Locus 2612

Window 5

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9203873 102 + 20766785
CACUUCAGCCGACGCUUAAGUUGCACAAAAUGUAAUACAUUUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUU---CUGUGGCCAAAGUGGCUGCCGGAGCUGGAG--------AGCUGGAGU
.(((((((((..(((...(((.(((..(((((.....)))))...))))))...))...((((---(((..(((.....)))..).)))))))..)--------.)))))))) ( -35.10)
>DroPse_CAF1 70241 102 + 1
CACUUCAGCCGGCGCUUAAGUUGCACAAAAUGUAAUACAUUUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUU---CUGUUGCCAAAGUGGCUGCCUCUGCCGUCUCU--------CUCGCUC
......(((.(((((..((.(((.(((...((((((.(....)))))))....))).))).))---..).))))..((((((.......)))).))..--------...))). ( -20.50)
>DroSec_CAF1 97279 100 + 1
CACUUCAGCCGACGCUUAAGUUGCACAAAAUGUAAUACAUUUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUU---CUGUGGCCAAAGUGGUUGCCGGAGCUGG----------AGCUAGAGU
.((((.(((....))).)))).(((..(((((.....)))))...)))((((..((((.((((---(((..(((.....)))..).)))))).)----------)))..)))) ( -32.80)
>DroWil_CAF1 112872 89 + 1
CACUUCAGCCGCCGCUUAAGUUGCACAAAAUGUAAUACAUUUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUUGUGCUGCUGCCAAAGUGGCUGCCGAC------------------------
....((.((.(((((((.(((.((((((..((....((((..(......)..)))).))..)))))).)))....))))))).)).)).------------------------ ( -27.30)
>DroAna_CAF1 87181 107 + 1
CACUUCAGCCGACGCUUAAGUUGCACAAAAUGUAAUACAUUUGAUUGCACUCAUGCUCAAGUU---CUGUGGCCAAAGUGGCUGCUACUGCUGCUGCUUUUGCU---UUCUGC
(((...(((.((.((...(((.(((..(((((.....)))))...))))))...))))..)))---..)))((.((((..((.((....)).))..)))).)).---...... ( -27.60)
>DroPer_CAF1 69649 106 + 1
CACUUCAGCCGGCGCUUAAUUAGCACAAAAUGUAAUACAUUUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUU---CUGUUGCCAAAGUGGCGGCCUCUGCCGUCUCUCU----CUCUCGCAC
.......((.((((((.....))).........((((.((((((..(((....))))))))).---.)))))))..((.((((((....)))))).))..----.....)).. ( -23.90)
>consensus
CACUUCAGCCGACGCUUAAGUUGCACAAAAUGUAAUACAUUUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUU___CUGUGGCCAAAGUGGCUGCCGCUGCUGG____________CUCGAGC
.((((.(((....))).)))).(((..(((((.....)))))...)))....................((((((.....))))))............................ (-16.68 = -16.73 +   0.06) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 6

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9203913 95 + 20766785
UUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUUCUGUGGCCAAAGUGGCUGCCGGAGCUGGAG----------AGCUGGAGU-----CUCAAAGGAGGAGGAGAGGAAAA-AAAAGUGCAG------
.....((((((((.((((.(((((((..(((.....)))..).))))))...)----------)))))...(-----(((....))))............-...)))))).------ ( -29.60)
>DroPse_CAF1 70281 99 + 1
UUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUUCUGUUGCCAAAGUGGCUGCCUCUGCCGUCUCU----------CUCGCUC-----UCCAAAAAACGAAGGGG--AAAA-AAGAGUAAAGUGAAAC
.......((((..............((.(((.....))).))((((....((((.----------.(((...-----.........)))..)))--)...-.))))...)))).... ( -20.10)
>DroSec_CAF1 97319 91 + 1
UUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUUCUGUGGCCAAAGUGGUUGCCGGAGCUGG------------AGCUAGAGU-----CUCAAAGGAGGAGGAGC--AAAA-AAAAGUGCAG------
.....((((((...((((.(((((((..(((.....)))..).)))))).)------------)))..(..(-----(((.......))))..)--....-...)))))).------ ( -30.40)
>DroSim_CAF1 80702 92 + 1
UUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUUCUGUGGCCAAAGUGGCUGCCGGAGCUGG------------AGCUAGAGU-----CUCAAAGGAGGAGGAGC--AAAAAAAAAGUGCAG------
.....((((((...((((.(((((((..(((.....)))..).)))))).)------------)))..(..(-----(((.......))))..)--........)))))).------ ( -31.80)
>DroEre_CAF1 83805 102 + 1
UUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUUCUGUGGCCAAAGUGGCUGCCGGAGUUGGAGCAGGAGCUGGAGCUGGAGCUGCUCCUCAAAGGAGGAGGA------AA---AAGCGCAG------
.....(((.(((.(((((((.(((.(..(((.....)))..).))).)).))))).))).....(((.....(.((((((....)))))).)------..---.)))))).------ ( -37.50)
>DroYak_CAF1 79635 99 + 1
UUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUUCUGUGGCCAAAGUGGCUGCCAGAGCUGGAGCUGGAGAUGGAGCUGGAGC-----CUCAAAGGAGGAGGA------AA-AAAAGUGCAA------
....(((((((((.((((.(((((((..(((.....)))..).)))))).)))))).........((....(-----(((....)))).)).------..-...)))))))------ ( -34.60)
>consensus
UUGAUUGCACUCAUGUUCAAGUUCUGUGGCCAAAGUGGCUGCCGGAGCUGGAG__________AGCUGGAGC_____CUCAAAGGAGGAGGAG___AAAA_AAAAGUGCAG______
....(((((((........(((((((..(((.....)))..).))))))............................(((.......)))..............)))))))...... (-17.64 = -18.17 +   0.53) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:34:30 2006