Locus 3229

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,029,568 – 11,029,688
Length 120
Max. P 0.790154
window5304 window5305

overview

Window 4

Location 11,029,568 – 11,029,688
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.67
Mean single sequence MFE -41.39
Consensus MFE -23.27
Energy contribution -24.55
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.790154
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11029568 120 + 20766785
CGCCGGCUUGUACCCAUGCGGCAAGGUGUUGCAGAAGUCGCAGCUAUUCUCCUUCACCAACACAAAUGUCCUGCGCAACGAGCUAAGCUGUGCAACCGUGCAGCACAGCGAGUCCCCACC
(((.(((((((.....(((((((..((((((..((((..(........)..))))..))))))...)))....)))))))))))..((((..(....)..))))...))).......... ( -36.00)
>DroVir_CAF1 173066 120 + 1
CUUGGGCCUAUAUCCCUGUGGCAAGGAGCUGCAAAAGUCGCAGCUCUUCUCCUACACCAAGAGCCAAGUGCUGCGCAACGAGAUUAGCUGCGCCACAGUCCAGCACAGUAGCUCGCCACC
...(((.......))).(((((.(((((((((.......)))))))))............((((...((((((((((.(.......).)))))........)))))....))))))))). ( -43.50)
>DroGri_CAF1 168593 120 + 1
UCUGGGCCUAUAUCCCUGUGGGAAGACGCUGCAACAUUCGCAGCUCUUCUCCUUUACCAACAGCCAAGUGCUGCGCAACGAGCUGAGCUGUGCCACGGUGCAGCAUAGCAGCUCGCCGCC
....(((.........((((((((((.(((((.......)))))))))))..........((((.....))))))))..((((((.((((..(....)..))))....)))))))))... ( -48.40)
>DroWil_CAF1 189664 120 + 1
UCUGGGCCUGUAUCCCUGCGGCAAAACAUUACAGAAAUCGCAGCUCUUUUCCUACACCAAUAGCCAGGUGCUGCGCAACGAACUCAGCUGUGCCACAGUCCAGCACAGUGAUUCGCCACC
...(((.......)))...(((................((((((.(((...(((......)))..))).))))))....(((.(((.((((((.........)))))))))))))))... ( -32.50)
>DroMoj_CAF1 200219 120 + 1
UCUGGGUCUAUAUGCCUGCGGCAAGGCGCUGCAAAAGUCCCAGCUCUUCUCCUACACCAACAGUCUGGUGUUGCGUAACGAGCUGAGCUGCGCGACAGUGCAGCACAGCAGCUCCCCACC
..((((.......((((......))))(((((........((((((....((.((((((......)))))).).)....)))))).(((((((....)))))))...)))))..)))).. ( -52.10)
>DroAna_CAF1 145808 120 + 1
UGUGGGCCUCUAUCCUUGCGGCAAAACGCUGCAAAAGUCACAGCUCUUCUCCUUCACCAAAUCCCAAGUGCUGCGCAACGAACUGAGCUGUGCCACAGUCCAGCACAGCGAGUCGCCACC
.((((((........(((((((.....)))))))......((((.(((.................))).)))).))..(((.((..(((((((.........))))))).))))))))). ( -35.83)
>consensus
UCUGGGCCUAUAUCCCUGCGGCAAGACGCUGCAAAAGUCGCAGCUCUUCUCCUACACCAACAGCCAAGUGCUGCGCAACGAGCUGAGCUGUGCCACAGUCCAGCACAGCAACUCGCCACC
....(((.........((((((.....)))))).....((((((.(((.................))).))))))....(((....(((((((.........)))))))..))))))... (-23.27 = -24.55 +   1.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 11,029,568 – 11,029,688
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.67
Mean single sequence MFE -47.97
Consensus MFE -30.16
Energy contribution -31.88
Covariance contribution 1.73
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.619673
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11029568 120 - 20766785
GGUGGGGACUCGCUGUGCUGCACGGUUGCACAGCUUAGCUCGUUGCGCAGGACAUUUGUGUUGGUGAAGGAGAAUAGCUGCGACUUCUGCAACACCUUGCCGCAUGGGUACAAGCCGGCG
((..(((....(((((((.((...)).))))))).......(((((.(((.((....)).)))..((((..(........)..)))).))))).)))..))((...(((....))).)). ( -43.00)
>DroVir_CAF1 173066 120 - 1
GGUGGCGAGCUACUGUGCUGGACUGUGGCGCAGCUAAUCUCGUUGCGCAGCACUUGGCUCUUGGUGUAGGAGAAGAGCUGCGACUUUUGCAGCUCCUUGCCACAGGGAUAUAGGCCCAAG
.((((((((((((.(.((..(..(((.(((((((.......))))))).))).)..)).).....)))).....(((((((((...))))))))))))))))).(((.......)))... ( -51.90)
>DroGri_CAF1 168593 120 - 1
GGCGGCGAGCUGCUAUGCUGCACCGUGGCACAGCUCAGCUCGUUGCGCAGCACUUGGCUGUUGGUAAAGGAGAAGAGCUGCGAAUGUUGCAGCGUCUUCCCACAGGGAUAUAGGCCCAGA
.(((((((((((((.(((..(...)..))).)))..))))))))))(((((.....))))).......((.((((((((((((...))))))).)))))))...(((.......)))... ( -54.60)
>DroWil_CAF1 189664 120 - 1
GGUGGCGAAUCACUGUGCUGGACUGUGGCACAGCUGAGUUCGUUGCGCAGCACCUGGCUAUUGGUGUAGGAAAAGAGCUGCGAUUUCUGUAAUGUUUUGCCGCAGGGAUACAGGCCCAGA
.(..(((((((((((((((.......))))))).))).)))))..)((.(((((........))))).((...(((((((((.....))))..))))).)))).(((.......)))... ( -42.00)
>DroMoj_CAF1 200219 120 - 1
GGUGGGGAGCUGCUGUGCUGCACUGUCGCGCAGCUCAGCUCGUUACGCAACACCAGACUGUUGGUGUAGGAGAAGAGCUGGGACUUUUGCAGCGCCUUGCCGCAGGCAUAUAGACCCAGA
..((((...(((..((((((((..(((.(.((((((..(((.((((((((((......)))).)))))))))..))))))))))...))))))))..((((...))))..))).)))).. ( -50.80)
>DroAna_CAF1 145808 120 - 1
GGUGGCGACUCGCUGUGCUGGACUGUGGCACAGCUCAGUUCGUUGCGCAGCACUUGGGAUUUGGUGAAGGAGAAGAGCUGUGACUUUUGCAGCGUUUUGCCGCAAGGAUAGAGGCCCACA
.((((.(.(((((((((((.......)))))))).....((.((((....((((........))))..((..(((.((((..(...)..)))).)))..)))))).))..))).))))). ( -45.50)
>consensus
GGUGGCGAGCCGCUGUGCUGCACUGUGGCACAGCUCAGCUCGUUGCGCAGCACUUGGCUGUUGGUGAAGGAGAAGAGCUGCGACUUUUGCAGCGCCUUGCCGCAGGGAUAUAGGCCCAGA
.(((((((((.(((((((((.....)))))))))...)))))))))((..((((........))))..((......((((((.....))))))......)))).(((.......)))... (-30.16 = -31.88 +   1.73)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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