| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,900,826 – 10,900,943 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.766082 |
| Location | 10,900,826 – 10,900,943 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.15 |
| Mean single sequence MFE | -57.55 |
| Consensus MFE | -36.45 |
| Energy contribution | -36.82 |
| Covariance contribution | 0.37 |
| Combinations/Pair | 1.41 |
| Mean z-score | -1.69 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 0.52 |
| SVM RNA-class probability | 0.766082 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10900826 117 + 20766785 CUGUCGUCGU---CGCAACCUGGCCGAGCGGGUGAGGCGCAUCUGCGCCUGCUGUGCCUACGGCCAGAUCCUGCUGCGCGCAGCCCGCGUGGCCCUGCUCAGCUGCAUCCGCUGGCGAAC ......((((---(((.....(((((.((((...((((((....))))))(((((((...((((........)))).))))))))))).))))).(((......)))...)).))))).. ( -54.70) >DroVir_CAF1 14753 117 + 1 CUGCCGGCGG---CGCACGCUGGCCGAGCGUGUGCGCCGCAUAUGCGCCUGCUGUGCCUAUGGCCAGGUGUUGUUGCGCAACGCCCGCCUCGCUCUGCUCAGCUGCAUUCGUUGGCGCAC ..((((((((---.(((.((((((.(((((.(.((((((((((.((....)))))))....)))..(((((((.....))))))).))).))))).)).)))))))..)))))))).... ( -57.80) >DroGri_CAF1 16879 117 + 1 CUGCCGACGG---CGCACUCUCGCCGAGCGUGUGCGUCGCAUAUGCACCUGCUGUGCCUACGGCCAGGUGCUGCUGAGCGCCGCACGUGUCGCGCUGCUCAGCUGCAUCCGUUGGCGCAC ..((((((((---(((((...(((...))).)))))))(((...(((((((((((....)))).))))))).((((((((.(((.......))).)))))))))))....)))))).... ( -63.40) >DroWil_CAF1 34398 117 + 1 CUGCCGGAGA---CGCCAACUAGCCGAACGAGUGCGCCGGAUCUGCGCGUGCUGCACCUACGGCCAGGUGCUGAUUCGGGCGGCACGCGUUGCUCUGCUUAGUUGCAUCCGUUGGCGUAC .........(---(((((((.(((..((((.((((((((((((.((((.(((((......))).)).)))).))))).))).)))).))))))).(((......)))...)))))))).. ( -50.60) >DroMoj_CAF1 16108 120 + 1 CUGUCGGCGACAUCGCACGCUGGCCGAGCGUGUGCGCCGCAUAUGCGCCUGCUGUGCCUACGGCCAGGUGCUCAUACGCAAUGCACGUCUCGCGCUGCUCAGUUGCAUUCGUUGGCGCAC ..((((((((....((((.(((((((.((((((((...))))))))(((....).))...)))))))))))......((((((((((.....)).)))...)))))..)))))))).... ( -52.50) >DroAna_CAF1 12382 117 + 1 CUGUAGGCGC---CGCAGCCUGGCCGACCGGGUGCGACGGGUGUGUGCCUGUUGCGCCUACGGCCAGGUCCUGUUGCGUGCCGCUCGCGUGGCCCUGCUCAGCUGCAUCCGCUGGCGAAC ..(((((.((---(((.(((((((((...(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))......(((.......)))))))))))))(((((.......)))))..... ( -66.30) >consensus CUGCCGGCGA___CGCACCCUGGCCGAGCGUGUGCGCCGCAUAUGCGCCUGCUGUGCCUACGGCCAGGUGCUGAUGCGCGCCGCACGCGUCGCCCUGCUCAGCUGCAUCCGUUGGCGCAC ..(((((((..........(((((((.(((.......)))....((((.....))))...)))))))((((.((((.(((..((.......))..))).)))).)))).))))))).... (-36.45 = -36.82 + 0.37)
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