Locus 321

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,127,137 – 2,127,322
Length 185
Max. P 0.952898
window649 window650 window651 window652 window653 window654

overview

Window 9

Location 2,127,137 – 2,127,251
Length 114
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.38
Mean single sequence MFE -50.89
Consensus MFE -30.11
Energy contribution -32.58
Covariance contribution 2.47
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.91
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.65
SVM RNA-class probability 0.812604
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2127137 114 + 20766785
ACCAGCUGCCCG---UACAGCUUCCUAAUCUAGUCCAGCUUCCGCCUCAGCUGGCGGCUGCCGCCAAUAUUAUGCAGCUUAAUAACGUGGCCAAAGCUGCAGUGGCUGCGGCGGCCA
.(((((((..((---...((((..(((...)))...))))..))...))))))).(((((((((...(((..((((((((.............)))))))))))...))))))))). ( -46.42)
>DroVir_CAF1 128749 114 + 1
AUCAGCUGCCGG---UGCAGCUGCCCAAUUUGGUGCAUCUGCCGCCGCAGCUCGCCGCCGCCGCCAACAUAAUGCAGCUGAACAAUGUGGCCAAAGCGGCCGUCGCCGCCGCUGCCA
.((((((((.((---(((((.(((((.....)).))).))).))))((.((.....)).))............))))))))......((((...((((((.......)))))))))) ( -48.50)
>DroWil_CAF1 150714 117 + 1
AUCAGCUGCCCGCUGUCCAACUGCCCAAUCUAGUCCAGCUGCCACCACAAUUGGCAGCUGCCGCCAAUAUCAUGCAACUGAAUAAUGUGGCCAAGGCGGCGGUGGCAGCGGCGGCUA
...(((((((.((((.(((.(((((...........((((((((.......))))))))(((((((...(((......)))......))))...)))))))))))))))))))))). ( -55.00)
>DroMoj_CAF1 174827 114 + 1
ACCAGCUGCCGG---UGCAGCUGCCGAACCUGGUGCAUCUGCCGCCGCAGCUGGCGGCCGCCGCCAACAUCAUGCAGCUGAACAACGUGGCCAAGGCAGCAGUUGCCGCCGCCGCCA
...((((((.((---(((((.((((.......).))).))).))))))))))((((((.(((((.....(((......))).....)))))...(((.((....)).))))))))). ( -52.50)
>DroAna_CAF1 110499 114 + 1
ACCAGCUGCCCA---UGCAACUGCCCAAUCUAGUCCAGCUGCCGCCCCAGUUGGCGGCCGCUGCCAACAUCAUGCAGCUGAACAACGUGGCCAAGGCGGCGGUGGCAGCGGCGGCCA
....((((((..---(((.((((((.......((.(((((((.......((((((((...)))))))).....))))))).))......((....)))))))).)))..)))))).. ( -52.50)
>DroPer_CAF1 120885 114 + 1
ACCAGCUGCCCG---UGCAGCUGCCGAAUCUAGUCCAACUGCCGCCCCAACUGGCGGCCGCCGCCAACAUAAUGCAGCUGAACAACGUGGCCAAGGCGGCGAUGGCCACGGCAGCGA
....((((((.(---(.(((((((.......((.....))((((((......))))))...............))))))).))...(((((((.(....)..))))))))))))).. ( -50.40)
>consensus
ACCAGCUGCCCG___UGCAGCUGCCCAAUCUAGUCCAGCUGCCGCCCCAGCUGGCGGCCGCCGCCAACAUCAUGCAGCUGAACAACGUGGCCAAGGCGGCGGUGGCCGCGGCGGCCA
....((((((.......(((((((.......((.....))((((((......))))))...............)))))))......(((((((.........))))))))))))).. (-30.11 = -32.58 +   2.47)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 2,127,137 – 2,127,251
Length 114
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.38
Mean single sequence MFE -55.89
Consensus MFE -38.98
Energy contribution -38.96
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.795973
