Locus 2752

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,633,775 – 9,633,886
Length 111
Max. P 0.575732
window4562

overview

Window 2

Location 9,633,775 – 9,633,886
Length 111
Sequences 5
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.55
Mean single sequence MFE -29.54
Consensus MFE -20.26
Energy contribution -20.42
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.575732
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9633775 111 + 20766785
UGAGCUGCCAGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGACGGAAUAACUGCACACACAUUACUGUGAUUAUUAGGUGGUGUGGUUGUAUUGGGAUAAAACUCAAUUUACC
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>DroSec_CAF1 32678 111 + 1
UGAGCUGCCCGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUGCGAAUAUUAGAUGGUGUGGUUGUGUUGGGAUAAACCUCAAUUUACC
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>DroSim_CAF1 53851 111 + 1
UGAGCUGCCCGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUGCGAAUAUUAGAUGGUGUGGUUGUAUUGGAAUAAACCUCAAUUUACC
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>DroEre_CAF1 32786 104 + 1
UGAGCUC--CGCUAAUGAUGAUUUCAGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUAUUAUUUAGCAGUGGUGUGGA-----UAGGAUAAACCUCAAUUUACC
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>DroYak_CAF1 42258 109 + 1
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((((.((--((..(((....)))..))))..((((((((((((.....))))...((((((((((........)))))))))).......))))))))..))))....... ( -28.80)
>consensus
UGAGCUGCCCGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUGUGAUUAUUAGGUGGUGUGGUUGUAUUGGGAUAAACCUCAAUUUACC
((((.......((((((.....(((((.(((......))))))))......(((((.((((.............)))))))))....)))))).......))))....... (-20.26 = -20.42 +   0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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