Locus 2576

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,086,742 – 9,086,862
Length 120
Max. P 0.574649
window4251

overview

Window 1

Location 9,086,742 – 9,086,862
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.96
Mean single sequence MFE -36.52
Consensus MFE -32.24
Energy contribution -32.80
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.574649
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9086742 120 - 20766785
CCCGAUUCCACAAUCUGGAUGGCAGAUGCGUGAGAACAAUGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGUAGUCCCAAAAUCAUGAAAAGAUCUCUUGACACGGGCUGACCGUGU
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>DroSec_CAF1 51541 118 - 1
--CGAUUCCACAAUCUGGAUGGCAGAUGCGUGAGAACAAAGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGCUGUCCCAAAACCAUGAAGAGAUCUCUUGACACGGGCUGACCGUGU
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>DroSim_CAF1 53743 118 - 1
--CGAUUCCACCAUCUGGAUGGCAGAUGCGUGAGAACAAAGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGUUGUCCCAAAACCAUGAAAAGAUCUCUUGACACGGGCUGACCGUGU
--...((((((((((((.....)))))).))).)))(((((((((((....)))........((((((((((.(....))))..)))))))...))))).)))((((((.....)))))) ( -40.60)
>DroEre_CAF1 58823 118 - 1
--CGAUUCCACAAUCUGGAUGCCAGAUGCGUGAGAACAAAGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGUUGUCCCAAAUCCAUGAAAAAAUCGCUUGACACGGGCUGACCGUGU
--(((((((((.((((((...))))))..))).))......))))...(((((.........((((((((((.(....)))))..)))))).......)))))((((((.....)))))) ( -34.89)
>consensus
__CGAUUCCACAAUCUGGAUGGCAGAUGCGUGAGAACAAAGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGUUGUCCCAAAACCAUGAAAAGAUCUCUUGACACGGGCUGACCGUGU
.....((((((.(((((.....)))))..))).)))(((((((((((....)))........((((((((((.(....)))))..))))))...))))).)))((((((.....)))))) (-32.24 = -32.80 +   0.56)

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secondary structure

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