...........)))))))).))) ( -24.30)
>consensus
UCCAGCUGCCA___UCCACUCCCA__CCU__GCCA_____GCAUUCUG__CAC______ACACAUCGUGAGAUUGCGGCAGAUAUUUGCAUAUUAUGUCUAUAUGCAAAUGAUG
.....(((((....(((((...............................................))).))....))))).(((((((((((.......)))))))))))... (-13.97 = -15.03 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	11,148,281 – 11,148,375
Length	94
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.50
Mean single sequence MFE	-30.82
Consensus MFE	-14.14
Energy contribution	-15.20
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	0.53
SVM RNA-class probability	0.771918
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11148281 94 - 20766785
CAUCAUUUGCAUAUAGACAUAAUAUGCAAAUAUCUGCCGCAAUCUCACGAUGUGU------GUG--CAGAAUGC-----UGGC--AAG--UGUGAGUGGA---UGGCAGCUGGA
....((((((((((.......))))))))))..(((((((...((((((...(((------..(--(.....))-----..))--)..--))))))..).---))))))..... ( -31.50)
>DroSec_CAF1 63061 99 - 1
CAUCAUUUGCAUAUAGACAUAAUAUGCAAAUAUCUGCCGCAAUCUCACGAUGUGU------GUG--CAGAACGC-----UGGCGCUGG--UGGGAGUGGAUGAUGGAAGCUGGA
((((((((((((((.......)))))))))).....((((..((((((.(.((((------..(--(.....))-----..))))).)--)))))))))..))))......... ( -32.10)
>DroSim_CAF1 61535 86 - 1
CAUCAUUUGCAUAUAGACAUAAUAUGCAAAUAUCUGCCGCAAUCUCACGAUGUGU------GUG--------------------CUGG--UGGGAGUGGAUGAUGGCAGCUGGA
....((((((((((.......))))))))))..((((((((.((((((.(.((..------..)--------------------)).)--))))).....)).))))))..... ( -25.60)
>DroEre_CAF1 65738 96 - 1
CAUCAUUUGCAUAUAGACAUAAUAUGCAAAUAUCUGCCGCAAUCUCACGAUGUGU----GUGUG--CAGAAUGC-----CGGC--AAG--UGGGAGUGGA---UGGCAGCUGGA
....((((((((((.......))))))))))..(((((((..((((((..(((..----((((.--....))))-----..))--).)--)))))...).---))))))..... ( -30.30)
>DroYak_CAF1 62589 107 - 1
CAUCAUUUGCAUAUAGACAUAAUAUGCAAAUAUCUGCCGCAAUCUCACGAUGUGUGUGUGUGUG--CAGAGCGCAAGGAUGGC--AGGGAUGUGAGUGGA---UGGCAGCUGGA
....((((((((((.......))))))))))..(((((((...(((((.((.(.(((...((((--(...)))))......))--).).)))))))..).---))))))..... ( -33.20)
>DroPer_CAF1 60603 92 - 1
AGAGAUUUGCAUAUAGACAUAAAAUGCAAAUAUCUACCGCCAUCCAGCGAUGUGU------CUGCUCAGAAGAG-----CGU----UG--UAGGGGCGG-----GGGCUCUGGU
((((((((((((...........))))))))..(..(((((..((.(((((((.(------((....)))...)-----)))----))--).)))))))-----..)))))... ( -32.20)
>consensus
CAUCAUUUGCAUAUAGACAUAAUAUGCAAAUAUCUGCCGCAAUCUCACGAUGUGU______GUG__CAGAACGC_____UGGC__AGG__UGGGAGUGGA___UGGCAGCUGGA
....((((((((((.......))))))))))..((((((...((.(((...............................................)))))...))))))..... (-14.14 = -15.20 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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