Locus 2893

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,999,700 – 9,999,792
Length 92
Max. P 0.949937
window4776

overview

Window 6

Location 9,999,700 – 9,999,792
Length 92
Sequences 5
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.48
Mean single sequence MFE -21.96
Consensus MFE -11.18
Energy contribution -12.66
Covariance contribution 1.48
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 1.40
SVM RNA-class probability 0.949937
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9999700 92 + 20766785
--CCCUCACAGCAU----AUGU--------AUAUGCCACAAGUAUGAGUCUGUAUGUAUAAAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACACUUCUAUGUA
--........((((----(...--------.))))).(((.....(((((((((((..........)))))))))))((((((........)))))).....))). ( -23.90)
>DroSec_CAF1 3016 88 + 1
--ACAUCACAGCAU----A------------UAUGCCACAAGUAUGGGUCUGUAUGUAUACAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACGCUUCUAUGUA
--((((...(((((----(------------((((..(((..((((((((((((((..........)))))))))))))))))...)))))))..)))...)))). ( -23.20)
>DroSim_CAF1 3169 88 + 1
--ACAUCACAGCAU----A------------UAUGCCACAAGUAUGAGUCUGUAUGUAUAAAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACACUUCUAUGUA
--........((((----(------------((...((((....((((((((((((..........))))))))))))))))..))))))).((((......)))) ( -23.10)
>DroYak_CAF1 3242 104 + 1
--ACAUCACAGCAUACAUAUAUAUAUAUAUGUACGCCACAAGUAUAAGUCUGUAUGUAUAAAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACACUUCUAUGUA
--((((...((.(((((((((.((((((.(((((.......)))))((((((((((..........)))))))))).)))))).)))))))))...))...)))). ( -25.50)
>DroAna_CAF1 2188 85 + 1
UCACAUCACAUCAU----G-------GCACAUAUCCCGCAAGUAUAAAUAUGUAUAUAUG---------GGAGGCUUGUGUUUUCGUAUAUAUUCUCU-CUAUAUA
..............----.-------..((((((..(....).....)))))).((((((---------(((((..(((((......))))).)))).-))))))) ( -14.10)
>consensus
__ACAUCACAGCAU____A____________UAUGCCACAAGUAUGAGUCUGUAUGUAUAAAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACACUUCUAUGUA
.............................................(((((((((((..........)))))))))))((((((........))))))......... (-11.18 = -12.66 +   1.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:42:06 2006