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2127137 114 - 20766785
UGGCCGCCGCAGCCACUGCAGCUUUGGCCACGUUAUUAAGCUGCAUAAUAUUGGCGGCAGCCGCCAGCUGAGGCGGAAGCUGGACUAGAUUAGGAAGCUGUA---CGGGCAGCUGGU
.(((.(((((......((((((((((((...))))..))))))))........))))).)))((((((((...((..((((...(((...)))..))))...---))..)))))))) ( -49.44)
>DroVir_CAF1 128749 114 - 1
UGGCAGCGGCGGCGACGGCCGCUUUGGCCACAUUGUUCAGCUGCAUUAUGUUGGCGGCGGCGGCGAGCUGCGGCGGCAGAUGCACCAAAUUGGGCAGCUGCA---CCGGCAGCUGAU
((((...((((((....))))))...))))......((((((((.........((.(((((.....))))).)).((((.(((.((.....))))).)))).---...)))))))). ( -58.90)
>DroWil_CAF1 150714 117 - 1
UAGCCGCCGCUGCCACCGCCGCCUUGGCCACAUUAUUCAGUUGCAUGAUAUUGGCGGCAGCUGCCAAUUGUGGUGGCAGCUGGACUAGAUUGGGCAGUUGGACAGCGGGCAGCUGAU
((((.(((((((((((.(((((....)).......(((((((((((.((((((((((...))))))).))).)).)))))))))........))).).))).)))).))).)))).. ( -51.10)
>DroMoj_CAF1 174827 114 - 1
UGGCGGCGGCGGCAACUGCUGCCUUGGCCACGUUGUUCAGCUGCAUGAUGUUGGCGGCGGCCGCCAGCUGCGGCGGCAGAUGCACCAGGUUCGGCAGCUGCA---CCGGCAGCUGGU
.((((((((((((....))))))...))).((((((.((((........)))))))))))))(((((((((.(..((((.(((..........))).)))).---.).))))))))) ( -60.90)
>DroAna_CAF1 110499 114 - 1
UGGCCGCCGCUGCCACCGCCGCCUUGGCCACGUUGUUCAGCUGCAUGAUGUUGGCAGCGGCCGCCAACUGGGGCGGCAGCUGGACUAGAUUGGGCAGUUGCA---UGGGCAGCUGGU
.....(((((((((..((((.(((((((..((((((.((((........))))))))))...)))))..))))))(((((((..(......)..))))))).---..)))))).))) ( -55.70)
>DroPer_CAF1 120885 114 - 1
UCGCUGCCGUGGCCAUCGCCGCCUUGGCCACGUUGUUCAGCUGCAUUAUGUUGGCGGCGGCCGCCAGUUGGGGCGGCAGUUGGACUAGAUUCGGCAGCUGCA---CGGGCAGCUGGU
..(((((((((((((.........)))))))..(((.(((((((......((((((((.((((((......)))))).))))..)))).....))))))).)---)))))))).... ( -59.30)
>consensus
UGGCCGCCGCGGCCACCGCCGCCUUGGCCACGUUGUUCAGCUGCAUGAUGUUGGCGGCGGCCGCCAGCUGCGGCGGCAGCUGGACUAGAUUGGGCAGCUGCA___CGGGCAGCUGGU
((((((..((.((....)).))..))))))......((((((((.........(((((.((((((......)))))).......((......))..))))).......)))))))). (-38.98 = -38.96 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 2,127,171 – 2,127,282
Length 111
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.99
Mean single sequence MFE -53.01
Consensus MFE -30.63
Energy contribution -31.49
Covariance contribution 0.86
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.75
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.938541
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2127171 111 + 20766785
GCUUCCGCCUCAGCUGGCGGCUGCCGCCAAUAUUAUGCAGCUUAAUAACGUGGCCAAAGCUGCAGUGGCUGCGGCGGCCACCAACAACGCGGCCGCGCAAG------CGGCACAGGC
......((((..(.(((.(((((((((...(((..((((((((.............)))))))))))...))))))))).))).)......(((((....)------))))..)))) ( -54.32)
>DroVir_CAF1 128783 117 + 1
UCUGCCGCCGCAGCUCGCCGCCGCCGCCAACAUAAUGCAGCUGAACAAUGUGGCCAAAGCGGCCGUCGCCGCCGCUGCCAGCAACAAUGCGGCUGCAGCAGCUGCCUCUGCGCAGGC
