Locus 2912

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,120,808 – 10,120,968
Length 160
Max. P 0.963724
window4800 window4801

overview

Window 0

Location 10,120,808 – 10,120,928
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.33
Mean single sequence MFE -32.23
Consensus MFE -14.24
Energy contribution -14.58
Covariance contribution 0.34
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -2.79
Structure conservation index 0.44
SVM decision value 1.56
SVM RNA-class probability 0.963724
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10120808 120 - 20766785
UGACGAACCAAAUGUCGCUGCCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUUAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAAGGAUUCGAAAGAAAUAUGGCAAUAGGAAUGUCAGAGAAAU
(((((((((((((((.((..((.......))..))))))))....(((((((........)))))))..))))).........(((....)))................))))....... ( -31.10)
>DroSec_CAF1 4614 120 - 1
UGACGAGCCAAAUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAAGGAUUUGCAAGAAAUAUGGCAAUAGGAAUGUCAGAGAAAU
(((((((((((((((.((((((.......))))))))))))....(((((((........)))))))..)))))..........((((.(....)...)))).......))))....... ( -32.70)
>DroSim_CAF1 4414 120 - 1
UGACGAGCCAAAUGUAGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUCAAAGGUUCUGGAAAGGAUUCGCCAGAAAUAUGGCAAUAGGAAUGUCAGAGAAAU
((((((((((((((((.(((((.......))))))))))))....(((((((........)))))))..)))))............((((......)))).........))))....... ( -39.40)
>DroEre_CAF1 4802 120 - 1
UAACGAGUCACCUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAGGGUUAUGGAAAGGACUCGUAAGAAAUAUGGCAAAAAGCAUGUCAGAGAAAU
..(((((((...(((.((((((.......)))))))))....((((((((((.((((.....)))).))))))))))....)))))))........(((((.......)))))....... ( -36.20)
>DroWil_CAF1 5663 120 - 1
UAAAGAUGUCCUAAAACCUGAGCGUAAGCUUUGGUGCAUUUAUCAUUGUCGUCAGCCAGAUAUAGAUAGAACCAUUGACGCGUUGCUGGAAAAAUAUGGCAAAAAAAAUAUGUAUGAAAU
....(.((((.....(((.((((....)))).)))...((((((..((((........))))..))))))......))))).((((((........)))))).................. ( -23.90)
>DroYak_CAF1 4731 120 - 1
UAGCGAGUCACAUGUCGCCACCCAAAAACGAUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUAUGGAAAGGAUUCGCAAGAAAUAUGGCAAAAAACAUGUCUGGGAAAU
..(((((((..((((.((((.(.......).))))))))...((((((((((.((((.....)))).))))))))))....))))))).....(((((........)))))......... ( -30.10)
>consensus
UAACGAGCCAAAUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUAUGGAAAGGAUUCGCAAGAAAUAUGGCAAAAAGAAUGUCAGAGAAAU
...((((((.......((((((.......)))))).......(((..(((((.((((.....)))).)))))..)))...)).)))).........(((((.......)))))....... (-14.24 = -14.58 +   0.34)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 10,120,848 – 10,120,968
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.06
Mean single sequence MFE -32.45
Consensus MFE -16.49
Energy contribution -16.70
Covariance contribution 0.21
Combinations/Pair 1.53
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.752668
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10120848 120 - 20766785
UGGAUGCUGAUACGAUAGAAUAUUUCGGAAUAUUCAGUAUUGACGAACCAAAUGUCGCUGCCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUUAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAA
..((((((((..(((.........)))......))))))))...(((((((((((.((..((.......))..))))))))....(((((((........)))))))..)))))...... ( -32.90)
>DroSec_CAF1 4654 120 - 1
UGGAUUCUGAUACGAUAGAAUAUUUCGGAAUAUUCAGUAUUGACGAGCCAAAUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAA
....(((((((((....(((((((....))))))).)))))...(((((((((((.((((((.......))))))))))))....(((((((........)))))))..))))).)))). ( -35.20)
>DroSim_CAF1 4454 120 - 1
UGGAUCCUGAUACGAUAGAAUAUUUCGGAAUAUUUAGUAUUGACGAGCCAAAUGUAGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUCAAAGGUUCUGGAAA
....(((.(((((....(((((((....))))))).)))))...((((((((((((.(((((.......))))))))))))....(((((((........)))))))..))))).))).. ( -36.60)
>DroEre_CAF1 4842 120 - 1
UGGAUCCUGAAGCGAUUGAAUACUUCGGAGUAUUUAGUAUUAACGAGUCACCUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAGGGUUAUGGAAA
....((((((..((((((((((((....)))))))))).....))..)))..(((.((((((.......)))))))))......((((((((.((((.....)))).))))))))))).. ( -32.30)
>DroYak_CAF1 4771 120 - 1
UGGAUUCUGAUACGAUAGAAUACUUCGGGAUAUUUAGUAUUAGCGAGUCACAUGUCGCCACCCAAAAACGAUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUAUGGAAA
..(((((((((((.........(....)........))))))..)))))..((((.((((.(.......).))))))))...((((((((((.((((.....)))).))))))))))... ( -26.13)
>DroAna_CAF1 4257 120 - 1
UGGAGCUCUCAGAAUUGGAGUAUUUUGGGGCUUUCAGGAUUAUAAAUCCGCUCGAUCCAAAGCGGAAACAUUGGCUCAUCUAUAGCUGUCUUCACUCUGAGAUUGCCGAAAAUGUGGAGA
..(((((((((((((......)))))))))......((((.....))))))))..((((....(....).(((((..((((..((.((....))))...)))).))))).....)))).. ( -31.60)
>consensus
UGGAUCCUGAUACGAUAGAAUAUUUCGGAAUAUUCAGUAUUAACGAGCCAAAUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAA
(((....((((((....(((((((....))))))).)))))).....)))..(((.((((((.......)))))))))....(((.((((((.((((.....)))).)))))).)))... (-16.49 = -16.70 +   0.21)

alignment

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secondary structure

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