Locus 2759

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,673,942 – 9,674,095
Length	153
Max. P	0.626333

overview

Window 9

Location	9,673,942 – 9,674,061
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.46
Mean single sequence MFE	-37.41
Consensus MFE	-20.63
Energy contribution	-20.88
Covariance contribution	0.26
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.557148
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9673942 119 + 20766785
UCAUCAUGUGCGCCUUUACCAUGGGUUCGGCCAUCGUACAGUUCAUCAACAUCUAUAGAACCAACUGGUGGCUGCCACAGGCGCACACCAGGCAUAUGGUGGUGGGUUU-GCAGAGGUUU
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>DroVir_CAF1 161 114 + 1
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>DroPse_CAF1 170 120 + 1
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>DroGri_CAF1 159 117 + 1
UGAUAAUGUGCGCCUUUACAAUGGGUGCGGCAAUUGUGCAAUUCAUCAAUAUAUAUCGCACCAACUGGUGGCUGCCGCAAUUCCAGACAAGGCACAUGGUGGUAAGCUU-GGCAAA-UU-
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>DroAna_CAF1 167 119 + 1
UGAUCAUGUGCGCCUUUACCAUGGGUUCAGCUAUAGUACAGUUUAUAAAUAUCUACAGAACCAAUUGGUGGCUCCCACAGGCUCACACCAGGCACAUGGUGGUAGGCAG-GCUCAGAAUA
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>DroPer_CAF1 170 120 + 1
UGAUAAUGUGUGCCUUUACUAUGGGAGCAGCCAUUGUGCAGUUCAUAAACAUAUAUCGCACAAACUGGUGGCUGUCCCAGGCUCACACAAGGCACAUGGUGGUGGGUUUCGCCAAAGUUU
.......(((((((((.....(((((.((((((((((((.((............)).))))).....)))))))))))).........)))))))))(((((......)))))....... ( -41.94)
>consensus
UGAUAAUGUGCGCCUUUACCAUGGGUGCAGCCAUUGUGCAGUUCAUAAACAUAUAUCGCACAAACUGGUGGCUGCCACAGGCUCACACAAGGCACAUGGUGGUAGGUUU_GCCAAAGUUU
...........((((((((((((...(((((((((((((.((............)).)))).....))))))))).....(((.......))).)))))))).))))............. (-20.63 = -20.88 +   0.26)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	9,673,982 – 9,674,095
Length	113
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.52
Mean single sequence MFE	-32.17
Consensus MFE	-20.77
Energy contribution	-21.22
Covariance contribution	0.45
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.56
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.626333
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9673982 113 + 20766785
GUUCAUCAACAUCUAUAGAACCAACUGGUGGCUGCCACAGGCGCACACCAGGCAUAUGGUGGUGGGUUU-GCAGAGGUUUUCCAUAUGUAUCAACAAGGACAUUAAUCCAUAAU---
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>DroSec_CAF1 210 113 + 1
GUUCAUCAACAUCUACAGAACCAACUGGUGGCUGCCACAGGCGCACACCAGGCACAUGGUGGUGGGUUU-GCAGAGGUUUUCCAUCUGUAUCAACAAGGAAACUAAUCCGUAAU---
(((.......((((((...((((.((((((((.(((...))))).)))))).....)))).)))))).(-(((((((....)).))))))..)))..(((......))).....--- ( -35.70)
>DroSim_CAF1 240 113 + 1
GUUCAUCAACAUCUACAGAACCAACUGGUGGCUGCCACAGGCGCACACCAGGCACAUGGUGGUGGGUUU-GCAGAGGUUUCUCAUCUGUAUCAAAAAGGAAACUAAUCCAUAAU---
...(((((...((....)).....((((((((.(((...))))).)))))).....)))))((((((((-(((((.(.....).))))))......((....)))))))))...--- ( -33.70)
>DroEre_CAF1 213 113 + 1
GUUCAUCAACAUCUACAGAACCAACUGGUGGCUGCCACAGGCGCACACCAGACACAUGGUGGUGGGUUU-GGAGAGGUUCCCCAACUUAAUCAUGAAGGACACUAAUCUAUUAA---
((((.(((...(((...(((((..((((((((.(((...))))).)))))).(((......))))))))-..)))((....))..........))).)))).............--- ( -33.10)
>DroYak_CAF1 210 112 + 1
GUUCAUCAACAUCUACAGAACCAACUGGUGGCUGCCUCAGGCACACACCAGGCACAUGGUGGUGGGUUU-GGCGAGGU-CCCCAACUUCUUUAUUAAGAACCCUAAUCUAUCAA---
((((.((((.((((((...((((.((((((..((((...))))..)))))).....)))).))))))))-)).(((((-.....)))))........)))).............--- ( -34.00)
>DroPer_CAF1 210 110 + 1
GUUCAUAAACAUAUAUCGCACAAACUGGUGGCUGUCCCAGGCUCACACAAGGCACAUGGUGGUGGGUUUCGCCAAAGUUUUACAUGCAUA-------GAAUAGAUGUCUAUAGAACC
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>consensus
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((((......((((((...((((.((((((..((((...))))..)))))).....)))).))))))........((....))..............))))................ (-20.77 = -21.22 +   0.45)

alignment

secondary structure

dotplot

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