Locus 255

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,641,000 – 1,641,116
Length	116
Max. P	0.946870

overview

Window 5

Location	1,641,000 – 1,641,094
Length	94
Sequences	3
Columns	94
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.16
Mean single sequence MFE	-30.23
Consensus MFE	-29.62
Energy contribution	-29.40
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	1.37
SVM RNA-class probability	0.946870
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1641000 94 + 20766785
CAGUUCAGUAGUACACUGGAGCAAUUGCUUAGAGUAUGGGUGCAACAUGUAUCUGUGCUUUCCUAUAUGUAUCUGUGUAGCUGCAUGCGAGCGU
..((((.(((((((((..((((....))))(((((((((((((.....))))))))))))).............)))).)))))....)))).. ( -29.20)
>DroSec_CAF1 26815 94 + 1
CAGUUCAGUAGUACACUGGAGCAAUUGCUUAGAGUAUGGGUGCAACAUGUAUCUGUGCUUUCCUAUACGUAUCUGUGUAGCUGCAUGCGAGCGU
..((((.(((((((((..((((....))))(((((((((((((.....))))))))))))).............)))).)))))....)))).. ( -29.20)
>DroEre_CAF1 29596 94 + 1
CAGUUCAGUAGUACACUGGAGCAAUUGCUUAGAGUAUGGGUGCAACAUGUAUCUGUGCUUUGCUAUAUGUAUCUGUGUGGCUGCAUGUGAGCGU
..((((((((((((((.((.(((...((..(((((((((((((.....)))))))))))))))....))).)).)))).)))))...))))).. ( -32.30)
>consensus
CAGUUCAGUAGUACACUGGAGCAAUUGCUUAGAGUAUGGGUGCAACAUGUAUCUGUGCUUUCCUAUAUGUAUCUGUGUAGCUGCAUGCGAGCGU
..((((.(((((((((..((((....))))(((((((((((((.....))))))))))))).............))))).))))....)))).. (-29.62 = -29.40 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,641,017 – 1,641,116
Length	99
Sequences	3
Columns	99
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.95
Mean single sequence MFE	-29.37
Consensus MFE	-27.49
Energy contribution	-26.83
Covariance contribution	-0.66
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.652059
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1641017 99 + 20766785
GGAGCAAUUGCUUAGAGUAUGGGUGCAACAUGUAUCUGUGCUUUCCUAUAUGUAUCUGUGUAGCUGCAUGCGAGCGUGAGAGAGUUUGUCUAGCUUUGA
(((((...(((..(((((((((((((.....))))))))))))).((((((......))))))..))).((((((........))))))...))))).. ( -28.20)
>DroSec_CAF1 26832 98 + 1
GGAGCAAUUGCUUAGAGUAUGGGUGCAACAUGUAUCUGUGCUUUCCUAUACGUAUCUGUGUAGCUGCAUGCGAGCGUGAGAGAGUUUGUCUAGCUUUG-
(((((...(((..(((((((((((((.....))))))))))))).(((((((....)))))))..))).((((((........))))))...))))).- ( -29.80)
>DroEre_CAF1 29613 97 + 1
GGAGCAAUUGCUUAGAGUAUGGGUGCAACAUGUAUCUGUGCUUUGCUAUAUGUAUCUGUGUGGCUGCAUGUGAGCGUGA--GAGUUUGUCUAGCUUUGG
.((((....))))(((((((((((((.....)))))))))))))((((((((((.((....)).))))))).)))...(--(((((.....)))))).. ( -30.10)
>consensus
GGAGCAAUUGCUUAGAGUAUGGGUGCAACAUGUAUCUGUGCUUUCCUAUAUGUAUCUGUGUAGCUGCAUGCGAGCGUGAGAGAGUUUGUCUAGCUUUG_
(((((...(((..(((((((((((((.....))))))))))))).((((((......))))))..))).((((((........))))))...))))).. (-27.49 = -26.83 +  -0.66)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:33:43 2006