Locus 2899

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,008,404 – 10,008,539
Length 135
Max. P 0.711486
window4783 window4784 window4785

overview

Window 3

Location 10,008,404 – 10,008,499
Length 95
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.43
Mean single sequence MFE -22.26
Consensus MFE -13.53
Energy contribution -14.53
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.671381
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10008404 95 + 20766785
UCUUGCGGUUACGAAAACAGCCAUAAAACU--GCAAUUUUAAACCGAGCAAAUAGGCUU---GAGCCCAUAAAUAUGUUUAUGCGUUUGCCGGCAAUAA--------------U
..((((((((................))))--)))).......(((.((((((.(((..---..)))((((((....)))))).)))))))))......--------------. ( -23.19)
>DroSec_CAF1 11500 95 + 1
UCUUGUGGUUACGAAAACAGCCAUAAAACU--GCAAUUUGAAACCGAGCAAAUAGGCUU---GAGCCCAUAAAUAUGUUUAUGCGUUUGCCAGCAAUAA--------------U
..((((((((........))))))))...(--((.(((((........))))).(((..---((((.((((((....)))))).))))))).)))....--------------. ( -21.80)
>DroSim_CAF1 11946 95 + 1
UCUUGCGGUUACGAAAACAGCCAUAAAACU--GCAAUUUGAAACCGAGCAAAUAGGCUU---GAGCCCAUAAAUAUGUUUAUGCGUUUGCCAGCAAUAA--------------U
..((((((((.((((..(((........))--)...)))).))))(.((((((.(((..---..)))((((((....)))))).))))))).))))...--------------. ( -23.40)
>DroEre_CAF1 11693 102 + 1
UGUUGCGGUUACGAAAACAGCCAUAAAACU--GCAAUUUUAAGCCGAGCAAAUAGGCUU---GAGCCCAUAAAUAUGUUUAUGCGUUUGCCAGCAAUAAUAUA-------UAAU
((((((((((........))))........--((((..(((((((.........)))))---))((.((((((....)))))).))))))..)))))).....-------.... ( -23.90)
>DroYak_CAF1 11979 109 + 1
UCUUGCGGUUACGAAAACAGCCAUAAAACU--GCAAUUUUAAGCCGAGCAAAUAGGCUU---GAGCCCAUAAAUAUGUUUAUGCGUUUGCCAGCAAUAAUAUACAAUAUACAAU
..((((((((................))))--))))......((.(.((((((.(((..---..)))((((((....)))))).))))))).)).................... ( -21.49)
>DroPer_CAF1 11528 90 + 1
--------CAACAAAAACAGUCGUAAAAUAGCGCGACUCGACGCUGAGCUAAUAAGCCCCAGGGGCCCAUAAAUAUAUUUAUGCGUUUGACAGCAGAA----------------
--------..........((((((........))))))....((((.........((((...)))).((((((....)))))).......))))....---------------- ( -19.80)
>consensus
UCUUGCGGUUACGAAAACAGCCAUAAAACU__GCAAUUUGAAACCGAGCAAAUAGGCUU___GAGCCCAUAAAUAUGUUUAUGCGUUUGCCAGCAAUAA______________U
..((((((((........)))).......................(.((((((.(((((...)))))((((((....)))))).))))))).)))).................. (-13.53 = -14.53 +   1.00)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 4