(((((.((.((((((.((.((.(((((.........(((((((..(.....)..))..(((((....))))).)))))..........))))).)).))))))))....))))))). ( -50.21)
>DroWil_CAF1 150751 111 + 1
GCUGCCACCACAAUUGGCAGCUGCCGCCAAUAUCAUGCAACUGAAUAAUGUGGCCAAGGCGGCGGUGGCAGCGGCGGCUAACAACAAUGCAGCCGCUCAAG------CAGCACAGGC
(((((..(((....)))..(((((((((....(((......))).....((.((....)).)))))))))))(((((((...........)))))))...)------))))...... ( -46.60)
>DroYak_CAF1 106872 111 + 1
GCUUCCGCCCCAGCUGGCGGCCGCCGCCAAUAUUAUGCAGCUGAACAACGUGGCCAAAGCUGCAGUGGCCGCGGCGGCCACUAACAACGCAGCCGCCCAGG------CGGCGCAGGC
......(((..((.((((.(((((.((((......(((((((...............))))))).)))).))))).))))))......((.(((((....)------)))))).))) ( -55.06)
>DroMoj_CAF1 174861 117 + 1
UCUGCCGCCGCAGCUGGCGGCCGCCGCCAACAUCAUGCAGCUGAACAACGUGGCCAAGGCAGCAGUUGCCGCCGCCGCCAGCAACAAUGCAGCAGCAGCAGCCGCCUCGGCGCAGGC
(((((.(((((((((((((((.(((((.....(((......))).....)))))...(((.((....)).)))))))))))).....))).((.((....)).))...)))))))). ( -53.70)
>DroAna_CAF1 110533 111 + 1
GCUGCCGCCCCAGUUGGCGGCCGCUGCCAACAUCAUGCAGCUGAACAACGUGGCCAAGGCGGCGGUGGCAGCGGCGGCCAACAACAACGCCGCAGCUCAAG------CGGCCCAGGC
...(((......((((((.((((((((((...(((......)))....(((.((....)).))).)))))))))).))))))......(((((.......)------))))...))) ( -58.20)
>consensus
GCUGCCGCCCCAGCUGGCGGCCGCCGCCAACAUCAUGCAGCUGAACAACGUGGCCAAAGCGGCAGUGGCCGCGGCGGCCAACAACAACGCAGCCGCACAAG______CGGCGCAGGC
......(((...((((((.(((((.((((......(((.(((...............))).))).)))).))))).))))))......((....))..................))) (-30.63 = -31.49 +   0.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 2,127,171 – 2,127,282
Length 111
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.99
Mean single sequence MFE -59.56
Consensus MFE -32.64
Energy contribution -32.37
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.61
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.03
SVM RNA-class probability 0.903507
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2127171 111 - 20766785
GCCUGUGCCG------CUUGCGCGGCCGCGUUGUUGGUGGCCGCCGCAGCCACUGCAGCUUUGGCCACGUUAUUAAGCUGCAUAAUAUUGGCGGCAGCCGCCAGCUGAGGCGGAAGC
((((((((((------(....)))).)))...(((((((((.(((((......((((((((((((...))))..))))))))........))))).)))))))))..))))...... ( -56.14)
>DroVir_CAF1 128783 117 - 1
GCCUGCGCAGAGGCAGCUGCUGCAGCCGCAUUGUUGCUGGCAGCGGCGGCGACGGCCGCUUUGGCCACAUUGUUCAGCUGCAUUAUGUUGGCGGCGGCGGCGAGCUGCGGCGGCAGA
((((......)))).((((((((((((((.(((((((..(((((((((....)((((.....))))..........)))))....)))..)))))))..))).)))))))))))... ( -64.50)
>DroWil_CAF1 150751 111 - 1
GCCUGUGCUG------CUUGAGCGGCUGCAUUGUUGUUAGCCGCCGCUGCCACCGCCGCCUUGGCCACAUUAUUCAGUUGCAUGAUAUUGGCGGCAGCUGCCAAUUGUGGUGGCAGC
..........------...(.(((((((((....)).))))))))(((((((((((.......((((.(((((.(....).)))))..))))(((....)))....))))))))))) ( -46.70)
>DroYak_CAF1 106872 111 - 1
GCCUGCGCCG------CCUGGGCGGCUGCGUUGUUAGUGGCCGCCGCGGCCACUGCAGCUUUGGCCACGUUGUUCAGCUGCAUAAUAUUGGCGGCGGCCGCCAGCUGGGGCGGAAGC
