Locus 3231

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,040,240 – 11,040,354
Length 114
Max. P 0.900720
window5307

overview

Window 7

Location 11,040,240 – 11,040,354
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -44.17
Consensus MFE -25.58
Energy contribution -26.45
Covariance contribution 0.87
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 1.02
SVM RNA-class probability 0.900720
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11040240 114 + 20766785
----A--UCACAGCUUACCUGUGCCCACUUUUCCACUCGCAUUUGCGAAGUAGGAGUAUUUGGGGUAAUCUUACCCAUGCGCAGUGGAUCAUAAGGAGCAUAAGGUGCAUAUGGUGUACU
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>DroVir_CAF1 185502 120 + 1
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>DroGri_CAF1 180419 118 + 1
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>DroWil_CAF1 201575 114 + 1
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>DroMoj_CAF1 213135 120 + 1
UUUACUUUCAACUCUUACCUGUGCCCAUUUCUCCACUCUCAUUUGCGAGGUGGGCGUAUUGGGCGUUACCUUGCCCAUGCGUAGCGGAUCGUAGGGCGCAUACGGUGCGUAAGGUGUGCU
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>DroAna_CAF1 157064 118 + 1
UUGAA--UUCCCCCUUACCUGCGCCCAUUUUUCCACUCGCAUCUGCGAGGUGGGAGUAUUUGGUGUGAUCUUGCCCAUCCGCAGCGGAUCAUAGGGGGCGUACGGAGCGUACGGUGUGCU
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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