Location 10,008,404 – 10,008,499
Length 95
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.43
Mean single sequence MFE -23.13
Consensus MFE -17.73
Energy contribution -16.73
Covariance contribution -0.99
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.38
SVM RNA-class probability 0.711486
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10008404 95 - 20766785
A--------------UUAUUGCCGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGUUUAAAAUUGC--AGUUUUAUGGCUGUUUUCGUAACCGCAAGA
.--------------...((((.((((((..((((((....))))))(((..---..)))..)))))).((((.......((--((((....))))))......)))))))).. ( -24.82)
>DroSec_CAF1 11500 95 - 1
A--------------UUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGUUUCAAAUUGC--AGUUUUAUGGCUGUUUUCGUAACCACAAGA
.--------------........((((((..((((((....))))))(((..---..)))..)))))).((((.......((--((((....))))))......))))...... ( -21.22)
>DroSim_CAF1 11946 95 - 1
A--------------UUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGUUUCAAAUUGC--AGUUUUAUGGCUGUUUUCGUAACCGCAAGA
.--------------...((((.((((((..((((((....))))))(((..---..)))..)))))).((((.......((--((((....))))))......)))))))).. ( -25.12)
>DroEre_CAF1 11693 102 - 1
AUUA-------UAUAUUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGCUUAAAAUUGC--AGUUUUAUGGCUGUUUUCGUAACCGCAACA
....-------.......((((.((((((..((((((....))))))(((..---..)))..)))))).((.(((..(..((--((((....))))))..)..))))))))).. ( -23.70)
>DroYak_CAF1 11979 109 - 1
AUUGUAUAUUGUAUAUUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGCUUAAAAUUGC--AGUUUUAUGGCUGUUUUCGUAACCGCAAGA
...(((.((((((.......(((((((((..((((((....))))))(((..---..)))..))))).)))).......)))--)))..))).((.(((.....))).)).... ( -24.54)
>DroPer_CAF1 11528 90 - 1
----------------UUCUGCUGUCAAACGCAUAAAUAUAUUUAUGGGCCCCUGGGGCUUAUUAGCUCAGCGUCGAGUCGCGCUAUUUUACGACUGUUUUUGUUG--------
----------------....((((.......((((((....))))))(((((...)))))...))))..(((((......)))))......((((.......))))-------- ( -19.40)
>consensus
A______________UUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC___AAGCCUAUUUGCUCGGCUUAAAAUUGC__AGUUUUAUGGCUGUUUUCGUAACCGCAAGA
....................(((((((((..((((((....))))))((((.....))))..))))).))))................((((((......))))))........ (-17.73 = -16.73 +  -0.99)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 10,008,442 – 10,008,539
Length 97
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.50
Mean single sequence MFE -27.50
Consensus MFE -22.42
Energy contribution -21.90
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.666130
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10008442 97 - 20766785
GCAAAUGCAUUGUUGUCAAGUGUUUUGGCACUCGGCUGAUA--------------UUAUUGCCGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGUUU
((((((((....(((((.(((((....))))).(((.....--------------.....))))))))..))))..........((((((..---..))))))))))....... ( -27.20)
>DroSec_CAF1 11538 97 - 1
GCAAAUGCAUUGUUGUCAAGUGUUUUGGCACCCGGCUGGUA--------------UUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGUUU
((((((((.....(((((((...)))))))....((..(((--------------....)))..))....))))..........((((((..---..))))))))))....... ( -26.80)
>DroSim_CAF1 11984 97 - 1
GCAAAUGCAUUGUUGUCAAGUGUUUUGGCACUCGGCUGAUA--------------UUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGUUU
((....))..(((((((.(((((....))))).))).))))--------------.....(((((((((..((((((....))))))(((..---..)))..))))).)))).. ( -24.30)
>DroEre_CAF1 11731 104 - 1
GCAAAUGCAUUGUUGUCAAGUGUUUUGGCACUUGGCUGAUAUUA-------UAUAUUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGCUU
((....))..(((((((((((((....))))))))).))))...-------.........(((((((((..((((((....))))))(((..---..)))..))))).)))).. ( -30.70)
>DroYak_CAF1 12017 111 - 1
GCAAAUGCAUUGUUGUCAAGUGUUUUGGCACUCGGCUGAUAUUGUAUAUUGUAUAUUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC---AAGCCUAUUUGCUCGGCUU
(((((((((.(((((((.(((((....))))).))).)))).))))).))))........(((((((((..((((((....))))))(((..---..)))..))))).)))).. ( -33.30)
>DroPer_CAF1 11560 98 - 1
GCAAAUGCAUUAUUGUCAAGUGUUUGGGUGUUUUUCUGUU----------------UUCUGCUGUCAAACGCAUAAAUAUAUUUAUGGGCCCCUGGGGCUUAUUAGCUCAGCGU
((....((...........(((((((.((((((..(.((.----------------....)).)..)))))).)))))))....((((((((...))))))))..))...)).. ( -22.70)
>consensus
GCAAAUGCAUUGUUGUCAAGUGUUUUGGCACUCGGCUGAUA______________UUAUUGCUGGCAAACGCAUAAACAUAUUUAUGGGCUC___AAGCCUAUUUGCUCGGCUU
((....))......(((.(((((....))))).)))........................(((((((((..((((((....))))))((((.....))))..))))).)))).. (-22.42 = -21.90 +  -0.52)

alignment

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