..((((.(((------.((((.((((((((((((.((((((((...)))))))))))))....((((.(((((.(....).)))))..)))).))))))))))).))).)))).... ( -59.90)
>DroMoj_CAF1 174861 117 - 1
GCCUGCGCCGAGGCGGCUGCUGCUGCUGCAUUGUUGCUGGCGGCGGCGGCAACUGCUGCCUUGGCCACGUUGUUCAGCUGCAUGAUGUUGGCGGCGGCCGCCAGCUGCGGCGGCAGA
..(((((((((((((((((((((((((((..........))))))))))))...)))))))))))...........((((((....((((((((...)))))))))))))).)))). ( -71.80)
>DroAna_CAF1 110533 111 - 1
GCCUGGGCCG------CUUGAGCUGCGGCGUUGUUGUUGGCCGCCGCUGCCACCGCCGCCUUGGCCACGUUGUUCAGCUGCAUGAUGUUGGCAGCGGCCGCCAACUGGGGCGGCAGC
(((...((((------(.......)))))(((.(.((((((.((((((((((..(((.....))).((((..(.(....).)..)))))))))))))).)))))).).))))))... ( -58.30)
>consensus
GCCUGCGCCG______CUUGAGCGGCUGCAUUGUUGCUGGCCGCCGCGGCCACUGCCGCCUUGGCCACGUUGUUCAGCUGCAUGAUAUUGGCGGCGGCCGCCAGCUGCGGCGGCAGC
...((.(((..........(.(((((((((....)).))))))))((.((....)).))...))))).........(((((.........))))).((((((......))))))... (-32.64 = -32.37 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 3

Location 2,127,211 – 2,127,322
Length 111
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.02
Mean single sequence MFE -48.73
Consensus MFE -25.36
Energy contribution -27.67
Covariance contribution 2.31
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 1.43
SVM RNA-class probability 0.952898
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2127211 111 + 20766785
CUUAAUAACGUGGCCAAAGCUGCAGUGGCUGCGGCGGCCACCAACAACGCGGCCGCGCAAG------CGGCACAGGCUGCUCAGGCAGCUGCUGCCCAGUACUUCCUGAACGGCACU
.........((((((...(((((((...)))))))))))))......(...(((((....)------))))...)((((.(((((.((.((((....)))))).))))).))))... ( -53.10)
>DroVir_CAF1 128823 117 + 1
CUGAACAAUGUGGCCAAAGCGGCCGUCGCCGCCGCUGCCAGCAACAAUGCGGCUGCAGCAGCUGCCUCUGCGCAGGCGGCACAAGCGGCAGCCGCCCAAUACUUUCUGAACGGCACC
.........((((((.....))))).)(((((.(((((.(((.........)))))))).(((((((......)))))))....))))).((((..((........))..))))... ( -49.80)
>DroEre_CAF1 104610 111 + 1
CUUAACAACGUAGCCAAAGCUGCAGUGGCCGCGGCGGCCACCAACAACGCGGCCGCCCAGG------CAGCGCAGGCUGCUCAGGCAGCUGCUGCCCAGUAUUUUCUGAACGGCACU
.....((..(((((....)))))..))((((.(((((((.(.......).)))))))..((------((((...((((((....))))))))))))(((......)))..))))... ( -52.10)
>DroWil_CAF1 150791 111 + 1
CUGAAUAAUGUGGCCAAGGCGGCGGUGGCAGCGGCGGCUAACAACAAUGCAGCCGCUCAAG------CAGCACAGGCGGCACAAGCUGCAGCUGCCCAGUUCUUUCUCAAUGGAACG
............((....))((((((.((((((((((((...........)))))))...(------(.((....)).))....))))).))))))..(((((........))))). ( -42.50)
>DroYak_CAF1 106912 111 + 1
CUGAACAACGUGGCCAAAGCUGCAGUGGCCGCGGCGGCCACUAACAACGCAGCCGCCCAGG------CGGCGCAGGCUGCUCAGGCAGCUGCUGCCCAAUAUUUUUUGAACGGCACU
.........(..((....))..)((((((((...))))))))......(((((.(((..((------((((....))))))..))).)))))(((((((......)))...)))).. ( -48.90)
>DroMoj_CAF1 174901 111 + 1
