| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 9,555,743 – 9,555,860 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.754605 |
| Location | 9,555,743 – 9,555,860 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.79 |
| Mean single sequence MFE | -50.62 |
| Consensus MFE | -30.02 |
| Energy contribution | -30.63 |
| Covariance contribution | 0.62 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.94 |
| Structure conservation index | 0.59 |
| SVM decision value | 0.48 |
| SVM RNA-class probability | 0.754605 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9555743 117 - 20766785 UGCGGAUUCAUGCCGUGCGGC---GGUCGUGGGAAUCCACCCAUGCCGCCCAUGGCAUUCUUGUGCUGAUGCUGCUCGGCCAUUUGCUUGAGUGUCUGAGCAGCCAACGGAUGUUCGGAC ..(((((..((((((((.(((---((.((((((......))))))))))))))))))).......(((..(((((((((.(((((....))))).)))))))))...)))..)))))... ( -58.30) >DroVir_CAF1 154632 114 - 1 U---GCUGCAUGCCGUGCGGC---GGACGUGGAAAGCCGCCCAUGCCGCCCAUGGCGCUCUUGUGCUGAUGCUGCUCGGCCAUUUGCUUGAGCGUCUGCGCGGCCAGCGAGUGCUCGGAC .---((.((((((((((.(((---((.(((((........))))))))))))))))((......))..)))).))(((..((((((((.(.(((....)))..).))))))))..))).. ( -55.20) >DroGri_CAF1 164666 114 - 1 U---GCAGGUUGUUGUGCGGU---GGACGUGGAAAACCGGCCAUGCCACCCAUGGCAUUCUUAUGCUGAUGCUGCUCGGCCAUUUGCUUCAGGGUCUGUGCGGCAAGCGAAUGCUCAGAC .---((((..(((..((.(((---((.(((((........))))))))))))..)))..)...((((..((((((.(((((...........)).))).))))))))))..)))...... ( -44.70) >DroWil_CAF1 129460 117 - 1 U---GCUGCAUGUUGUGCGGUGUCGGCCUUGGAAAGCCACCCAUGCCACCCAAAGCAUUCUUAUGCUGAUGUUGCUCAGCCAUUUGCUUGAGUGUCUGGGCAGCCAUAGAGUGCUCCUGC .---(((((((...)))))))...(((..(((........))).)))......((((((((.(((.....(((((((((.(((((....))))).))))))))))))))))))))..... ( -42.20) >DroMoj_CAF1 163240 114 - 1 U---GCUGCAUGCUGUGGGGU---GGGCGUGGAAAGCCGGCCAUGCCGCCCAUCGCGCUCUUGUGCUGAUGCUGCUCGGCCAUCUGCUUCAGCGUCUGCGCCGCCAGCGAGUGCUCCGAC .---((.((.((((((((.(.---.(((((.(((.((.((((..((.((..(((((((....)))).))))).))..))))....))))).)))))..).))).))))).))))...... ( -49.70) >DroAna_CAF1 28323 117 - 1 UGCGGAUUCAUGCCAUGCGGG---GGGCGGGGGAAGCCACCCAUCCCACCCAUGGCAUUCUUGUGCUGAUGCUGCUCAGCCAUUUGCUUCAAAGUCUGAGCUGCCAGCGGAUGAUCCGAC ..((((((.((((((((.(((---((..(((((...)).)))..))).))))))))))...(.(((((..((.((((((...((((...))))..)))))).))))))).).)))))).. ( -53.60) >consensus U___GCUGCAUGCCGUGCGGU___GGACGUGGAAAGCCACCCAUGCCACCCAUGGCAUUCUUGUGCUGAUGCUGCUCGGCCAUUUGCUUCAGCGUCUGAGCAGCCAGCGAAUGCUCCGAC .......((((((((((.(((...((.(((((........)))))))))))))))).......(((((..(((((.(((.(............).))).)))))))))).))))...... (-30.02 = -30.63 + 0.62)
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