Locus 3080

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	10,547,914 – 10,548,029
Length	115
Max. P	0.999550

overview

Window 2

Location	10,547,914 – 10,548,029
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.44
Mean single sequence MFE	-34.48
Consensus MFE	-32.60
Energy contribution	-32.60
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.26
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.65
SVM RNA-class probability	0.810336
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10547914 115 + 20766785
-----UCACCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCUCAAGUCGAUGGC
-----...(((((..((.....(((.(.((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....)))).).)))....)).))))). ( -33.70)
>DroSec_CAF1 45751 115 + 1
-----UCAGCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCUCAAGUCGAUGGC
-----..((((((...............((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....)))).))))))............ ( -33.40)
>DroSim_CAF1 37549 115 + 1
-----UCACCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCUCAAGUCGAUGGC
-----...(((((..((.....(((.(.((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....)))).).)))....)).))))). ( -33.70)
>DroEre_CAF1 42243 120 + 1
CCAGCUCACCAGCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGCUGCUCAAGUCGAUGGC
..((((....))))...((....((((........((((((((..(((((..((((.......)))))))))))))))))(((.(((.((((.....)))).))))))...))))..)). ( -37.80)
>DroYak_CAF1 42310 118 + 1
CCA--UCACCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCCCAAGUCGAUGGC
(((--((((((((...............((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....)))).)))).....)).))))). ( -33.80)
>consensus
_____UCACCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCUCAAGUCGAUGGC
.................((....((((.((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....))))..........))))..)). (-32.60 = -32.60 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,547,914 – 10,548,029
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.44
Mean single sequence MFE	-41.74
Consensus MFE	-39.06
Energy contribution	-39.46
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.33
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	3.71
SVM RNA-class probability	0.999550
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10547914 115 - 20766785
GCCAUCGACUUGAGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGGUGA-----
((((((.((((..((...(((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).......))...))))..))))))..----- ( -41.10)
>DroSec_CAF1 45751 115 - 1
GCCAUCGACUUGAGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGCUGA-----
............(((((((((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).....((((.....))))))))))..----- ( -38.60)
>DroSim_CAF1 37549 115 - 1
GCCAUCGACUUGAGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGGUGA-----
((((((.((((..((...(((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).......))...))))..))))))..----- ( -41.10)
>DroEre_CAF1 42243 120 - 1
GCCAUCGACUUGAGCAGCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGCUGGUGAGCUGG
(((.(((((.....(((((((((.....)))))))))((((((((((((((((((((.......)))..))))))..))))))).))))....)))).)...))).((((....)))).. ( -45.70)
>DroYak_CAF1 42310 118 - 1
GCCAUCGACUUGGGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGGUGA--UGG
((((((.((((..((...(((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).......))...))))..))))))..--... ( -42.20)
>consensus
GCCAUCGACUUGAGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGGUGA_____
((((((.((((..((...(((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).......))...))))..))))))....... (-39.06 = -39.46 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

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