CUGAACAACGUGGCCAAGGCAGCAGUUGCCGCCGCCGCCAGCAACAAUGCAGCAGCAGCAGCCGCCUCGGCGCAGGCGGCGCAGGCAG------CGCAGUAUUUCCUCAACGGGACC
(((......((.((....)).)).((((((..(((((((.((.....(((....)))...((((...)))))).)))))))..)))))------).)))....((((....)))).. ( -46.00)
>consensus
CUGAACAACGUGGCCAAAGCUGCAGUGGCCGCGGCGGCCACCAACAACGCAGCCGCACAAG______CGGCGCAGGCGGCUCAGGCAGCUGCUGCCCAGUACUUUCUGAACGGCACU
.........((.(((......((((..(((((.((((((...........))))))...........((((....)))).....)))))..)))).(((......)))...))))). (-25.36 = -27.67 +   2.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 2,127,211 – 2,127,322
Length 111
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.02
Mean single sequence MFE -51.89
Consensus MFE -27.80
Energy contribution -28.13
Covariance contribution 0.34
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.651737
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2127211 111 - 20766785
AGUGCCGUUCAGGAAGUACUGGGCAGCAGCUGCCUGAGCAGCCUGUGCCG------CUUGCGCGGCCGCGUUGUUGGUGGCCGCCGCAGCCACUGCAGCUUUGGCCACGUUAUUAAG
.(((((((((((......))))))...((((((...((((((.((.((((------(....))))))).))))))((((((.......))))))))))))..)).)))......... ( -48.70)
>DroVir_CAF1 128823 117 - 1
GGUGCCGUUCAGAAAGUAUUGGGCGGCUGCCGCUUGUGCCGCCUGCGCAGAGGCAGCUGCUGCAGCCGCAUUGUUGCUGGCAGCGGCGGCGACGGCCGCUUUGGCCACAUUGUUCAG
((((((((((((......))))))))).)))((((.(((.(....)))).)))).((((((((.((((((....))).))).))))))))...((((.....))))........... ( -57.00)
>DroEre_CAF1 104610 111 - 1
AGUGCCGUUCAGAAAAUACUGGGCAGCAGCUGCCUGAGCAGCCUGCGCUG------CCUGGGCGGCCGCGUUGUUGGUGGCCGCCGCGGCCACUGCAGCUUUGGCUACGUUGUUAAG
.(((((((((((......)))))).((.(((((((..(((((....))))------)..))))))).))(((((.((((((((...)))))))))))))...))).))......... ( -56.90)
>DroWil_CAF1 150791 111 - 1
CGUUCCAUUGAGAAAGAACUGGGCAGCUGCAGCUUGUGCCGCCUGUGCUG------CUUGAGCGGCUGCAUUGUUGUUAGCCGCCGCUGCCACCGCCGCCUUGGCCACAUUAUUCAG
........((((.........((((((.(((((.............))))------)..(.(((((((((....)).))))))))))))))...(((.....))).......)))). ( -38.32)
>DroYak_CAF1 106912 111 - 1
AGUGCCGUUCAAAAAAUAUUGGGCAGCAGCUGCCUGAGCAGCCUGCGCCG------CCUGGGCGGCUGCGUUGUUAGUGGCCGCCGCGGCCACUGCAGCUUUGGCCACGUUGUUCAG
.(((((((((((......)))))).((((((((((..((.((....)).)------)..))))))))))(((((.((((((((...)))))))))))))...)).)))......... ( -56.20)
>DroMoj_CAF1 174901 111 - 1
GGUCCCGUUGAGGAAAUACUGCG------CUGCCUGCGCCGCCUGCGCCGAGGCGGCUGCUGCUGCUGCAUUGUUGCUGGCGGCGGCGGCAACUGCUGCCUUGGCCACGUUGUUCAG
(((.((.....)).......(((------(.....)))).)))((.(((((((((((((((((((((((..........))))))))))))...))))))))))))).......... ( -54.20)
>consensus
AGUGCCGUUCAGAAAAUACUGGGCAGCAGCUGCCUGAGCAGCCUGCGCCG______CUUGGGCGGCCGCAUUGUUGGUGGCCGCCGCGGCCACUGCAGCUUUGGCCACGUUGUUCAG
.(((((((((((......)))))).((((((((....((.....))..............((((((((((....)).)))))))))))))...)))......))).))......... (-27.80 = -28.13 +   0.34)

alignment

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