| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 9,349,939 – 9,350,054 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.546869 |
| Location | 9,349,939 – 9,350,054 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.89 |
| Mean single sequence MFE | -46.30 |
| Consensus MFE | -21.59 |
| Energy contribution | -23.57 |
| Covariance contribution | 1.98 |
| Combinations/Pair | 1.33 |
| Mean z-score | -2.01 |
| Structure conservation index | 0.47 |
| SVM decision value | 0.03 |
| SVM RNA-class probability | 0.546869 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9349939 115 - 20766785 UACUCCAGUGGCGUCUAUGUCCAGGAGACGCGUGCCCUGACCAAUCCAAAGAGCUCACAGUUCCUGGUGGUCGUGGGCUACGAUCACGACGUGGACUCCAAUCUGGACUACUGGC ....(((((((.(((((((((..(....).(((((((((((((..(((..((((.....)))).))))))))).)))).))).....)))))))))(((.....)))))))))). ( -50.90) >DroVir_CAF1 31857 109 - 1 UACAGCAGCGGUGUCUAUGUGCCGCCAGUGCGGGCCACAG------CCAGCAGCUCUCAGUUCCUGGUGGUAGUCGGCUAUGGCCACGACACGAACAGCAAUCUGGACUAUUGGC ....((.((((..(....)..))))..((((((((((.((------((.((.(((..(((...)))..))).)).)))).))))).)).))).....))................ ( -40.80) >DroSim_CAF1 21752 115 - 1 UACUCCAGUGGUGUCUAUGUCCAGGAGACGCGUGCUCUGAGCAACCCAAAGAGCUCGCAGUUCCUGGUGGUCGUGGGCUACGAUCACGACGUGGACUCCAAUCUGGACUACUGGC ....(((((((((((((((((((((((..(((.(((((...........))))).)))..))))))(((((((((...)))))))))))))))))).((.....)))))))))). ( -57.60) >DroYak_CAF1 23159 115 - 1 UACUCCAGUGGCGUCUAUGUGCAGGAGACGCGGGCCCUGACCAACCCGAAGAGCUCGCAGUUCCUGGUGGUAGUGGGCUACGACCACGACGUGGACUCCAACCUGGACUACUGGC ....(((((((.((((((((.((((((..((((((.((...........)).))))))..))))))(((((.(((...))).))))).))))))))(((.....)))))))))). ( -49.50) >DroMoj_CAF1 28043 109 - 1 UACAGCAGCGGUGUCUACGUGCCUCCGAUGCGGGCUCAGG------CCAGCAGCUCCCAGUUCCUGGUGGUCGUUGGCUAUGGACACGAUGCGGCGAGCAAUCUAGACUACUGGC ........(((((((((..((((.(((...((.(..((((------(((((.((..((((...))))..)).))))))).))..).))...))).).)))...))))).)))).. ( -43.00) >DroAna_CAF1 20236 115 - 1 UACUCCAGUGGCGUCUAUGUGCAAGAUACCUCGGCCCUGACCAAUCCCAAGAGCUCCCAGUUCCUGGUGGUUGUGGGUUUCGACCACGAUGCGGACACCAAUCUGGACUACUGGC ....(((((((.((((....(((.........(((((((((((...(((.((((.....)))).))))))))).)))))(((....)))))))))).((.....)).))))))). ( -36.00) >consensus UACUCCAGUGGCGUCUAUGUGCAGGAGACGCGGGCCCUGACCAA_CCCAAGAGCUCCCAGUUCCUGGUGGUCGUGGGCUACGACCACGACGCGGACACCAAUCUGGACUACUGGC ....(((((((((((......((((((..(.((((.((...........)).)))).)..))))))((((((((.....)))))))))))))(.....).........)))))). (-21.59 = -23.57 + 1.98)
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