Locus 2772

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,690,731 – 9,690,846
Length 115
Max. P 0.999915
window4589 window4590

overview

Window 9

Location 9,690,731 – 9,690,846
Length 115
Sequences 5
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.17
Mean single sequence MFE -34.40
Consensus MFE -32.36
Energy contribution -32.20
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.74
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 4.53
SVM RNA-class probability 0.999915
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9690731 115 + 20766785
GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACAGCAACUGCGAUAUACAUACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC
....((((((((((((((......((.(((((((((((((...))))))))))......((....))...))).)).(((((((....)))..))))...)))))))))))))). ( -33.90)
>DroSec_CAF1 7127 115 + 1
GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACAGCAACUGCGACAUAAAUACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC
....((((((((((((((......((((((((((((((((...))))))))))......((....))...)))........(((....))))))......)))))))))))))). ( -33.20)
>DroSim_CAF1 5275 115 + 1
GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACAGCAACUGCGACAUACAUACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC
....((((((((((((((......((((((((((((((((...))))))))))......((....))...)))....(((........))))))......)))))))))))))). ( -33.30)
>DroEre_CAF1 5188 115 + 1
GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACUGCUAUUGUGACAUACAGACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC
....(((((((((((((((((.....))).((((((((((...)))))))))).....(((....))).(((((.(((....((....))..)))))))))))))))))))))). ( -34.40)
>DroYak_CAF1 5218 115 + 1
GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGUGACUGCGAGUGUGACAUACAGACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC
....(((((((((((((((((.....))).((((((((((...))))))))))..(((.(((...(..(((.((.....)).)))..).))).)))....)))))))))))))). ( -37.20)
>consensus
GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACAGCAACUGCGACAUACAUACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC
....(((((((((((((((((.....))).((((((((((...))))))))))......((....)).....................(((....)))..)))))))))))))). (-32.36 = -32.20 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 9,690,731 – 9,690,846
Length 115
Sequences 5
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.17
Mean single sequence MFE -29.42
Consensus MFE -26.20
Energy contribution -27.00
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.30
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.691120
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9690731 115 - 20766785
GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUAUGUAUAUCGCAGUUGCUGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC
((((((((((.(((((.........))))).)))))))))).......(((((.(((((.....((((((((...)))))))).........))))).(((....)))))))).. ( -30.54)
>DroSec_CAF1 7127 115 - 1
GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUAUUUAUGUCGCAGUUGCUGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC
(((((....((((((((((((((((((....))))..)))).))))........(((((.....((((((((...)))))))).........))))))))))))))))....... ( -29.44)
>DroSim_CAF1 5275 115 - 1
GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUAUGUAUGUCGCAGUUGCUGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC
((..((((((((((..((((....))))...)))))))))).))....(((((.(((((.....((((((((...)))))))).........))))).(((....)))))))).. ( -31.04)
>DroEre_CAF1 5188 115 - 1
GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUCUGUAUGUCACAAUAGCAGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC
(((((((..((((((.(((((.((.(((...(.((((((......)).)))).)...)))....)).))))).))))))..))...(((.....)))......)))))....... ( -28.20)
>DroYak_CAF1 5218 115 - 1
GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUCUGUAUGUCACACUCGCAGUCACUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC
(((((((..((((((.(((((.((.(((...(.((((..(.....)..)))).)...)))....)).))))).))))))..))...(((.....)))......)))))....... ( -27.90)
>consensus
GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUAUGUAUGUCGCAGUUGCUGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC
((((((((((((((..((((....))))...))))))))...............(((((.....((((((((...)))))))).........))))).))))))........... (-26.20 = -27.00 +   0.80)

alignment

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secondary structure

Postscript

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