| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,053,724 – 11,053,844 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.723127 |
| Location | 11,053,724 – 11,053,844 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.11 |
| Mean single sequence MFE | -42.12 |
| Consensus MFE | -28.36 |
| Energy contribution | -27.45 |
| Covariance contribution | -0.91 |
| Combinations/Pair | 1.39 |
| Mean z-score | -1.57 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| SVM decision value | 0.40 |
| SVM RNA-class probability | 0.723127 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11053724 120 + 20766785 CGCCAUGUUGAUACAGCUGAUGCGACUCUUUCAGUACAUCAUGGCCCAUGUGCUUAGCGGCAAGGAGAAGUUCGCUGUGAACUGGUACAUCUGCUUUGCUGCCUUUGAGAACUCCGCGCA .((((((.((.(((.((....))((.....)).))))).))))))...(((((...(((((((((((((((((.....)))))......))).)))))))))....((....)).))))) ( -36.80) >DroVir_CAF1 632 120 + 1 AUGCAUGCUGCUACAGCUGAUGCGUGUCUAUCAGUAUGUCAUGGCGCAUGUGGUCAGCGGCAAGGAGCAGCUAGCCAUCGAUUGGUACAUCUGCUUUGCCGCCUUCGAUAGCUCAGCAAA .(((..((((..((((((((((......))))))).)))..))))((.(((.(...((((((..((((((...((((.....))))....))))))))))))...).)))))...))).. ( -42.30) >DroPse_CAF1 578 120 + 1 CUGCAUGCUGAUCCAACUCAUGCGUGUCUAUCAGUAUAUAAUGGUACAUGUGACGAGCGGCAAGGAGCAGUUUGCUAUAGAUUGGUACGUCUGCUUCGCCGCCUUCGAUGGCUCGGCCAG (((...(((((.(((......((((((..((((........))))))))))..((((((((..(((((((..(((((.....)))))...))))))))))))..))).))).)))))))) ( -42.40) >DroGri_CAF1 601 120 + 1 CUGCAUGCUGCUCCAGCUGAUGCGCAUCUAUCAGUAUGUUAUGGCACAUGUGGUCAGUGGCAAGGAGCAGCUGGCCAUCGAUUGGUACAUCUGCUUUGCCGCUUGCGAGAGCUCCGCUAA (..((((.((((.(((((((((......))))))).))....))))))))..)..(((((((..((((((.((((((.....)))).)).))))))))))))).((....))........ ( -44.40) >DroMoj_CAF1 868 120 + 1 GAGCAUGCUGAUCCAGUUGAUGCGUGUAUAUCAAUAUGUGAUGGCACAUGUGGUCAGUGGCAAGGAGCAACUGGCCAUUGAGUGGUACAUUUGCUUUGCCGCCUUCGAGGGCUCAGCAAA .....(((((((((...((((((((((.(((((.....)))))..)))))).))))((((((..((((((.(((((((...))))).)).))))))))))))......))).)))))).. ( -44.40) >DroPer_CAF1 582 120 + 1 CUGCAUGCUGAUCCAACUCAUGCGUGUCUAUCAGUACAUAAUGGUACAUGUGACGAGCGGCAAGGAGCAGUUUGCUAUAGAUUGGUACGUCUGCUUCGCCGCCUUCGAUGGCUCGGCCAG (((...(((((.(((......((((((..((((........))))))))))..((((((((..(((((((..(((((.....)))))...))))))))))))..))).))).)))))))) ( -42.40) >consensus CUGCAUGCUGAUCCAGCUGAUGCGUGUCUAUCAGUAUAUAAUGGCACAUGUGGUCAGCGGCAAGGAGCAGCUGGCCAUAGAUUGGUACAUCUGCUUUGCCGCCUUCGAGAGCUCAGCAAA ......((((.....(((((((......))))))).......(((.....(((...(((((..(((((((...((((.....))))....))))))))))))..)))...)))))))... (-28.36 = -27.45 + -0.91)
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