Locus 2871

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,924,058 – 9,924,166
Length 108
Max. P 0.586272
window4746

overview

Window 6

Location 9,924,058 – 9,924,166
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.20
Mean single sequence MFE -30.07
Consensus MFE -25.20
Energy contribution -25.62
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.586272
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9924058 108 - 20766785
GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAAUGUCCUG
(((((.(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))).))))((((((..((((.....))))..))))))..... ( -29.10)
>DroSec_CAF1 55032 108 - 1
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(((((.(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))).))))((((((..((((.....))))..))))))..... ( -29.00)
>DroSim_CAF1 42685 108 - 1
GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAAUGUCCUG
(((((.(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))).))))((((((..((((.....))))..))))))..... ( -29.10)
>DroEre_CAF1 47604 108 - 1
GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAGUGCCCUG
(((((.(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))).))))((((((..((((.....))))..))))))..... ( -28.90)
>DroYak_CAF1 42786 108 - 1
GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUCCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUGUGGUAGCUGCCCUG
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>DroAna_CAF1 42303 108 - 1
GCAUUCAGUUGCUUAAAUGGUCAGUGCCAGGGGCCUCGGUCUAAUAGCUACACAUUUAUUAGGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAACUGCCUUG
(((......)))......((.((((((((.((((...((((((((((........)))))))))))))).(((........)))..........)))).))))))... ( -28.10)
>consensus
GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAAUGCCCUG
((((..(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))..))))((((((..((((.....))))..))))))..... (-25.20 = -25.62 +   0.42)

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