Locus 2627

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,280,133 – 9,280,236
Length 103
Max. P 0.999061
window4334

overview

Window 4

Location 9,280,133 – 9,280,236
Length 103
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 71.94
Mean single sequence MFE -39.95
Consensus MFE -18.08
Energy contribution -20.62
Covariance contribution 2.54
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -3.25
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 3.35
SVM RNA-class probability 0.999061
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9280133 103 - 20766785
CUGGGUGGGAUU-UGGUUCUGGUUUUGGGAUU--GAGCUGGGGCUAGAAUUGAAUCUGAACCUGAAUCCGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGGU-ACGAACCCAA
.(((((.(((((-..((((((((((..(....--...)..))))))))))..)))))(.(((.((((((.(((((......))))).)))))))))-.)..))))). ( -44.70)
>DroSec_CAF1 165276 103 - 1
CUGGGUGGGAUU-UGGUUCUGGUUUUGGGAUU--GAGCUGGGGCUGGAGCUGAAUCUGAACCUGAAUCCGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGCG-ACGAACCCAA
.(((((.(((((-..((((..((((..(....--...)..))))..))))..)))))......((((((.(((((......))))).))))))...-....))))). ( -41.80)
>DroSim_CAF1 151278 103 - 1
CUGGGUGGGAUU-UGGUUCUGGUUUUGGGAUU--GAGCUGGGGCUGGAACUGAAUCUGAACCUGAAUCCGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGCG-ACGAACCCAA
.(((((.(((((-..((((..((((..(....--...)..))))..))))..)))))......((((((.(((((......))))).))))))...-....))))). ( -41.80)
>DroEre_CAF1 151645 97 - 1
CUGGGUGGGAUUUUGGUUCUGG---------UUGGGGCUUGGGAUGGAAAUGAAUCUGAACCUGAAUCUGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGGG-ACGAGCCCAA
..((.((((((....)))))).---------)).(((((((((((........))))...((..(((((.(((((......))))).)))))..))-.))))))).. ( -34.70)
>DroYak_CAF1 149685 101 - 1
CUGGGUGGGAUUUUGGUUCUGGCUUUGGACUUUGGGCUUUGCGCUCG-----GAGUUGGAACUGAAUCGGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGGG-ACGAACCCAA
.(((((.((((((((((((.((.(((.((((((((((.....)))))-----))))).)))))))))))))))))((((((......))))))...-....))))). ( -39.20)
>DroPer_CAF1 130771 89 - 1
CUGGCU-----U-UGGGUCUACAUCUGG---CUAGGGUCCAGGGUC---------CGGGUUCAGGGUCCGGGUCCGGCUCCAGCUCUGGCUAUCGGUCUGAACCCAA
..((((-----(-(((..((........---...))..))))))))---------.((((((((((.(((....)))..))(((....)))......)))))))).. ( -37.50)
>consensus
CUGGGUGGGAUU_UGGUUCUGGUUUUGGGAUU__GAGCUGGGGCUGGAA_UGAAUCUGAACCUGAAUCCGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGGG_ACGAACCCAA
.(((((.(((((....((((((((..((.........))..))))))))...)))))....((((((((.((((((....)))))).))))))))......))))). (-18.08 = -20.62 +   2.54)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:34:56 2006